Известие о королевских эмиссарах, направлявшихся в Пруссию, застало Скалиха при дворе герцогини Анны Марии в замке Нойхаузен. Быстро оценив положение, в котором оказался, он решил бежать во Францию, где находилось руководство Сионского ордена. Подготовка к побегу не заняла много времени. Скалих прибыл к Альбрехту в Тапиау и быстро убедил его в возможности сосватать сыну герцога французскую принцессу. Получив на расходы 7300 талеров, он вернулся в Нойхаузен. Бежать Скалих решил в субботу, так как все хорошо знали, что раньше по субботам он никогда не выезжал. Соратник и помощник Пауля Иоганн Шнелль подготовил экипаж и ожидал его в полях у деревни Мандельн, которая находилась недалеко от Нойхаузена, по дороге на Кёнигсберг. Опасаясь засады, Скалих незаметно выбрался из замка и по крутой тропинке через сад Люстгартен вышел на главную дорогу, ведущую в Кёнигсберг. Добравшись до Мандельна, он нашел экипаж с поджидавшим его Шнеллем. От деревни они направились в город. Экипаж был запряжен чужими лошадьми, а сам Скалих, чтобы его не узнали, накрылся плащом своего помощника. Позже рассказывали, что Скалих с помощью колдовства улетел на плаще своего друга. Проехав незаметно через городские ворота Кёнигсберга, он оставил Шнелля в городе и с небольшим сопровождением двинулся через Бранденбургские ворота на юг, к Хайлигенбайлю. В город они прибыли перед рассветом и, позавтракав в трактире, поспешили в Браунсберг. Опасаясь, что его там могут узнать, Скалих направился к устью реки Пассарге, к одноименному местечку. В пути экипаж сломался. Устранив поломку, они к ночи добрались до Альт-Пассарге. Долго не могли найти человека, чтобы переправиться на другой берег, к тому же был сильный ветер с залива. Наконец нашли старого лодочника, который и перевез беглецов. Там, в гостинице на берегу, они обнаружили засаду из девяти кнехтов. Стоявший на посту солдат по голосу узнал Скалиха и крикнул спящим товарищам, что обнаружил того, кого ждали. Скалих и его спутники бросились бежать и в темноте скрылись от погони. В конце концов беглецы благополучно добрались до Данцига. В этом городе Пауль пробыл около четырех недель, распуская слухи, что послан герцогом Альбрехтом с миссией к французскому королю. Вскоре Скалих получил письмо, в котором сообщалось, что ему необходимо немедленно, переодевшись, тайно бежать за пределы Пруссии. Чтобы сбить с толку врагов, он со своим окружением днем выехал из города в направлении монастыря Олива. Ночью, круто изменив маршрут, он направился на юг и 2 октября прибыл в Торн. Здесь он узнал, что его активно разыскивают. Тайно покинув город, Скалих через Иновроцлав без помех добрался до Позена (Познань). Оттуда он резко повернул на северо-запад, в Кюстрин. Из осторожности беглецы передвигались проселочными дорогами. Не задерживаясь в Кюстрине, Скалих проехал через Берлин, Виттенберг, Веймар, Эрфурт, Готу, Франкфурт и Майнц, добрался до французской границы и 26 ноября оказался в Нанси.

25 августа 1566 г. в Кёнигсберг прибыли эмиссары польского короля. Они присутствовали на Прусском ландтаге, который открылся еще 5 августа в Кафедральном соборе на Кнайпхофе. На его заседаниях рассматривали и разбирали жалобы, поступившие на Пауля Скалиха. Трухзесс фон Вецхаузен, прибывший вместе с комиссией, настоял на аресте Функа, Шнелля, Хорста и Штайнбаха. Герцог пытался защитить своих советников, но ничем им помочь не смог. Начался затяжной процесс. Вновь и вновь заслушивались обвинения. Слушание дела позволило выяснить, каким образом пользовались своей властью новые советники во главе со Скалихом. Против Скалиха открытого обвинения не прозвучало, но Трухзесс, выступив по своему делу, потребовал, чтобы его вызвали.

Против Функа, Шнелля, Хорста и Штайнбаха было выдвинуто обвинение в государственной измене. 26 октября зачитали приговор: смерть. Несмотря на просьбы и клятвы, приговор был приведен в исполнение перед Кнайпхофской ратушей с необычайной быстротой, как будто кто-то боялся, что они могут проговориться. Только Штайнбах, находившийся в крайне тяжелом состоянии (у него случился инсульт), остался в живых. Его заставили дать клятву, что он не будет мстить. В течение двух недель он должен был покинуть страну. Постановление от 28 октября гласило, что главным виновником произошедшего является Скалих, а потому он лишается своих владений и объявляется вне закона. Все его сделки были отменены. Старые советники восстановлены в своих должностях. Новое завещание признано недействительным.

Вся так тщательно спланированная операция закончилась полным провалом. Практически все легализованные агенты были или казнены, или бежали. Не исключено, что при дворе герцога оставался человек из Сионского ордена, который продолжал свою работу. Но он уже не располагал такими полномочиями, которые имел Пауль Скалих. К тому же в тот период в Сионском ордене наступило время междуцарствия; в 1556 г. Фердинанд де Гонзаг был смещен со своей должности конвентом в Турине. В то время управлял триумвират в лице сановников Николо Фруманто и герцога де Лонгвиля, кто был третьим – неизвестно. Возможно, из-за несогласованности их действий был утерян контроль над достаточно легкомысленным резидентом, что в конечном итоге и привело к провалу миссии Пауля Скалиха.

Следующий магистр Сионского ордена, Луи де Невер, племянник Фердинанда де Гонзага, похоже, в тот момент еще не был избран, но уже имел в ордене сильное влияние. В период религиозных войн во Франции он был на стороне лотарингского дома и его младшей ветви – дома де Гизов, поддерживавших католическую партию. Во время бегства Скалиха из Пруссии он находился при дворе Карла IX в Париже.

Из Нанси Пауль прибыл в Париж. Королевским чиновникам он официально представился как посланник герцога Альбрехта Прусского и обратился с прошением об аудиенции к королю. В это же время он тайно встретился с Луи де Невером, которому доложил о провале своей миссии в Пруссии, клятвенно обещая исправить положение, а заодно попросил денег. Известно, что к этому времени у него были финансовые проблемы, так как жизнь при королевском дворе требовала более 2000 тысяч талеров в месяц. Но денег ему дали крайне мало, – видимо, на него уже не надеялись. Через десять дней Скалих получил из королевской канцелярии отказ в аудиенции. Пауль покинул Францию и через Кёльн отбыл в Мюнстер.

Трудно сказать, какие инструкции ему дал магистр, но, лишившись финансовой поддержки из Пруссии, Скалих был готов работать на орден и за мелкие подачки. Он пытался вернуться ко двору в Вену и написал новому императору Максимилиану письмо, но тот даже не ответил на его послание.

В Мюнстере он вновь вернулся в католичество, уверяя, что никогда по-настоящему не отрекался. Там же он изменил фамилию. Протестантский Пауль Скалих стал верным католиком Паулем Скалигером. 12 мая 1570 г. в присутствии свидетелей он венчался со своей экономкой Анной Фоген, всюду его сопровождавшей. Венчание происходило в бенедектинской кирхе Юбервассер. Брак был благословлен католическим священником Каспаром фон Бюреном. 1 августа 1571 г. был крещен сын Скалиха Генрих Иоганн, рожденный 27 июля. Чтобы хоть как-то заинтересовать покровителей из тайного ордена, Скалих написал подробный отчет, куда включил все возможные, даже фантастические, версии о местонахождении реликвий. Ему были очень нужны деньги.

Тем временем 20 марта 1568 г. в замке Тапиау, ослабев душой и телом, скончался герцог Альбрехт Прусский. Вместе с ним умерла тайна Ковчега и орденских реликвий. По странному стечению обстоятельств в тот же день в замке Нойхаузен скончалась его жена Анна Мария.

После смерти Альбрехта Скалих, чтобы как-то реабилитировать себя в глазах сионцев и отработать те небольшие деньги, которые он получал от них, обратился с письмом к молодому наследнику Альбрехту Фридриху Прусскому. В своем послании он попросил помочь ему вернуться в Пруссию, но ответа не получил. Все его дальнейшие попытки успеха не имели. Понимая, что он представляет все меньше интереса для Сионского ордена, а знает слишком много, 29 апреля 1573 г. Скалих написал завещание. Он завещал своему сыну и наследнику Кройцбург и Кузиттен (уже давно ему не принадлежавшие), а жене определил пожизненную ренту с этих владений.

3 апреля 1574 г. ему показалось, что на горизонте мелькнула удача. Избранный королем Польши французский принц Генрих Валуа дал ему надежное сопроводительное письмо. Получить этот мандат Скалиху помог Сионский орден, он же организовал для него ходатайство от знатных польских фамилий. Хотя покровители сомневались, что это поможет, но решили дать ему последнюю возможность. Этот мандат позволял Паулю Скалиху свободно появляться в любом месте Польши и Пруссии. Официально он якобы занимался проблемами возвращения своих «незаконно» отобранных владений. 8 мая 1574 г. Генрих Валуа издал указ об отмене решения польской комиссии, объявлявшей Пауля Скалиха вне закона. По данному указу он был восстановлен в своих правах на владения в Пруссии. С этими документами осенью 1574 г. Скалих направился в Данциг, где проживали родственники его жены. Из Данцига он начал переговоры с прусскими чиновниками о возвращении его владений, прощупывая заодно возможность возвращения в Пруссию.

Но было уже поздно: Генрих Валуа вскоре покинул польский трон и выехал во Францию, где освободился французский престол. На этом последняя надежда Скалиха на то, что он снова может стать нужным Сионскому ордену, а значит, сохранить себе жизнь, угасла. Он еще пытался как-то вести переписку с Кёнигсбергом и докладывать своим руководителям о каких-то эфемерных успехах, но на нем уже поставили крест. В мае или июне 1575 г. в возрасте 41 года он скоропостижно скончался и был погребен у кармелитов в старой части Данцига. Его архив был тщательно проверен, нужные документы изъяты. После его смерти прусское правительство выкупило у вдовы Скалиха, жившей в бедности и долгах, все бумаги ее мужа. Куда после этого исчезли жена Скалиха и его сын, история умалчивает.