В 1930—1931 годах Пудин учился на общеобразовательных курсах при ОГПУ. В 1932 году по линии внешней разведки был направлен в Монголию в составе группы советников.

С самых первых дней пребывания советских советников в Монголии они активно участвовали в борьбе против вражеской агентуры, а также внешних и внутренних врагов этой страны. Японский милитаризм являлся в тот период особо опасным врагом для Монголии. Не имея возможности действовать открыто путем вооруженной интервенции, Япония взяла курс на овладение Монгольским государством и его ресурсами изнутри, опираясь на феодалов, на буддистские монастыри, организуя контрреволюционные заговоры. Находясь в Монголии, Василий Пудин принимал непосредственное участие в разгроме инспирированного японцами ламского мятежа. В 1934 году он вернулся в СССР.

После непродолжительной работы в центральном аппарате разведки в 1936 году Пудин направляется в качестве заместителя резидента НКВД в Болгарию. Используя накопленный ранее опыт оперативной работы по японцам, он завербовал крупного японского дипломата, от которого за вознаграждение получил шифры МИД Японии, которые это внешнеполитическое ведомство применяло в те годы в Европе. Это позволило в первые годы Второй мировой войны читать шифрованную переписку между Токио и Берлином и быть в курсе их планов в отношении СССР.

В 1938—1941 годах Пудин — заместитель, затем начальник отделения центрального аппарата внешней разведки. Окончил Вечерний институт марксизма-ленинизма при МГТС ВКП(б).

Таким образом, уже в 1920-е — 1930-е годы В.И. Пудин зарекомендовал себя блестящим разведчиком, специалистом по добыванию шифров и получению особо важной информации, которая способствовала выработке молодым Советским государством своей политики в восточноазиатском регионе.