Новому заведующему, иеросхимонаху Авраамию, были изложены некоторые условия о правах, данных ему от отца игумена Андрея и соборных старцев, и 20 января 1898 года, при поставлении отца Авраамия, они были прочитаны наместником иеросхимонахом Нифонтом в присутствии братства Фиваиды.

Вступив вторично в управление Фиваидой, отец Авраамий с обычной своей энергией опять принялся за постройки и работы. Во-первых отцом Авраамием был выстроен большой трехэтажный корпус на берегу моря, рядом с пристанью, со следующими подразделениями: в верхнем и среднем этаже были помещены кельи для братских помещений, а в нижнем этаже устроили склад для продовольственных продуктов и некоторых строительных хозяйственных предметов. Постройка этого корпуса производилась под наблюдением отца Авраамия на средства, получаемые по почте от благодетелей Фиваиды.

Также были подняты запрудные стены, вследствие чего пруды увеличились.

В том же году прибыл в Фиваиду на жительство и вступил в число братства рясофорный монах Димитрий (Дружков), в мантии Дионисий, который от себя пожертвовал братству Фиваиды святую чудотворную икону Божией Матери «Избавительница», копию святой чудотворной иконы Божией Матери «Избавительницы», находящейся в Симоно-Кананитском монастыре на Новом Афоне (подробности об этой иконе даны в конце настоящего очерка).

Отец игумен Андрей пожертвовал два киота весьма изящной работы, уцелевшие от пожара Покровского собора. Киоты сии стоят в церкви преподобных Афонских с правой и с левой стороны за клиросами, в этих киотах установлены иконы: с правой стороны – икона храмовая преподобных Афонских, пожертвованная в Фиваиду духовником отцом Иеронимом в 1883 году, а с левой – икона святого великомученика и целителя Пантелеимона в 1 ½ аршина, пожертвованная монахом Спиридоном.

Иеросхимонах Афанасий из Капсалы для церкви преподобных Афонских пожертвовал Святое Евангелие.

В том же 1898 году весною пустынь Фиваиду посетил один боголюбец, уроженец Таврической губернии Давид Яковлевич Долгий, и от себя пожертвовал в вечное достояние пустыни Фиваида святую икону святители и чудотворца Николая. Об этой святой иконе он оставил письменное сообщение за своей собственноручной подписью, содержание этого сообщения будет описано в конце настоящего очерка.

На эту святую икону иеросхимонах отец Аристоклий 4 июня 1902 года привез с собой в жертву прекрасную очень массивную и изящно отделанную серебряную ризу, сооруженную его заботами на средства известных и знакомых ему московских благодетелей. Старая риза, отделанная фольгой, была снята с иконы старцами пустыни и надета эта новая риза. По желанию старцев пустыни и братства и по благословению батюшки игумена отца Андрея, еженедельно в среду вечером на повечерии перед этой иконой читается акафист святителю Николаю.

В том же 1898 году по благословению отца игумена Андрея принят в число братства пустыни Фиваида камышинский мещанин Саратовской губернии Тимофей Васильевич Терновский (в мантии Тихон).

В 1899 году в нижнем этаже Троицкого корпуса, где находились братская усыпальница, кладовая церковных вещей и склад для дров, отцом Авраамием отделаны четыре довольно приличные братские кельи, помещение для библиотеки, а также помещены кладовая для церковных вещей и два фондарика для поклонников. Также отцом Авраамием выстроена при кладбище братская усыпальница.

По ходатйству отца Авраамия от батюшки игумена отца Андрея и от старцев монастыря было получено благословение на постройку соборного храма в пустыни Фиваида во имя всех святых преподобных Афонских по плану, составленному академиком иеромонахом отцом Павлом. В Одессе были заказаны в большом количестве экземпляры плана соборного храма, большие и малые, с подписью: «Предполагаемый к постройке». Большие планы щедро раздавались поклонникам при личном посещении ими пустыни, а малые рассылались благодетелям в письмах, однако просительных писем от обители не писали никому. Были наняты рабочие каменщики, которые приступили к теске камня, потребного для собора.

К досточтимому батюшке отцу Иоанну Кронштадтскому послали с поклонником, петербургским купцом Николаем Ивановичем Восковым, просительное письмо и святую икону Божией Матери «Достойно есть». В этом письме было отцы пустыни рассказывали о намерении построить собор в Фиваиде и просили его святых молитв и материальной помощи.

27 июля, после храмового праздника в Русике, прибыли на пароходе в Фиваиду архимандриты Русских Свято-Афонских скитов – Ильинского Гавриил и Андреевского Иосиф и гостили здесь несколько дней. Своим посещением они утешили братство Фиваиды. Пред выездом из пустыни архимандрит Иосиф пожертвовал 100 рублей на постройку собора, крестообразно благословил рукой то место, где предполагалась закладка собора, и пожелал Божией помощи на доброе дело.

В том же 1899 году по распоряжению отца Авраамия братская трапеза была иконно расписана иеросхимонахом отцом Уриилом.

Отцом Авраамием сооружена могуна (большая лодка), предназначенная для доставки провизии и других предметов, получаемых в монастыре для нужд Фиваиды.

Им же произведены большие расчистки места на морском берегу для склада строительных материалов.

Произведены закупки больших партий сантуринки. Выгружено несколько судов одно за другим, так что весь нижний этаж вновь отделанного трехэтажного корпуса ею завален.

Близ хлебни отцом Авраамием был устроен большой крытый сарай (вроде магазина), предназначенный для бондарной мастерской, которая занимает в нем небольшое помещение, а все остальное место сарая отведено для склада досок и других строительных материалов, необходимых для постройки собора. Вскоре все большое помещение этого сарая было занято закупленным лесом, который прибыл на нескольких судах и был сгружен туда.

В том же 1899 году отец игумен Андрей в благословение от себя и в утешение братству пожертвовал святую икону новоявленного чудотворца святителя Феодосия Черниговского. Икона живописная на дереве мерой 6 вершков, в нее искусно вложена частица мощей этого святителя. Эта икона стоит в алтаре, выносится на средину церкви для прикладывания братий и для торжественного чествования и величания святителя в дни памяти его 5 февраля и 9 сентября.

Произведена постройка двухэтажного корпуса с подвалом в пристройку, в протяжении к Вознесенскому корпусу. В этом корпусе устроены помещения: канцелярия, мастерская, портная, чистенький архондарик и 19 братских келий. Постройка этого корпуса производилась под наблюдением отца Авраамия на средства, полученные от благодетелей по почте.

В том же году отцом Авраамием устроен новый, третий пруд, исправлены и оштукатурены стены двух старых прудов и, кроме того, устроен капитальный водопровод: от Дионисиатской границы проведен канал на расстоянии около полутора верст и соединен со средним прудом.

В том же году пустынью Фиваидой получена от архимандрита Рафаила в жертву чрез монаха Константина Бакакина часть древа священного дуба Мамврийского, величиной в 5 вершков, с сургучной печатью Иерусалимской Миссии и с надписью архимандрита Рафаила.

В том же 1899 году осенью в качестве поклонника посетил пустынь Фиваиду один из служащих при Иерусалимской Миссии иеромонах Серафим, также духовный сын Афонской Пантелеимоновской обители, и пожертвовал от себя в церковь преподобных Афонских замечательной иконописной работы святую икону Божией Матери, именуемой «Умиление». Икона эта была написана одной инокиней Дивеевского женского монастыря и имеет размеры 1 аршин 4 вершка. Им же для этой иконы пожертвована ценная серебряная лампада.

В 1900 году в Фиваиду прибыл в качестве поклонника иеромонах Тихоновой пустыни, Калужской губернии, отец Досифей на неопределенное время.

Отцом Авраамием произведена пристройка снаружи восточной алтарной стены церкви преподобных Афонских, и, когда пристройка была окончена и покрыта, выломали старую алтарную стену. Алтарь сделался довольно просторный и величественный, весьма удобный для соборных служений.

Временно проживающий в Фиваиде иеромонах Досифей, желая оказать материальную помощь новостроящейся пустыни Фиваида, на средства известных ему благодетелей выстроил между Троицким корпусом и гостиной новый трехэтажный корпус со следующими подразделениями: в нижнем и среднем этажах отвели помещение для братий, а в верхнем иеромонах Досифей устроил параклис во имя преподобного Тихона Калужского и для себя келью. Работы по строительству корпуса производились под наблюдением отца Досифея и отца Авраамия.

Вследствие необходимости заготовления потребного количества извести, отцом Авраамием на средства обители были устроены для этого пять больших цистерн – четыре наверху и одна на берегу моря, у пристани.

В 1900 году отец Авраамий от управления Фиваидой отказался из-за болезни и отошел от всех дел пустыни.