В 1901 году архитектором болгарином Христофором Кожевым составлен был новый план соборного храма в честь Успения Божией Матери и преподобных Афонских, и отец Досифей выразил согласие и желание построить сей соборный храм. Вскоре после возвращения отца Досифея из России, то есть 4 июня 1902 года, прибыли в Фиваиду из монастыря старцы: отец наместник Нифонт, иеросхимонах отец Виссарион, казначей отец Аристоклий и иеромонах отец Иакинф (ныне наместник) с архитектором Христофором и с общего совета ими было осмотрено и облюбовано место для постройки соборного храма.

Чертеж предполагаемого собора

Тогда же определили и размер оного, а церкви Вознесенскую и преподобных Афонских предположили впоследствии, когда потребуется, сломать, престолы же их совместить в новом соборе и сделать предельными: с правой стороны Вознесения Господня, а с левой – преподобных Афонских, посредине же сделать главный престол во имя Успения Божией Матери. После молитвы ко Господу и Его Пречистой Матери старцами были прочтены храмовые тропари, и после этого начали копать канавы на местах, означенных архитектором. Несколько лопаток земли выбросил и отец наместник, а после него все старцы и старшая братия.

8 июня рано утром отец наместник, старцы и архитектор уехали обратно в монастырь. Земельные работы для закладки фундамента шли оживленно, вся фиваидская братия усердно трудилась.

14 июня отец наместник Нифонт со старцами и архитектором Христофором паки прибыли в Фиваиду и были торжественно встречены. Архитектор, осмотрев земляные работы канав для фундамента, в тот же день на пароходике уехал, а все остальные остались в Фиваиде на предстоящий храмовый праздник. 16 июня в Фиваиде совпало два храмовых праздника: всех преподобных Афонских в соборной церкви и в параклисе преподобного Тихона Калужского, устроенном отцом Досифеем. 17 июня после Литургии, совершенной соборне, было торжественное освящение места, и после освящения оного была сделана предварительная закладка собора – в канавке, где должно быть горнее место, а 17 сентября того же года игуменом отцом Андреем в присутствии отца Досифея, местных старцев и братства была совершена и сама закладка сего соборного храма.

Так было сделано начало. Отцом Досифеем было куплено в Солуне 300 000 кирпичей и маленький катер (пароходик), ценностью в 120 лир. Разломали старый корпус, в коем было несколько братских келий и Вознесенская церковь, и вслед за очисткой места начали рыть канавы для фундамента храма.

8 июня 1903 года, в день храмового праздника преподобных Афонских, на котором присутствовал отец игумен Андрей, после отдыха были созваны в гостиную местные старцы для обсуждения дел Фиваиды и для избрания заведующего на место отца Досифея, который просил увольнения от этой должности. По совещании на место заведующего был назначен иеросхимонах Измарагд и к нему в помощники старцы: иеросхимонах Протасий, иеромонах Уриил, иеросхидиа кон Сысой, схимонах Игнатий и схимонах Мефодий, а отец Досифей утвержден строителем собора и главным старцем, но он снова уехал в Россию, вследствие чего постройка собора приостановилась.

30 октября 1903 года в Фиваиде было получено печальное известие о кончине добродушного игумена отца Андрея, нанесшее скорбь и печаль всему братству, а 9 ноября в пустыни узнали, что во игумена избран наместник иеросхимонах отец Нифонт и посвящен архимандритом. Отрадная весть о добрых действиях нового игумена отца Нифонта весьма порадовала фиваидцев: он любил бедных и особенно иноков-сиромах святогорских, многих бесприютных принял и благословил занять свободные каливки в Фиваиде, которые они заняли и живут, спасаясь. Вслед за ними стали являться и такие, которые имели средства; они по благословению игуменскому строили в Фиваиде каливы на избранных ими местах.

С каждым годом постройка пустынных калив все более увеличивалась и число спасающихся возрастало. Очень приятное движение – все ко спасению братии и к славе Божией. В том же 1903 году 23 сентября был принят в число братства Фиваиды Александр Сергеевич Галилеев из города Кузнецка Саратовской губернии, 2 апреля 1908 года он был пострижен в схиму и назван Афанасием.

Ровно через два года в Фиваиде опять было получено печальное известие о кончине отца игумена Нифонта, последовавшей 24 октября 1905 года, а на его место 13 ноября 1905 года был избран игуменом архимандрит Мисаил.