В начале своего царствования Александр I провел умеренно либеральные реформы, разработанные небольшим кружком его приближенных — Негласным комитетом — и видным государственным деятелем М. М. Сперанским.

8 февраля 1802 г. манифестом «Об учреждении министерств» была начата министерская реформа, учреждено 8 министерств, заменявших петровские коллегии, ликвидированные Екатериной II и восстановленные Павлом I. На основании манифеста императора Александра I 8 сентября 1802 г. образовано Министерство военно-сухопутных сил, существовавшая до того времени Военная коллегия вошла в его состав без изменений. В 1815 г. министерство переименовано в Военное министерство, являвшееся органом центрального военного управления в Российской империи в 1802–1917 гг.

Министерство состояло из артиллерийского, инженерного, инспекторского, провиантского, комиссариатского, медицинского и аудиторского департаментов, канцелярии и «особых установлений»: военно-ученого комитета, военно-топографического депо и военной типографии.

Военное министерство ведало всеми отраслями военного управления кроме военно-учебных заведений. Во главе его был поставлен военный министр (до 1808 г. — министр военно-сухопутных сил), власть которого состояла в том, что он «мог понуждать все подчиненные ему места и лица к исполнению законов и учреждений». Дела, требовавшие нового учреждения или важных перемен в уже существующих, а также хозяйственные дела рассматривались советом министра, состоявшим из директоров департаментов и членов от генералитета.

В 1815 г. издано Положение об управлении военного департамента, которым образован Главный штаб Е. И. В., подчиненный начальнику этого штаба. В состав его вошли военный министр и инспекторы артиллерии и инженерного корпуса. В штабе были сосредоточены все части военного управления. Военный министр, будучи подчинен начальнику Главного штаба, имел в своем ведении лишь хозяйственную часть; ему подчинены были департаменты комиссариатский, провиантский и медицинский, а артиллерийский и инженерный — только по употреблению сумм. Инспекторы артиллерии и инженеров, управляя департаментами, о хозяйственных делах представляли военному министру, а об остальных — начальнику Главного штаба.

Министр имел заместителя (товарища министра) и канцелярию. Министерства подразделялись на департаменты, возглавляемые директорами; департаменты — на отделения во главе с начальниками отделений; отделения — на столы во главе со столоначальниками. Для совместного обсуждения дел учреждался Комитет министров.

12 июля 1810 г. вышел подготовленный М. М. Сперанским манифест «О разделении государственных дел на особые управления», 25 июня 1811 г. — «Общее учреждение министерств», разделявший все государственные дела «в порядке исполнительном» на пять главных частей, из которых устройство внешней безопасности поручалось военному и морскому министерствам.