Следующий удар римской католической церкви был нанесен Великой французской революцией, которая свергла и казнила короля Людовика XVI (1774–1789), а папа Пий VI отслужил по нему молебен. В 1790 г. новым революционным правительством был принят декрет о национализации церкви и назначении епископов светскими властями, который подорвал как духовный авторитет папской власти, так и ее экономическое могущество (католическая церковь владела 10 % земель на территории Франции). Но этим не исчерпывалось унижение папского престола: в 1799 г. французский генерал Бертье захватил в плен папу Пия VI, чего престарелый первосвященник уже перенести не смог и умер вскоре после освобождения. Следующий понтифик – Пий VII оказался более лояльным по отношению к французскому императору, поэтому подписанный им и Наполеоном в 1801 г. так называемый Французский конкордат позволил сохранить независимость католической церкви и отстоять ее позиции во Франции. В обмен на это Пий VII был вынужден согласиться на помазание Наполеона Бонапарта в императоры, что официально было оформлено в 1804 г., причем первая часть коронования (собственно помазание) была осуществлена папой римским, а вторую часть (торжественное одевание короны) Наполеон совершил сам, продемонстрировав в очередной раз слабость и зависимость папской власти. К сожалению, компромисс оказался временным: нежелание духовного владыки католического мира потворствовать завоевательным планам французского императора (Пий отказался развести Наполеона с его первой женой Жозефиной, из-за чего тот не смог вступить в брак с дочерью австрийского императора Марией-Луизой, что значительно усилило бы его политическое влияние в Европе) привело к печальным для Рима результатам. Папская область, включающая в себя центральную часть Италии, была присоединена в 1809 г. к Французской империи, возглавляемой Наполеоном Бонапартом.

Перелом во взаимоотношениях светской и духовной власти произошел в 1814 г., когда император, ослабленный неудачами в боевых действиях, был вынужден пойти на уступки папе римскому – восстановить независимость Папской области, результатом чего стало возобновление деятельности ордена иезуитов и появление запрета на вступление католиков в масонские ложи. Папство сумело оправиться после периода тяжелых испытаний, хотя и потеряло часть своей территории, которая отошла по результатам Венского мира 1815 г. кАвстрии, но зато развернуло активную миссионерскую деятельность, особенно в Южной Америке и Северной Африке.

Особо бурный всплеск деятельности по реформированию римско-католической церкви оказался связан с понтификатом Пия VIII (1846–1878), который энергично принялся за изменение и приведение в надлежащий по его мнению порядок догматических и административных устоев церкви. Административная сторона проводимых им преобразований заключалась в налоговой амнистии и упрощении церковной иерархии. Миссионерская деятельность римско-католической церкви также постепенно стала давать свои результаты, причем как в Новом, так и в Старом свете. После долгих лет неприятия папе римскому удалось восстановить католическую епархию в Великобритании, где местным главой католической церкви в 1850 г. был провозглашен архиепископ Вестминстерский. В 1848 г. в Голландии был принят законопроект, разрешающий в этой стране деятельность католических священников, примасом Голландии был провозглашен архиепископ Утрехтский. В 1875 г. впервые произошло назначение в папскую курию кардинала, призванного представлять интересы католиков, проживающих на территории Соединенных Штатов Америки, что явилось значительным прогрессом, поскольку в этой стране традиционного господствовало протестантское вероисповедание.

С догматической стороной католического богослужения дело обстояло гораздо сложнее. Еще в самом начале своего понтификата Пий VIII обратился к католическим богословам с вопросом относительно непорочности Девы Марии. Получив благожелательный ответ, он сумел организовать в 1854 г. собрание епископов, на котором это положение приобрело статус догмата. Другим утверждением, которое папа римский также стремился возвести в статус догмата, являлось положение о непогрешимости лично папы римского (догмат о непогрешимости христианской церкви в целом был разработан еще во II в.). Несмотря на резкие возражение со стороны многих теологов и историков церкви (например, немецкого историка Делленгера), которые указывали на то, что этот догмат не имеет ни исторического, ни теологического обоснования, Пий VIII собрал в 1869–1870 гг. I Ватиканский собор, призванный решить вопрос о признании догмата о непогрешимости на официальном уровне. Собравшиеся на Ватиканский собор со всех концов христианского мира католические епископы не пришли к однозначному мнению относительно предложенного догмата. Выдвинутый на голосование догмат о непогрешимости папы все-таки набрал большинство голосов, хотя целый ряд епископов покинул собор еще до его официального завершения, поскольку они не были согласны с предлагаемыми решениями.

Раскол собора ознаменовал собой и раскол внутри самой католической церкви: противники догмата о непогрешимости присоединились кянсенистам, не признаваемым официальной папской властью, и образовали в 1879 г. Старокатолическую церковь. Завершение работы Ватиканского собора оказалось омрачено и еще одной неприятностью: после поражения французского императора Наполеона III в франко-прусской войне итальянцы, бывшие союзниками Пруссии, захватили Папскую область, после чего епископы были вынуждены в кратчайшие сроки покинуть место проведения собора. По решению итальянского парламента папе римскому был оставлен только Ватикан и Латеранский дворец, а также летняя папская резиденция Кастель Гандольфо. Не согласный с подобным ограничением папской власти, Пий VIII замкнулся в своей резиденции и не выходил оттуда вплоть до окончания срока своего понтификата.