Однако там он совершает уже уголовное преступление. Его обвиняют в позорном для офицера поступке: изнасиловании несовершеннолетней. Документы этого дела хранятся в Петербургском государственном архиве. Как свидетельствует все та же Е. Лупанова, потерпевшей была Катя Семенова. На допросе она показала, что «от роду ей 10 год, и послана она была от матери своей для продажи масла, которое и носила… как она Степанова хотела идти вон, то тот г-н (т. е. Пол Джонс), схватя ее поперек, и, зажав рот белым платком, отнес ее через горницу, а потом, скинув мундир со звездою и лентою, а другою взяв тюфяк положил на пол и ее на оный повалил, и в то время усильным образом растлил».

Дело передали на высочайшее рассмотрение, но, вероятно, так и не довели до конца. Поступок Пола Джонса шокировал петербургскую публику и сделал дальнейшее пребывание моряка в российской столице невозможным. А потому насильник решил не дожидаться суда и поспешно укатил в Париж. Там он вскоре и умер, всеми забытый…