После зарождения в христианстве реформационного движения, вылившегося в возникновение протестантизма, католическая церковь вступила в период Контрреформации. Борьба папы римского и возглавляемой им церкви за сохранение своих позиций требовала новых методов и способов удержания власти, что привело к расцвету ордена иезуитов. Этот монашеский орден был основан в 15 34 г. испанским дворянином Игнатием Лойолой с одной целью – противодействие протестантизму и борьба с еретиками и отступниками от истинной веры, под которой Лойола, разумеется, подразумевал католицизм. Особенностью устава ордена иезуитов является наличие в нем специального четвертого обета (помимо трех обыкновенных, к которым относятся безбрачие, послушание и нестяжательство) – абсолютное послушание папе римскому. На первой ступени посвящения члены ордена выполняли только традиционные обеты, но при посвящении в высшую ступень они приносили присягу на верность папе, после чего становились полноправными иезуитами. Лозунг этого ордена – «Цель оправдывает средства» – служил для иезуитов оправданием любых неблаговидных поступков, которые им приходилось совершать в процессе защиты римско-католической церкви от возможных посягательств со стороны других конфессий.

В декабре 1545 г. католической церковью был созван Вселенский собор в Триденте, негласная цель которого состояла в выработке тактики борьбы с теми государствами (Англией, Германией), в которых утвердился протестантизм. Для уменьшения критики со стороны последователей Реформации следовало более четко сформулировать догматические основания католической церкви, в первую очередь обосновать незыблемость церковной иерархии и структуры таинств, подтвердить связующую роль католической церкви в процессе восхождения человека к богу. На Тридентском соборе были подтверждены основные догматические положения римско-католической церкви и поддержано сохранение ее административной структуры именно в таком виде, в каком она складывалась на протяжении многих столетий: главенство папы было признано незыблемым, установлен порядок исповеди и поддержан культ поклонения святым. Римские богословы вернулись к принципу Тертуллиана, согласно которому вера служит лишь предпосылкой достижения Царствия Божьего, в то время как необходимым посредником в этом процессе выступает церковь.

Вторая половина XVI в. стала временем начала религиозных войн между католиками и протестантами, которые происходили как между различными странами, придерживающимися той или иной ветви христианства, так и внутри одной страны, примером чего стала Франция. В 1618–1648 гг. шла Тридцатилетняя война, противниками в которой выступали, с одной стороны, католические Австрия и Испания, с другой – Франция, в которой большинство населения являлось гугенотами (протестантами). Многочисленные германские княжества оказались по обе стороны баррикад, поскольку часть из них управлялась правителями-католиками (юг Германии), в то время как другая часть находился под управлением правителей-протестантов (север и запад Германии). Победителем в этой войне стала Франция, что окончательно закрепило в Европе свободу вероисповедания, на устранение которой римская католическая церковь, лишившись былого влияния, уже не могла претендовать. Вестфальский мир 1648 г., положивший начало эре религиозной терпимости, стал и вехой в истории папства, отделившей тот период, когда католическая церковь могла с полным основанием претендовать на власть практически над всем христианским миром, от той поры, когда подобные претензии могли восприниматься уже только как заоблачные мечтания.

Симптомом упадка католической церкви стало появление теории шведского епископа Корнелия Янсена, который утверждал, что в самой природе мира, созданного богом, содержится возможность спасения. Уже поэтому и папа римский, и орден иезуитов, поддерживающий претензии римской церкви на единоличное представительство Божественной воли на земле, являются ненужными. Эта точка зрения была осуждена папой Урбаном VIII в 1642 г., после чего ее представители стали преследоваться иезуитами, что не помешало многим видным кардиналам и членам папского двора в тайне придерживаться подобных взглядов.

Светские правители осуществляли давление на власть церкви сразу с двух противоположных позиций – абсолютизма и Просвещения. Абсолютизм в лице французского короля Людовика XIV (1643–1715) существенно ограничил и без того ущемленную власть папы римского на территории Франции, введя в 1682 г. Синод, ведавший церковными делами от имени монарха. В результате войны за испанское наследство (1700–1714) папство утратило власть и над Испанией, которая испокон веков считалась олицетворением католического духа. Испанское правительство, обидевшись на поддержку папой французского претендента на испанский престол, в два раза сократило ежегодную плату, отправляемую Испанией в Рим.

Идеал просвещенного монарха, сформированный в первой половине XVIII в. французскими учеными и философами (Вольтер, Дидро, Д'Аламбер), стал популярен во многих странах Европы (к числу просвещенных правителей относила себя и русская императрица Екатерина II), что не замедлило сказаться и на отношениях этих стран с римской католической церковью. Даже Португалия – еще один извечный союзник папского престола в борьбе с протестантами и еретиками – оказалась под воздействием этого идеала, который воплотил в своей деятельности премьер-министр Себастьян Ломбаль (1699–1782), оказывавший значительное влияние на слабого португальского монарха Хуана V (1706–1750). Все свое влияние направил Ломбаль на искоренение в Португалии власти ордена иезуитов, глава которого превосходил своей властью даже португальского примаса (первосвященника). Несмотря на активное противодействие членов ордена, папа Бенедикт XIV решил выяснить соответствие истинного положения дел в Португалии тому описанию, которое предоставил в его распоряжение Ломбаль, и поэтому послал свою комиссию, которая подтвердила все обвинения Ломбаля в адрес иезуитов. Результатом этого стало запрещение деятельности ордена иезуитов на территории Португалии, а в 1773 г. он был запрещен и в Риме (правда, в 1814 г. он был восстановлен, но уже в качестве монашеского, а не надзирающего органа).