В траве зверобоя содержатся флавоноиды (гиперозид, рутин, кверцитрин, изокверцитрин и кверцетин), флюоресцирующие, красящие и дубильные вещества, каротин, гиперицин, эфирное масло, смолы, никотиновая и аскорбиновая кислоты, витамины Р и РР, холин, антоцианы, сапонины, спирты, следы алкалоидов и другие соединения.

Растение пользуется широкой популярностью в традиционной медицине. Издавна его применяли внутрь в качестве кровоостанавливающего и противовоспалительного средства, при лечении мастита, анемии, геморроя, желтухи, мигрени, гипертонии, кашля, желудочных и легочных заболеваний, а также при заболеваниях печени, почек, дыхательных путей. Использовали траву зверобоя и в качестве наружного средства при лечении ран, язв, пролежней, аллергии, сыпи.

Настойки и настои применяют в качестве вяжущих и антисептических средств при колитах, поносах: для смазывания десен и полоскания рта при профилактике и лечении гингивитов, стоматитов. Антибактериальный препарат новоиманин рекомендован при лечении абсцессов, флегмон, инфицированных ран, ожогов II и III степени, язв, пиодермии, мастита, ринита, фарингита, гайморита. Содержащийся в препарате гиперфорин подавляет рост золотистого стафилококка. На основе катехинов зверобоя создан препарат нефлавит, обладающий Р-витаминной активностью и уменьшающий проницаемость капилляров.

Препараты зверобоя снимают спазмы кровеносных сосудов, оказывают капилляроукрепляющее действие, улучшают венозное кровообращение и кровоснабжение некоторых внутренних органов, увеличивают диурез. Горькое вещество, содержащееся в траве зверобоя, возбуждает секрецию желудка, улучшает аппетит.