Опасения относительно нацистской партизанской войны также оказали очень сильное влияние на военную стратегию Союзников, что наиболее ярко проявилось в последние месяцы войны. Когда Союзные войска вступили в Германию, то генерал Эйзенхауэр дал четкую команду не оставлять в тылу никаких незанятых городов, никаких котлов. Он пытался избежать ошибок, которые допустили немцы в СССР и Югославии — ошибок, которые, в конечном счете, привели к появлению крупномасштабного партизанского движения. Вместо того чтобы стремиться к территориальным завоеваниям, Эйзенхауэр постоянно подчеркивал способность нацистов к сопротивлению. Таким образом, Союзники должны были ликвидировать все партизанские и военные отряды, оказавшиеся у них в тылу. Но эта мудрая политика дала трещину после того, как в апреле 1945 года американцы начали стремительно продвигаться в глубь Германии. В этом «блицкриге» на американский манер у США было одно слабое место — недостаток моторизованной пехоты. Хотя американцы когда-то пытались создать самостоятельные моторизованные отряды пехоты, но в итоге отказались от этой затеи. К этой идее вернулись в конце 1944 года, когда надо было срочно покрывать большие расстояния. Но тут обнаружился явный недостаток транспортных средств. В этой оплошности между фронтом и тылом образовались огромные «проплешины», в которых свободно действовали отставшие части вермахта и группы «вервольфов». Эта ситуация не доставляла проблем, когда американские вооруженные силы находились на условно дружеской территории (Франция, Бельгия), но стала головной болью на территории враждебной Германии.

Сделав нужные выводы, американцы приложили все усилия, чтобы изыскать необходимые ресурсы. Осенью 1944 года при Верховном командовании Союзных войск было сформировано пять команд, каждая из которых состояла из двух офицеров и семнадцати солдат. Они должны были объезжать передовые и тыловые части, обучая их тактике борьбы с партизанами. Кроме этого в марте 1945 года с передовой была снята в полном составе армия, которая должна была нести гарнизонную службу в Рейнланде, противодействуя партизанам и саботажникам. Генерал де Латтр де Тассиньи лично инициировал создание из бывших бойцов антифашистского Сопротивления так называемых «СМ-команд», которые должны были охотиться на «вервольфов». В апреле 1945 годаа к ним присоединились моторизованные патрули, оснащенные пеленгаторами.

Решения Эйзенхауэра ликвидировать «альпийский централ» и «Рурский котел», а не двигаться на Берлин стали естественной кульминацией его стратегии, ориентированной на безжалостное подавление «Вервольфа». Отказаться от наступления на немецкую столицу было трудно, но тут свою роль сыграла разведка. Она еще в 1943 году фактически дезинформировала командование Союзников, «достав» сведения о том, что нацисты усиленно готовятся к партизанской войне, одним из центров которой станут Альпы. Поразительно, но сами эсэсовцы начали создавать «альпийский централ» только в марте 1945 года, а в 1943 году никто и помыслить не мог о необходимости ведения партизанской войны! Но разведка продолжала доносить, что если срочно не занять Альпы, то там сможет укорениться нацистское подполье, откуда оно перенесет свою деятельность на территорию Германии и сопредельных с ней стран. Вывод, казалось, был очевиден: «Мы должны быть готовыми предпринять активные действия в Южной Германии, чтобы срочно преодолеть любое организованное сопротивление, которое могут оказать остатки вермахта и партизанские отряды».

Опираясь на эти сведения, Эйзенхауэр в середине марта 1945 года решил перенести центр удара с северной Германии на южную. Кроме всего прочего, американцы надеялись получить контроль над Тюрингским промышленным районом — центром по производству стрелкового оружия, которым, как полагали разведчики, снабжались отряды «Вервольфа». Второй целью было уничтожение «альпийского централа». 31 марта генерал Эйзенхауэр сообщал президенту Рузвельту: «Я выражаю надежду, что наши стремительные действия смогут предотвратить возможность контроля нацистскими партизанами любых крупных территорий». Даже после войны он отказывался признать, что совершил ошибку. В своих мемуарах он настаивал на том, что «Вервольф» был реальной угрозой, и только решительные меры не дали ему проявить себя в полную силу.