Без сомнений, Альбрехт еще до реформы ордена пытался решить судьбу Ковчега. Он неоднократно совещался с епископом фон Поленцем, ставшим к тому времени его духовником, ближайшим другом и советником. Но тогда решение так и не было принято.

После секуляризации ордена Альбрехт вновь вернулся к вопросу о Ковчеге. Вместе с фон Поленцем они часто обсуждали эту проблему, которая после принятия Пруссией лютеранства многократно усложнилась. Открытие орденской тайны теперь могло иметь непредвиденные последствия. Герцог Альбрехт постоянно чувствовал на себе давление со стороны своего дяди – польского короля Сигизмунда, которому не нравилось независимое поведение «еретика из Кёнигсберга». Дядюшка, если бы узнал о Ковчеге, при желании мог без особых проблем наложить на него руку. Германский кайзер Карл V, он же король Испании Карл I Габсбург, ярый католик, просто отказался признавать протестантскую Пруссию. Самого герцога Карл V заклеймил как еретика и изменника, а после отказа предстать перед имперским судом его объявили вне закона. Тевтонский орден также не простил Альбрехту его отступничества. Не признал секуляризацию орденского государства и папа римский.

В этом сложном политическом положении было решено сохранить тайну Ковчега до лучших времен. 8 июня 1525 г. Георг фон Поленц вступил в брак с Катариной Трухзес фон Вецхаузен и переехал в пожалованный ему герцогом замок Бальга, оставаясь гарантом этой тайны. В дальнейшем, когда 1 июля 1526 г. герцог Альбрехт женился на датской принцессе Доротее, оба посвященных пришли к решению: если ситуация не улучшится при их жизни, передать тайну наследнику. Но тут вмешалась судьба. Первый брак герцога оказался счастливым, принцесса Доротея была необычайно доброй, славной женщиной. Альбрехт очень любил ее, но из шести детей, которых родила Доротея, выжила только старшая дочь Анна София.

Смерть Доротеи в 1547 г. заметно подорвала психическое здоровье Альбрехта, и он начал пить. Его пристрастие к вину переросло в запои. Только благодаря настойчивым уговорам Георга фон Поленца он согласился жениться второй раз, чтобы иметь наследника. В 1550 г. Альбрехт вступил в брак с Анной Марией Брауншвейгской. Их венчание было последним значительным событием в жизни уже очень больного фон Поленца. Вскоре, 28 апреля 1550 г., он скончался в замке Бальга, с чувством исполненного долга вручив Богу свои надежды на семейное счастье герцога.

Однако этим надеждам не суждено было сбыться: женитьба на Анне Марии не стала для герцога счастливой. Анна страдала наследственной истерией, и когда через три года в замке Нойхаузен (г. Гурьевск) родился долгожданный наследник, названный Альбрехтом Фридрихом, выяснилось, что он умственно неполноценный. Попытки с помощью приглашенного хофмейстера Якова Шверинского воспитать наследника должным образом закончились полным провалом. До сих пор неясно, был ли наследник каким-то образом информирован о тайне Ковчега или герцог так и не решился сделать это.

Приглашение в Кёнигсберг Осиандера, с которым молодой магистр когда-то познакомился в Нюрнберге и к словам которого прислушивался с таким восторгом, привело к многочисленным теологическим раздорам среди духовенства и ученых. Это вызвало смятение и недовольство в обществе и породило разногласия между сословиями в стране. Основанный герцогом в своей столице университет, столь бурно начавший свою просветительскую деятельность, из-за разногласий в профессорской среде вскоре пришел в упадок.

Здоровье уже пожилого герцога Альбрехта также вызывало сильное беспокойство. Постоянные стрессы, связанные с состоянием политических дел в стране, и семейные проблемы герцог пытался снять безудержными пьянками. Все это привело его психику на грань срыва, он стал недоверчив и утратил ясность суждений.

В то же время вокруг герцога начинают появляться новые люди, прибывающие в Кёнигсберг с запада Европы. Одним из первых в окружении Альбрехта появился некий Иоганн Функ из Нюрнберга. Функ, имевший ученую степень магистра, был зятем Осиандера и с его помощью в 1547 г. получил в Кёнигсберге должность пастора альтштадтской кирхи. Вскоре после смерти фон Поленца он стал духовником герцога и пользовался у него большим доверием. Иоганн Функ осторожно пытался в приватных, доверительных разговорах с Альбрехтом выяснить некоторые моменты его биографии, связанные с пребыванием на должности хохмейстера.

В 1555 г. в окружении герцога появился известный математик и картограф Генрих Целль родом из Кёльна. В 1540 г. он прибывает в Данциг, где через два года изготавливает карту Прусской земли, выполненную с чрезвычайной точностью. Этот ученый проявил большой интерес к библиотеке герцога, книги которой хранились, как было принято в те времена, вместе с архивами – орденским и герцогским. В 1557 г. он был определен на должность замкового библиотекаря и, естественно, получил доступ к архивам, где проводил бо́льшую часть своего времени в поисках неких документов.

Постепенно в ближайшем окружении Альбрехта появляются и другие люди. Это Иоганн Шнелль из Померании, талантливый и изобретательный человек, но очень легкомысленный; тем не менее вскоре он становится советником герцога. Также поста советника добивается представитель герцога Мекленбургского Матиас Хорст.

Кем же на самом деле были эти люди, появившиеся при дворе герцога, которые, судя по всему, пытались проникнуть в некую тайну, известную только Альбрехту?