Второй отдел НКВД СССР осенью 1941 года срочно начал создавать резидентуры в крупных населенных пунктах, которые были оккупированы врагом. При этом приоритет был за южным направлением. Это объяснялось тем, что немцы планировали использовать южные порты, в частности Одессу и Николаев, как транзитные пункты для вывоза сырья в Турцию, после того как операции немцев на Ближнем Востоке будут успешно развиваться.

В спешном порядке была укомплектована резидентура Владимира Александровича Молодцова в Одессе и Виктора Александровича Лягина (оперативные псевдонимы «Корнев» и «Форт») в Николаеве. Затем начала действовать резидентура Ивана Кудри (оперативный псевдоним «Максим») в Киеве. К сожалению все трое чекистов погибли и посмертно удостоены звания Героев Советского Союза. По утверждению Павла Анатольевича Судоплатова, первые две резидентуры «были нацелены на выполнение разведывательно-диверсионных операций в тылу противника: должны были отслеживать, как используются порты, выводить из строя судоверфи, чтобы захваченное противником зерно не шло через эти города для нужд немецкой армии».

В Житомире попытка создать резидентуру в первые месяцы войны закончилась неудачей. Будущий резидент Иван Николаевич Каминский попал в засаду, когда приземлился на парашюте на оккупированной территории, и застрелился.

Осенью и зимой 1941 года под Калининым действовала резидентура под руководством Василия Иванова и Павла Михеева, которые незадолго перед войной окончили ШОН.