Великая Отечественная война, в которой Василий Пудин участвовал с первых дней, выявила не только его высокие оперативные качества разведчика, но и личное, человеческое мужество.

3 июля 1941 года из Москвы в Могилев была направлена оперативная разведывательно-диверсионная группа из шести чекистов во главе с капитаном Пудиным. Перед группой была поставлена задача: подготовиться к переходу на нелегальное положение в случае захвата города немцами. Ехали на грузовике, оборудованном небольшой радиостанцией с автономным питанием от аккумулятора машины. Только добрались до Могилева — положение дел на фронте значительно осложнилось. Гитлеровские войска обошли город с севера и с юга, захватили Смоленск, подошли к Ельне, угрожали Вязьме. Советские войска, оборонявшие Могилев, оказались в окружении. Сложная обстановка вынудила группу Пудина принять участие в боях за город.

…Окруженный Могилев горел. Четырнадцатый день на его кварталы сыпались градом вражеские мины и снаряды. Все способные носить оружие находились на оборонительных сооружениях, расположенных на окраинах города. Атаки германской пехоты сменялись танковыми атаками, а за ними снова и снова на защитников города ползли вражеские цепи.

К этому времени осажденный город лишился связи с Большой землей. В распоряжении защитников Могилева была только небольшая портативная радиостанция оперативной группы Пудина. Четырнадцать дней они информировали Москву о ходе обороны. А когда продолжать сопротивление стало окончательно невозможным, окруженный гарнизон в ночь с 26 на 27 июля 1941 года пошел на прорыв, чтобы пробиться в леса и начать партизанскую войну. Группа Пудина находилась в рядах, штурмовавших вражеское кольцо.

У деревни Тишовка Василий Иванович был ранен, ему оторвало левую стопу. Очнувшись утром, он пополз в направлении к домам. Местная жительница Шура Ананьева спрятала его в сарае. Пять дней она и ее мать ухаживали за раненым. На шестой день, ковда у разведчика началась гангрена, Шура на добытой лошади отправила Пудина в могилевскую больницу. В одном из коридоров переполненной больницы Пудин пролежал долгих пять месяцев, выдавая себя за шофера Василия Попова (согласно полученной в Москве легенде).

Гитлеровцы не оставляли в покое раненого, проводили допросы (часто по ночам, особенно когда у него была повышенная температура), пытаясь выяснить, не лжет ли пациент. И только к концу пятого месяца Пудину удалось убедить гитлеровцев в истинности своей легенды-биографии.

В конце декабря, когда здоровье позволило разведчику самостоятельно ходить на костылях, его выписали из больницы и разрешили жить под надзором полиции в деревне Краснополье, что недалеко от Могилева.

В Краснополье Василия Ивановича приютил бывший учитель Михаил Волчков. Пудин начал сапожничать. Одновременно он приглядывался к окружающим его людям, изучал обстановку. Шаг за шагом создавал разведчик подпольную боевую группу. На его пути попадались и открытые враги, и провокаторы, и просто трусы и шкурники.

От рук предателя погиб первый боец его группы — учитель Михаил Волчков, где-то далеко в немецкой неволе томилась его спасительница Шура Ананьева, угнанная в Германию. Однако постепенно у Пущина стали появляться надежные верные помощники. Начались активные действия: рвались заложенные ими мины, горели вражеские машины, уничтожались немецкие солдаты и офицеры.

В августе 1942 года Пудину удалось наладить связь с партизанским отрядом Османа Касаева. К этому времени в его разведывательно-диверсионной группе насчитывалось уже 22 человека. В нее входили две девушки, работавшие у немцев переводчицами, железнодорожные рабочие, служащие комендатуры. Затем был установлен контакт с десантной группой с Большой земли, располагавшей рацией. Ценные сведения, собранные группой Пудина, передавались в Москву.

Вскоре к Пудину прибыл связник из Центра. С этого времени деятельность его группы значительно активизировалась. Сам Пудин перебрался в партизанский отряд, откуда и руководил своими бойцами. Взаимодействуя с партизанскими отрядами, действовавшими в Могилевской области, группа Пудина наносила ощутимые удары по коммуникациям врага, наводила советскую авиацию на его важные объекты. За сбор ценной информации о противнике Пудин был награжден орденом Ленина.

Однако здоровье Василия Ивановича ухудшалось, искалеченная нога не давала покоя. 17 июля 1943 года разведчик вылетел на Большую землю, где ему сделали сложную операцию.

Около года Пудин лечился в госпитале. Затем находился на руководящих должностях в центральном аппарате внешней разведки. После окончания Великой Отечественной войны работал заместителем начальника одного из управлений. Неоднократно выезжал за границу для выполнения специальных заданий. Являлся инспектором МТБ СССР при министерстве госбезопасности Народной Республики Болгарии.

В 1952 году по состоянию здоровья вышел в отставку. Написал несколько книг о деятельности советских разведчиков.

За большие заслуги в деле обеспечения государственной безопасности, проявленные при этом мужество и героизм полковник Пудин был награжден двумя орденами Ленина, двумя орденами Красного Знамени, орденами Отечественной войны 1-й степени и Красной Звезды, многими медалями, а также нагрудным знаком «Заслуженный работник НКВД».

Василий Иванович ушел из жизни в 1974 году. Его прах покоится в колумбарии на Новодевичьем кладбище в Москве.