Осенью 1941 года немцы оказались под Ленинградом и стремительно заняли Вырицу, отец Серафим, уже тяжело болевший, оказался в оккупации. В это время он стал молиться особенно усердно – часами простаивал на камне, совершая подвиг столпничества. В саду за домом из земли выступал огромный гранитный валун, перед которым росла яблонька. На ней укрепляли икону, а Серафим становился коленями на камень. Сам он дойти до камня не мог, его вели под руками, а иногда приносили на носилках. На камне старец молился часами и в дождь, и в летний зной, и в зимнюю стужу – все время, пока шла война.

Об удивительном праведнике прослышали даже оккупанты, которые неожиданно для местных прихожан стали ходить в церковь в военной форме. Приходили они и к Серафиму, который прекрасно владел немецким языком. Однажды пришедший к нему гитлеровский офицер спросил, скоро ли он маршем пройдет по Дворцовой площади. Старец смело ответил, что этому никогда не бывать, Германия проиграет войну, а сам он сложит голову под Варшавой. В 1980 году служивший под командованием этого немца румынский офицер приехал в Вырицу, чтобы поклониться могиле Серафима, и сообщил, что это предсказание полностью сбылось.

Местные жители считали, что именно благодаря Серафиму в Вырице творилось необыкновенное – во время войны ни один житель поселка не погиб, не был разрушен ни один дом и в нем был действующий храм – единственный во фронтовой полосе. Мало того, оккупационная часть, стоявшая в Вырице, оказалась составленной, в основном, из православных румын, многие из которых говорили по-русски.