Много спекуляций имеется о роли тогдашнего министра госбезопасности Абакумова. Действительно, 11 июля 1951 года Политбюро ЦК ВКП(б) приняло постановление «О нездоровой ситуации в Министерстве государственной безопасности СССР». В соответствии с данными в этом решении оценками сутки спустя был арестован тогдашний министр государственной безопасности Союза ССР генерал-полковник Виктор Семенович Абакумов, объявленный «главой сионистского заговора в МГБ», и началась чистка органов госбезопасности.

На выездном заседании Военной коллегии Верховного Суда СССР в Ленинграде 12–19 декабря 1954 г. Абакумов был обвинен в фабрикации судебных дел, в том числе и «Ленинградского дела», назван «членом банды Берии». Виновным себя Абакумов не признал. Расстрелян. Вместе с Абакумовым были осуждены начальник следственной части по особо важным делам МГБ СССР А. Г. Леонов, его заместители В. И. Комаров и М. Т. Лихачев, следователи И. Я. Чернов и Я. М. Броверман. Если считать, что подчиненные Абакумова под его руководством сфабриковали это дело, то Абакумов действовал в соответствии с полученным приказом. Ведь Политбюро в полном составе, включая Сталина, Маленкова, Хрущева, Берию, Микояна («за» высказались также А. Н. Косыгин и А. А. Андреев), единогласно приняло решение, обязывающее Абакумова арестовать ленинградскую группу и предать ее суду. Так что в таком случае получается, что фабрикация была осуществлена по прямому указанию Политбюро на основе материалов расследования Комитета партийного контроля. Однако многоступенчатость расследования по партийно-государственной линии (до подключения к нему органов госбезопасности) и сами материалы этого расследования начисто исключают предположение о фальсификации дела.

В исследованиях об этом периоде порой можно встретить утверждение, что Абакумов поддерживал дружеские отношения с секретарем ЦК Кузнецовым и даже по возможности тормозил «разработку» «ленинградцев», чтобы оттянуть их арест. Может быть, это и так. То, что Абакумов был тесно связан с «ленинградцами», подтверждается вопросами, которые ставило следствие перед ним после ареста. Его, в частности, обвинили в том, что это не МГБ под руководством Абакумова вскрыло «Ленинградское дело», а сами партийные органы под руководством Маленкова. А МГБ начало исполнять свои обязанности вынужденно, после того как ЦК все уже стало известно.

Небольшой комментарий. Абакумов был в плохих отношениях со многими членами Политбюро. Он смог доказать, что Маленков прекрасно знал о сокрытии неполадок в авиапромышленности, и в 1947 году Маленков получил выговор, был смещен с должности и временно сослан в Казахстан. Его вывели из Секретариата ЦК, а его обязанности перешли к Кузнецову, протеже Жданова. Абакумов и Кузнецов установили самые тесные дружеские отношения. Однако спустя два месяца Сталин назначил Маленкова заместителем Председателя Совета Министров. Берия в то время поддерживал Маленкова и не скрывал, что они часто встречаются. «Авиационное дело» испортило отношения Абакумова с секретарем ЦК Георгием Маленковым. Результаты расследования органов госбезопасности были доложены Сталину, ему стало известно о личных недоработках Георгия Максимилиановича, курировавшего в годы войны авиапром, а посему он был вынужден провести несколько месяцев на партийной работе в Средней Азии… Секретарем же ЦК, отвечавшим за кадровую политику, органы госбезопасности и юстиции, стал тогда вместо Маленкова ленинградец Алексей Кузнецов. Исходя из вышеизложенного, фальсификация дела Абакумовым представляется маловероятной.