Экспедиция Магеллана доказала, что к вожделенным «Островам пряностей», к Молуккам, ведут два пути: испанский, западный — вокруг Южной Америки, португальский, восточный — вокруг Южной Африки. Возник вопрос: кому же должны принадлежать Молукки по папскому разделу мира — Испании или Португалии? Иными словами, так как папа провел демаркационную линию только через Атлантический океан, нужно было определить, как она должна пройти через Тихий океан. Чтобы разрешить спор, стороны передали его в 1524 г. на обсуждение так называемого Бадахосского конгресса, составленного на паритетных началах: каждое государство послало трех юристов, трех космографов и трех штурманов. Конгресс продолжался 50 дней и не привел к результатам: неизвестны были ни отправной пункт, ни точная длина градуса меридиана и, следовательно, длина большого круга земного шара, ни морские расстояния до Молукк, ни, наконец, их координаты. Расхождения между предложениями обеих сторон доходили до 46°! После провала Бадахосского конгресса испанцы решили открыто не считаться с португальской монополией на торговлю с «Островами пряностей» и снарядили флотилию из семи судов с командой в 450 человек под начальством знатного рыцаря-монаха Гарсии Хофре Лоайсы, не имевшего опыта дальних плаваний. Главным штурманом был назначен Хуан Себастьян Элькано. Лоайса поднял адмиральский флаг на «Санта-Мария-де-ля-Виктория» (300 т); Элькано находился на «Санкти-Эспиритус» (200 т). Два других корабля имели водоизмещение 170 и 130 т, а три малых судна — 70—80 т. 24 июля 1525 г. флотилия вышла из порта Ла-Корунья, намереваясь повторить путь Магеллана. Элькано, проявивший себя ранее как хороший капитан небольшой «Виктории», оказался плохим помощником неопытного флотоводца Лоайсы. Флотилия, состоявшая из разнотипных судов, двигалась через Атлантический океан очень медленно. В конце 1525 г. близ берегов Патагонии (за 48° ю. ш.) буря разбросала суда. Лоайсе удалось в январе 1526 г. соединиться только с двумя кораблями, а на мысе у входа в Магелланов пролив он подобрал людей с «Санкти-Эспиритус», потерпевшего крушение по вине Элькано.

8 февраля новый шторм обрушился на флотилию. Два малых судна — «Санто Лесмес» под командой Франсиско Осеса (Hoces) и «Санта-Мария-дель-Парраль», капитан Хорхе Нахеро, — были отброшены далеко на юг (к 55° ю. ш.). По докладу Осеса, они видели «конец земли», т. е. либо юго-восточную оконечность главного острова Огненной Земли, либо один из южных островов архипелага, за которым простиралось открытое море. Это было важное открытие. Оказалось, что в Тихий океан можно пройти, минуя извилистый и опасный Магелланов пролив. Но в то время на сообщение Осеса не обратили внимания. Не воспользовались им и Осес с Нахеро: они повернули на север и в середине февраля нашли в устье р. Санта-Крус адмиральский корабль и третье малое судно. Та же февральская буря заставила большие суда выйти из пролива в Атлантический океан. При этом два корабля дезертировали: один пошел на восток к мысу Доброй Надежды и пропал без вести, другой повернул на север, в Бразилию, взял там груз бразильского дерева и прибыл на родину после почти двухлетнего плавания. Только это судно и вернулось в Испанию.

Моряки приступили к ремонту сильно пострадавших судов. Нуждаясь в припасах, они писались главным образом рыбой и тюленьим мясом. В конце марта флотилия снялась с якоря: Элькано перешел на адмиральский корабль. 5 апреля 1526 г. флотилия снова вошла в Магелланов пролив и, пройдя его с довольно подробной описью берегов, вышла через семь недель в Тихий океан (Магеллан же потратил на это четыре недели). Только она повернула к северу, как налетевшая 1 июня 1526 г. осенняя буря у 47° 30' ю. ш. навсегда разлучила все четыре судна. Осес на «Санто Лесмесе» пропал без вести. Как предполагают, он взял курс прямо на Молукки, потерпел крушение у одного из островов Полинезии и погиб со всеми людьми.

Самое маленькое судно «Сантьяго» под командой Сантьяго де Гевары не могло одно пересечь Тихий океан — не хватило бы провианта. Поэтому Гевара двинулся на север, вероятно, рассчитывая добраться до Панамы. Западное побережье Южной Америки было еще совершенно неизвестно, но Гевара надеялся, что нигде на своем прямом пути на север он не встретит выступов суши, которые ему придется обходить с риском и потерей времени. Так оно и случилось. Его плавание наугад прошло вполне благополучно, ветры оказались попутными. После семинедельного перехода 25 июля Гевара достиг Toyантепекского перешейка. Он не нанес на карту — да и не имел возможности это сделать — западное побережье Южной Америки. Только однажды, уже под 3° с. ш., за две недели до конца перехода, он видел на востоке какую-то землю за маленьким островом — вероятно, Никарагуа. Но этот поразительный безостановочный переход через океан — от 47°30' ю. ш. до 16° с. ш., более 7 тыс. км — убедительно доказал, что берег Южной Америки нигде не выступает далеко на запад и что, следовательно, она имеет форму треугольника. На карте Диогу Рибейры 1529 г. этот материк изображен, несомненно, с учетом плавания Гевары.

Одинокий адмиральский корабль (вторично после Магеллана) пересек Тихий океан в северо-западном направлении. Лоайса умер вскоре после прохождения экватора — 30 июля, Элькано — 6 августа 1526 г. Новый командир Торивью Алонсо Саласар 21 августа за 14° с. ш. впервые увидел землю, по всей вероятности Таонги или Сибилла, самый северный из атоллов Маршалловых о-вов, а 4 сентября подошел к о. Гуам, где подобрал Гонсало Виго, дезертира с Магелланова «Тринидада». Саласар умер на пути от Гуама к Филиппинам. Заменивший его капитан баск Мартин Иньигес Каркисано достиг Минданао 2 октября, а оттуда повел «Санта-Марию» к Молуккам. Во время перехода через океан из 145 человек экипажа 40 человек умерли от голода и цинги. На о. Тидоре, к западу от Хальмахеры, куда корабль прибыл 1 января 1527 г., испанцы сейчас же начали укрепляться с помощью местных жителей, ненавидевших португальцев. Атаку своих врагов они успешно отбили, но корабль пришел в такое состояние, что о возвращении на родину нельзя было и думать. Вскоре умер и Каркисано, и капитаном стал Эрнандо де ла Торре. Под его командой моряки кое-как держались, ожидая помощи из Испании. Они построили вельбот или бригантину, на которой штурман Урьярте и сопровождавший его Андерс Урданета около 1528 г. совершили полный обход о. Хальмахера.

Хорхе Нахера на каравелле «Парраль» самостоятельно пересек Тихий океан, достиг Филиппин и потерпел крушение к югу от Минданао; часть экипажа спаслась на близлежащем островке.

Альваро Сааведра, посланный Кортесом «на Молукки или в Катай», вышел из мексиканской гавани Сакатулы (устье р. Бальсас, 18° с. ш.) 31 октября 1527 г. на трех малых судах (115 человек экипажа). Двинувшись на юго-запад, он повернул затем на запад, держась 11° с. ш. 4 декабря его судно «Флорида» (50 т) навсегда разлучилось с двумя другими судами — судьба их не выяснена. В конце 1527 г. Сааведра подошел, как он думал, к Марианской цепи; на самом же деле это были северные атоллы Маршалловой группы. На один из них он высаживался 15 января 1528 г. Оттуда Сааведра перешел к Филиппинам, где подобрал уцелевших людей с «Парраля». В конце марта он пристал к о. Тидоре. На «Флориде» было всего 45 человек, так что они мало чем могли помочь испанцам, укрепившимся на Тидоре.

Сааведра решил вернуться в Мексику и 3 июня с грузом пряностей вышел в море. Обогнув с севера о. Хальмахера, он подошел к берегам «острова папуасов» (о. Биак, у 136° в. д.?), жители которого обеспечили испанцев продуктами. Из-за плохой погоды мореплаватели задержались здесь почти на месяц, а затем шли на восток вдоль побережья «страны папуасов» (Новая Гвинея) около 600 км. Далее к востоку Сааведра открыл один из островов из группы Адмиралтейства, где простоял три дня. Здесь на судно было совершено нападение, которое испанцы отбили и в стычке захватили трех человек, «черных, с курчавыми волосами, безобразного вида». Повернув на северо-восток, у 7° с. ш. моряки наткнулись на несколько островов из числа центральных Каролинских, населенных светлокожими бородатыми людьми. Сааведра так и назвал новооткрытые земли — «Ислас-де-лос-Барбудос» («острова бородатых людей»). Из-за постоянных противных ветров (северо-восточный пассат) он не мог подняться выше 14° с. ш. и 18 ноября 1528 г. вернулся к Тидоре через один из Марианских островов и мимо восточного побережья о. Минданао.

3 мая 1529 г. Сааведра повторил попытку достичь Мексики и вновь на «Флориде». Тем же путем он подошел к о-вам Адмиралтейства и открыл крупнейший из них — о. Манус, а в середине сентября у 7° с. ш. обнаружил пять островов, несомненно, из восточной группы Каролинских, в том числе, видимо, Понапе, населенных черными бородатыми людьми, облаченными в «плащи» из пальмовых листьев. Далее к северо-востоку между 9° 30'—11° 30' с. ш. испанцы наткнулись на шесть обитаемых атоллов на крайнем западе Маршалловой группы и провели неделю на одном из них — вероятно, на атолле Эниветок. В октябре близ 26^й с. ш. Сааведра умер. Его преемник пытался еще некоторое время идти тем же курсом, но у 31° с. ш. из-за противных ветров повернул обратно. С большим трудом 8 декабря 1529 г. он довел «Флориду» до Хальмахеры.

С о. Тидоре испанцев прогнали, и они перешли на Хальмахеру, где вместе с моряками с «Флориды» попали в руки португальцев, вступивших во владение Молукками не только де-факто, но и де-юре. Карл I уступил им свои «права» по договору в Сарагосе от 23 апреля 1529 г. за 350 тыс. дукатов (около 1 млн. долларов золотом) и согласился с тем, чтобы демаркационная линия проходила на 17 градусов восточнее Молукк. Но испанские экспедиции из Мексики к Филиппинам продолжались, хотя эти острова, расположенные северо-западнее Молукк, должны были, согласно договору, отойти к Португалии. Последние 16 испанцев с Хальмахеры отправились обратно в Европу в 1534 г., но лишь восемь добрались 26 июня 1536 г. до родной земли. Среди них находился позднее прославившийся штурман, баск Андрее Урданета, закончивший, таким образом, как и его товарищи, второе после спутников Магеллана кругосветное плавание.

В 1536 г. из Акапулько (Мексика) Кортес отправил два судна с припасами в Перу для Писарро. Они разгрузились в Пайта (у 5° ю. ш.), и один корабль вернулся в Мексику. Эрнандо Грихальва, командуя другим («Сантьяго»), в начале апреля 1537 г. двинулся на запад в исследовательское плавание. Более чем в 6 тыс. км от Перу, на широте 2° с. ш., он наткнулся на о. Асеа (Рождества) — крупнейший из тихоокеанских атоллов в архипелаге Лайн, а несколько позже прошел близ «острова рыбаков» — несомненно, один из северных о-вов Гилберта. Взбунтовавшаяся команда убила Грихальву, продолжила плавание на запад и прошла на довольно значительном расстоянии от северного берега Новой Гвинеи. У побережья п-ова Чендравасих прогнивший корабль стал буквально разламываться на куски, и моряки попали в плен к папуасам. Семерых испанцев в 1538 и 1539 гг. выкупил португальский губернатор Молукк. Так завершилось первое пересечение Тихого океана почти точно по экватору.

1 ноября 1542 г. из Новой Испании вышла к Филиппинам флотилия из четырех больших и двух малых судов под общим командованием Руя Лопеса Вильяловоса. В задачу экспедиции входило открытие, исследование и колонизация земель в Тихом океане а также миссионерская работа среди их жителей. Ход экспедиции отражен в отчетах трех ее участников, в том числе коронного агента Гарсиа Эскаланте Альварадо. В начале перехода (у 19° с. ш.) были открыты три острова архипелага Ревилья-Хихедо. Спустившись затем к югу, Вильяловос увидел землю на западе только 25 декабря и до 6 января 1543 г. обнаружил ряд атоллов у 9—10° с. ш., несомненно входящих в северный сектор Маршалловой группы, но, какие именно, точно нельзя установить. Через двадцать дней (26 января) флотилия прошла мимо острова, жители которого, к величайшему изумлению моряков, встретили их приветствием на испанском или португальском языке: «Здравствуйте, матросы!», — осеняя себя крестным знамением. Поэтому остров получил название Матросского (Маталотас). Наиболее вероятно, что это Фаис (у 10° с. ш. и 140° в. д.), один из западной группы Каролинской цепи, центром которой является о. Яп, усмотренный, возможно, тремя днями позже. На этих островах, видимо, побывали люди Сааведры, но вероятнее, что предшественниками Вильяловоса были португальцы Диогу Роша (1525 г.) и Франсишку Каштру (1537—1538 гг.). В начале февраля 1543 г. флотилия Вильяловоса подошла к Минданао, где испанцы высадились и, основав недолговечное поселение, прожили месяц. Так как пришельцы начали болеть, а жители неохотно доставляли им продовольствие, Вильяловос пытался, но неудачно, раздобыть провиант на малых островах близ южного побережья Минданао. Несколько партий моряков, отправленных им за продуктами, ознакомились с восточным берегом Минданао и о-вами Лейте и Самар.

В августе 1543 г он послал корабль под командой Бернардо де ла Торре в Мексику с отчетом, в котором, между прочим, эти большие восточноазиатские острова впервые названы Филиппинами—в честь наследника престола, будущего короля Испании Филиппа II. Торре пошел от о. Самар на северо-восток, мимо Марианских островов, видел между 24—27° с. ш. небольшие вулканические архипелаги Волкано и Бонин, достиг затем 30° с. ш., но попал в осеннюю штормовую полосу и вернулся.

Между тем португальский губернатор на о. Тернате (у Хальмахеры) получил известие о присутствии испанских судов в «португальских» морях. Ссылаясь на договор 1529 г., он предлагал Вильяловосу уйти. Тот ответил, что получил приказ обосноваться на Филиппинах: они-де находятся достаточно далеко от Молукк и не могут служить поводом к спору. Губернатор протестовал от имени своего короля. Ввиду того что нужда росла и матросы умирали, Вильяловос вынужден был зайти в одну из молуккских гаваней. Он еще раз пытался добраться до Мексики более южным путем и с этой целью 16 мая 1545 г. отправил туда корабль под командой Иньиго Ортиса Ретеса.

Ретес решил пересечь океан в экваториальной полосе. К востоку от Хальмахеры он наткнулся на землю, которую в 1526 г. открыл португалец Жоржи Минезиш, — северо-западный выступ Новой Гвинеи, а за ним обнаружил группу островов — либо Схаутена, либо Ниниго (у 144° в. д.). Два месяца Ретес боролся с бурями в полосе 1—4° ю. ш., продвигаясь на восток, причем высаживался во многих пунктах северного побережья огромной земли, чтобы запастись водой и топливом, начиная от устья реки «Сан-Антонио» — вероятно, р. Мамберамо (у 2° ю. ш.). За узкой береговой низменностью виднелись высокие горы. Несколько раз испанцев атаковали темнокожие люди на больших военных челнах с высокими шалашами; испанцы сравнивали челны с укрепленными замками, указывая, что они были такой же высоты, как корма испанского корабля. Наверху стояли воины, внизу сидели гребцы. 20 июня 1545 г. Ретес «овладел» этой землей именем испанского короля и дал ей название Новой Гвинеи. Он прошел в юго-восточном направлении вдоль побережья, по его расчету, 230 лиг (около 1400 км), до Новогвинейского моря. Затем он лег на северный курс, но вскоре вынужден был уступить требованиям матросов, изнемогавших от усталости, и повернул обратно в Молуккам. В начале октября он стал на якорь у Тидоре.

Теперь Вильяловос окончательно потерял надежду получить подкрепление из Мексики или вернуться туда. Идти же в Испанию вокруг мыса Доброй Надежды он не решался: на этом пути господствовали португальцы, и их монополия подтверждена была испанским королем. Так как губернатор потребовал, чтобы испанцы немедленно оставили Молукки, Вильяловос сдал свои суда португальцам, добившись только того, чтобы моряки сохранили свои личные вещи. Небольшими партиями их отправляли на португальских судах в Европу. Сам Вильяловос умер весной 1547 г. на о. Амбоне (южные Молукки); последние его люди вернулись в Испанию в 1548 г. Новую Гвинею Ретеса европейские географы сочли за экваториальный выступ неведомого южного материка, а фантазия картографов XVI в. связала ее с Огненной Землей.