Некогда сильное, богатое и уважаемое орденское государство к концу Тринадцатилетней войны, по сути, оказалось нищим, экономическая мощь упала до минимума. Население сократилось наполовину. Крестьяне, немецкие и прусские, так обеднели, что оказались не в состоянии возделывать свои поля: у них не было лошадей, инвентаря, а прежде всего – денег. Орден не имел возможности расплатиться с наемниками. Часть из них еще во время войны получила пожалования в виде деревень, городов и целых амтов (районов). Но эта практика касалась только немцев, ни полякам, ни чехам, ни даже немцам из Чехии такие пожалования не делались. С этого времени в Пруссии появляются крупные землевладельцы-юнкера.

В этот период ситуация в Пруссии сильно изменилась. На пост хохмейстера из конъюнктурных соображений стали приглашать детей фюрстов (князей) Германской империи. Это делалось в надежде на то, что эти династии смогут оказать помощь ордену в его отчаянном положении. Последний хохмейстер, избранный из орденских рядов, Иоганн фон Тифен (1489–1497), еще при жизни назначил своим преемником Фридриха, младшего сына герцога Саксонского. Генеральный капитул после долгих переговоров с Фридрихом 29 сентября 1498 г. принял его в члены ордена и избрал на пост хохмейстера.

После вступления на этот пост Фридрих прибыл в Кёнигсберг и вскоре был посвящен в тайну Ковчега. Этой информацией с ним просто обязаны были поделиться Великий комтур Симон фон Драхе и орденский маршал Вильгельм цу Айзенберг, который до 1499 г. также занимал должность Великого комтура.

К этому времени, надо полагать, количество владеющих тайной Ковчега сократилось до двух-трех человек, что и понятно, ибо уже во время Тринадцатилетней войны были отмечены случаи предательства со стороны рыцарей ордена. Чтобы предотвратить утечку информации, круг посвященных в тайну ордена был сокращен до минимума.

Фридрих Саксонский, как урожденный имперский князь, занимал жесткую позицию относительно Польши и отказался от признания Второго Торнского мира. В 1507 г. Фридрих, оставаясь хохмейстером, покинул Пруссию и пребывал в Саксонии до самой смерти. Скончался он 14 декабря 1510 г. в Рохлице. Отбывая на родину, он передал власть четырем регентам: епископам Помезанскому и Замландскому, не имеющим доступа к тайне, и двум управляющим ордена – Великому комтуру Симону фон Драхе и маршалу Вильгельму цу Айзенбергу.

После смерти Фридриха регентский совет в результате длительных переговоров с имперскими князьями подобрал на пост хохмейстера кандидатуру юного Альбрехта Бранденбург-Ансбахского из Франконии. После того как его согласие было получено, Альбрехта приняли в члены ордена. Несколько месяцев спустя на капитуле в Кёнигсбергском замке по требованию регентов Альбрехт был избран хохмейстером. Это произошло 6 июля 1511 г. (по другим данным, 14 февраля 1511 г.).

Новый магистр был сыном маркграфа Фридриха Ансбахского и его жены Софии, дочери польского короля. Сам Альбрехт приходился племянником тогдашнему королю Польши и великому князю Литовскому Сигизмунду I (1506–1548). Это был приятный молодой человек 22 лет, высокого роста, с небольшим дефектом зрения: у него было заметное косоглазие. Новый магистр был человеком эмоциональным, умным и хитрым, неплохим администратором, но воинской доблестью не отличался. Только 22 ноября 1512 г. Альбрехт прибыл в Кёнигсберг – столицу ордена и резиденцию хохмейстеров. В его свите был Георг фон Поленц, выходец из знатного майсенского рода. Поленц был человеком образованным, обучался в Лейпциге, в 1498 г. стал бакалавром, затем продолжил обучение в высших школах Италии. Некоторое время находился при дворе папы Юлиуса II, потом поступил на военную службу к императору Максимилиану II. При осаде Падуи познакомился с маркграфом Альбрехтом Бранденбургским. Со временем они стали близкими друзьями. Когда Альбрехта выбрали хохмейстером, Поленц тоже стал членом ордена и вместе со своим другом прибыл в Пруссию.

Где-то в начале 1513 г. Великий комтур Симон фон Драхе и маршал Вильгельм цу Айзенберг посвятили Альбрехта в орденскую тайну и назвали место, где был сокрыт Ковчег. При первом же удобном случае они посетили замок Бальга и проникли в хранилище. Увидев Ковчег Завета, Альбрехт был явно потрясен. Это переживание, испытанное в молодости, он пронес через всю свою жизнь.

В начале 1514 г. между Альбрехтом и обоими посвященными что-то произошло. Причина неясна, но уже 3 февраля Симон фон Драхе и Вильгельм цу Айзенберг покинули свои посты. Фон Драхе остался при дворе почетным советником магистра, временами выполняя важные поручения, но после августа 1521 г. его имя нигде больше не упоминается. Маршал цу Айзенберг, затаив обиду, отбывает в Эльзас. Магистр, подозревая, что может произойти утечка информации, решил склонить его на свою сторону. К концу 1517 г. Альбрехт с помощью курфюста Йоахима примирился с отставным маршалом. В Европе цу Айзенберг выполнял различные дипломатические миссии. В 1519 г. он посетил в Виттенберге реформатора католической церкви Мартина Лютера. Впоследствии фон Айзенберг был втянут в евангелическое движение в Пруссии, и не исключено его влияние на хохмейстера в этом направлении. В конце концов из-за своих религиозных убеждений они вышли из ордена. Последнее упоминание о цу Айзенберге датируется осенью 1535 г.

Похоже, что еще в начале 1515 г. магистр нарушил орденскую традицию и поделился информацией о Ковчеге со своим близким другом и единомышленником Георгом фон Поленцем. В 1516 г. он назначает его комтуром Кёнигсбергского замка. Через два года, благодаря протекции Альбрехта, фон Поленц был возведен в сан епископа Замландского.

Альбрехт, как и его предшественник, пытался уклониться от присяги на верность польскому королю. Между ним и Сигизмундом начались затяжные дипломатические переговоры, которые все более обостряли ситуацию между двумя государствами и в конце концов привели к войне. Еще задолго до начала боевых действий Альбрехт отдал приказ укрепить замок Бальга. В 1516 г. для защиты от артиллерийского огня стены форбурга были прикрыты мощными валами, которые располагались за рвами форбурга. Во время насыпки валов образовался новый ров, в результате чего крепость получила третью линию обороны.

Осознав, что войны не избежать, Альбрехт, не имея ни войск, ни денег, решился заключить союз с Москвой. В январе 1517 г. он отправляет Дитриха фон Шёнберга к Василию III на переговоры. Планируемый союз с Москвой имел откровенно наступательный характер. Верховный магистр и великий князь должны были получить утраченные земли: Альбрехт – Западную Пруссию, Василий – захваченные Литвой русские земли. С самого начала было ясно, что орден нуждался в деньгах и русская помощь в первое время должна была состоять в субсидиях. Разногласие было только в одном: орден хотел получить деньги и после этого начать боевые действия, а Москва требовала, чтобы орден начал войну, и только после этого она готова была платить деньги. В марте к магистру был отправлен посланник великого князя Давыдов-Загряжский, и это была первая русская дипломатическая миссия в Пруссию. Переговоры затянулись, шел постоянный обмен посланниками. В конце концов в октябре 1519 г. русские выплатили аванс, и война началась.

Вечером 31 декабря 1519 г. Альбрехт с отрядом из 160 всадников покинул Кёнигсберг. Ночью, в сильную вьюгу, они прибыли в Хайлигенбайль. Сюда подошло подкрепление – еще около ста рыцарей. Ранним утром они выступили на Браунсберг. Скрытно подойдя к городу и дождавшись сигнала разведчика, магистр со своим войском внезапно ворвался в город и почти без боя захватил его и замок. Из Кёнигсберга подошло еще 500 человек; укрепив город, войско расположилось в нем. Ворота в Эрмланд были распахнуты, но из-за отсутствия ожидаемой помощи Альбрехт не смог этим воспользоваться и был вынужден перейти к обороне. Как полководец он выказал свою полную несостоятельность. Альбрехт не имел никакого представления ни о собственных силах, ни о силах противника.

Польское войско при поддержке чешских наемников и татар вторглось в Пруссию, уничтожая все на своем пути. Они захватили Домнау, сожгли Пройсиш-Эйлау и осадили Цинтен. Неожиданно на них напали орденские войска и разгромили их. Осада была снята. В то же время данцигский флот в середине марта заблокировал на косе Фрише-Нерунг старый пролив, затопив в нем несколько кораблей. Выход из залива Фришес-Хафф в море был перекрыт. В мае польские войска опять начали наступление и захватили Хайлигенбайль, тем самым отрезав Браунсберг от Кёнигсберга. Из-за нехватки войск Цинтен был оставлен, а городскую артиллерию перевезли в Бальгу. 23 мая поляки осадили замок Бранденбург. После двухдневного штурма с трех сторон на суше и данцигского флота со стороны залива гарнизон из-за отсутствия помощи и артиллерии вынужден был сдаться, что и произошло 25 мая. Условия сдачи были почетными, комендант замка и его люди получили свободный выход. На Троицу 1520 г. польские войска подошли к Кёнигсбергу, но, не решаясь штурмовать город, в конце концов отступили.

После недолгого перемирия в начале июля Данциг высадил десант и вновь занял Бранденбург. 5 июля замок был сожжен со всеми прилегающими зданиями. Из Бранденбурга польское войско двинулось в сторону крепости Бальга и осадило ее. Три дня они обстреливали замок, но так и не смогли нанести ему большого вреда. Ответным огнем орденской артиллерии, установленной на новом валу, противнику был нанесен значительный ущерб, и польская армия вынуждена была отойти.

Вся вторая половина 1520 г. прошла в небольших столкновениях. В феврале 1521 г. хохмейстер Альбрехт очистил побережье залива Фришес-Хафф от поляков. Несмотря на отдельные успехи, эта война была неудачной для ордена. Но и польский король не смог добиться победы. 5 апреля в Торне было заключено перемирие на четыре года, которое положило конец этой короткой, но кровопролитной войне, получившей в истории название «Война всадников».

После заключения перемирия магистр Альбрехт отправился в Германию, пытаясь найти там помощь в борьбе с Польшей. На время своего отсутствия регентом Пруссии он назначил фон Поленца. Однако его надежды на помощь из Германии не оправдались, срок перемирия истек, и магистр должен был предпринять решительные шаги.

Но еще до окончания перемирия Альбрехт при посредничестве своего брата маркграфа Георга фон Ансбах-Бранденбургского и герцога Фридриха фон Лигниц унд Брига начал мирные переговоры с Сигизмундом I. На этих переговорах рассматривалось несколько проектов мирного договора. Остановились на весьма радикальном варианте, одобренном Альбрехтом. По этому проекту орденская территория передавалась нынешнему магистру в собственность (!) в качестве светского герцогства, находящегося в ленной зависимости от польского короля. Этот договор предусматривал роспуск Тевтонского ордена в Пруссии.

Но не все члены ордена поддержали решение магистра распустить орден и принять светскую вассальную зависимость Пруссии от польской короны. В числе этих немногих членов, составивших оппозицию Альбрехту, был комтур Мемеля Эрих Младший, герцог Брауншвейгский. Он был одним из самых серьезных противников магистра. Вопреки воле находящегося в отъезде Альбрехта и его заместителя, епископа Замландского Георга фон Поленца, Эрих принялся деятельно укреплять Мемельский замок. Альбрехту, который уже принял решение о роспуске ордена и превращении Пруссии в светское государство, было совершенно не нужно, чтобы такой значительный член ордена, как Эрих Брауншвейгский, находился в Пруссии. В 1524 г. ему была предложена должность комтура в Кобленце (Германия), на которую он претендовал ранее, но Эрих отказался, ссылаясь на веские причины. Было ясно, что он не желает отдавать Мемель под власть магистра. При этом он старательно изображал из себя верноподданного, фактически не подчиняясь Альбрехту. Попытка арестовать комтура Мемеля во время одного из посещений Кёнигсберга закончилась неудачей.

Вскоре Альбрехт вернулся в Кёнигсберг и затребовал герцога Эриха к себе. Но тот, демонстративно сославшись на болезнь, ехать отказался. Тогда магистр отправился к нему сам с небольшой свитой, давая понять, что прибыл для переговоров. Эрих Брауншвейгский встретил его в полном боевом облачении, напоминая этим о неудачной попытке его ареста. В начавшихся переговорах Альбрехт смог переломить воинственное настроение своего противника. Он нашел общий язык c Эрихом, и герцог сдал замок Альбрехту. В обмен на это магистр пообещал ему ежегодное содержание на жизнь в Кобленце. Вместе с Эрихом в Кобленц отправились и несколько десятков орденских рыцарей, несогласных с решением Альбрехта. Они надеялись, что Эрих Брауншвейгский все-таки станет новым магистром ордена в Пруссии. Но он неожиданно умер в том же году при странных обстоятельствах.

Убрав руководителя оппозиции и претендента на пост магистра, Альбрехт развязал себе руки. К тому же он исхитрился сделать так, что все его противники оказались за пределами Пруссии. Еще раньше Альбрехт сумел упразднить и малый капитул ордена. Верховный госпитальер Николаус фон Пфлюг покидает свою должность в 1511 г. Верховный трапиер Рудольф фон Типпельскирхен пробыл на этом посту до 4 мая 1516 г. Последний орденский маршал Георг фон Эльц занимал должность до октября 1522 г. и отбыл в Германию на дипломатическую работу, откуда уже не вернулся. После смерти Великого комтура Николауса фон Баха (1518–1521), наверняка не посвященного в тайну Ковчега, новый Великий комтур Йобст Трухзес фон Вецхаузен (1522–1523) продержался на этой должности около года, затем Альбрехт избавился и от него, направив ландкомтуром в Австрию.

К 1525 г. вся власть сосредоточилась в руках последнего Верховного магистра. Всевозможными методами избавившись от оппозиции, он плавно пересел с выборной должности хохмейстера на наследственный трон герцога Пруссии. Этот трон, согласно Краковскому договору от 8 апреля 1525 г., он благополучно получил от своего дяди, короля Польши Сигизмунда I. Но трон, полученный таким образом, не принес счастья ни Альбрехту, ни его наследникам.

Еще во время поездки по Германии у Альбрехта была встреча в Нюрнберге с известным лютеранским проповедником Осиандером, который склонял его к принятию учения Лютера. Выяснив, насколько это ему выгодно как светскому правителю (все церковные земли переходили в его собственность), Альбрехт обсудил эту проблему с Георгом фон Поленцем. В результате вместе с ликвидацией ордена они заодно проводят и церковную реформу. Все герцогство Прусское принимает лютеранство. Альбрехт секуляризирует все оставшиеся на его территории епископства и монастыри, забирая их земли в пользу государства, – проще говоря, в собственную пользу.