Естественно, подошли войска и по горячим следам были приняты меры. Город оцепили, сады прочесали, по кишлакам прошли густым гребнем. Кое-кто из нападавших, конечно, сумел скрыться, если не за китайский кордон, то в горах, но все, отметившиеся хоть как-то особо, — всего 546 человек, — угодили на цугундер. Власти сообщили населению о намерении снести на фиг все кишлаки, через которые, получая подкрепление, прошло воинство дукчи-ишана, и взять с долины контрибуцию в миллион рублей. «Черное пятно лежит на всех вас, — спустя несколько месяцев, 23 августа, сказал „лучшим людям“ Андижана специально прибывший генерал-губернатор. — Ужели не понимали вы, что песчинке не пристало бороться с великой горою?» — после чего уведомил собравшихся о решении правительства отменить не оправдавшую себя выборность аксакалов.

«Лучшие люди» выли, ползали на коленях, умоляли допустить к ручке или ножке, но дозволения не получили. Не было им доверия. Большинство их, так или иначе зная о предстоящем, молчали до упора. «Прискорбные события в ту трагическую ночь, — указывалось в обвинительном заключении, — ясно показали, кто есть кто: из местного населения нашлось всего три человека, осознавших свой долг перед великой Россией». О людях обычных говорить не приходится. Они слились с тенью. «Народ смущен и напуган, — констатировала Юлия Головнина, как раз в те дни проезжавшая через Андижан, — вину за собою знают все, все ожидают целого ряда казней и самой строгой кары. Население наружно почтительно к русским необычайно: при проезде русских по сартскому базару или Старому городу все встают и почтительно кланяются; при проходе русского дают ему дорогу. В городе поговаривают о том, что солдат несколько распустили и что они нередко обижают сартов» (во что верю сразу, потому что служивые были в бешенстве, и не понять их трудно).

И суд таки оправдал худшие ожидания. 332 смертных приговора даже по тамошним нравам не ожидал никто. Как никто до конца и не верил, что святому Мадали смогут причинить зло: базар ждал от чудотворца чуда, огня, явления ангелов с «длинными мечами, сияющими ярче лучей солнца», — но не дождался. Суд — 11 июня — был хотя и справедлив (обвиняемым, своих прав не знавшим, даже дали адвоката), но не толерантен. Пятеро лидеров мятежа получили вышку, кроме того, в рамках гражданского иска от имени семей убитых имущество осужденных постановили конфисковать, выплатив истцам по 5000 рублей за потерю кормильца, и это перепугало «базар» куда больше «шпагатов». Когда на следующий день приговор приводили в исполнение, в ответ на просьбу ишана (он, по свидетельству очевидцев, «сильно дрожал, но выглядел достойно») молиться за него и других, «ни единая рука не поднялась к небу» и «даже никто не плакал»: тысячная толпа молчала; «боялись, как нам объяснили». Затем повесили еще сколько-то активистов, начался снос кишлака, из которого, при полном молчании жителей, началась атака на лагерь, в Андижане появились русские переселенцы (земля под кишлаком была хороша, а святу месту пусту не быти), и «ненадежный» край в считаные дни стал совершенно бел и пушист.