Вполне очевидно, что угроза партизанской войны оказывала существенное влияние и на советскую оккупационную политику. Хотя этот вопрос с точки зрения деятельности «вервольфов» менее изучен, чем оккупационная политика, проводимая западными державами.

Известно, что советское руководство опасалось широкомасштабной партизанской войны в Восточной Пруссии. Подобно западным Союзникам Красная Армия принимала суровые меры по обеспечению безопасности в своей зоне. В отличие от Союзников советское руководство почти сразу же после занятия определенной территории вводило в нее части НКВД, что обеспечивало более успешную борьбу с немецкими партизанами, диверсантами и саботажниками. Казалось бы, что советская оккупационная политика была точной копией политики Союзников. Но наблюдались и существенные отличия. Советская сторона при подавлении нацистского подполья делала ставку не только на силовые методы, но и на поддержку местного населения. Как только «Вервольф» перестал быть реальной угрозой в Восточной Германии, началась идеологическая обработка немецкого населения. Советское руководство делало все возможное, чтобы избавиться от образа оккупантов, заменив его образом освободителей. В целом сразу же меры, осуществляемые Советской военной администрацией Германии (СВАГ), были во многом противоречивыми. Это было обусловлено двумя факторами. Во-первых, после того, как в 1944 году Красная Армия освободила территорию СССР, ей требовалась новая идеологическая установка, которая должна была заменить тему «освобождения Отечества». Нужна была новая мотивация. Во-вторых, достаточно жесткая политика СВАГ делала невозможной любое пассивное, а тем паче активное сопротивление со стороны немецкого населения. К этому всему добавлялось желание многих красноармейцев отомстить немцам за гибель своих родных и близких.

По непроверенным сведениям, в 1945 году Сталин отдал приказ вызвать всеми возможными способами симпатии у немецкого населения. Впрочем, нет никаких доказательств, что этот приказ действительно был отдан. Куда важнее были прежние речи Сталина, в которых он призывал к борьбе с немцами. Именно они определяли психологический настрой красноармейцев, вступивших на территорию Германии. Фактически было невозможно в одно мгновение изменить отношение к немцам, которые еще недавно были самыми ненавистными врагами, а теперь их надо было освобождать от «ига фашизма». Красноармейцы во многих случаях предпочитали действовать, как им рекомендовал в своих стихах яростный германофоб Илья Эренбург — «Убей немца!». Подобные призывы, надолго закрепившиеся в памяти, и жажда личной мести привели к тому, что в Восточной Германии нередко случались эксцессы. Но в отличие от западных зон оккупации они не носили планомерного характера, а были именно эксцессами, с которыми пыталось бороться командование Красной Армии. Служащие тыловых частей были не раз замечены в грабежах и насилии. Естественно, когда речь шла о «вервольфах», то реакция была самой жесткой. Впрочем, советское командование никогда не выделяло «вервольфов» в отдельную организацию, во всех случаях речь шла о «фашистских бандах». Не стоило забывать, что СВАГ смогло справиться с проблемой «Вервольфа» благодаря нескольким факторам. Во-первых, в начале 1945 года было принято решение об ужесточении наказаний за насилие над мирным населением. Менялась вся политика. Советская сторона никогда не говорила о коллективной ответственности немцев, а потому к 1945 году перестала рассматривать их как единого врага. СВАГ раньше западных оккупационных администраций стало налаживать сотрудничество с местными антифашистами, постепенно передавая власть в их руки.