Учитывая исключительную активность Мартина Бормана в последние месяцы войны, можно было ожидать, что он встанет во главе одного из боевых отрядов. Действительно, он был замечен в отчаянной попытке спасти себя, прорываясь из партийной канцелярии, когда бои уже велись в Берлине. Не исключено, что он пытался прорваться к Дёницу во Фленсбург. Но тем не менее большинство партийных вождей в последние дни войны продемонстрировало, что они были готовы пожертвовать «Вервольфом», дабы на грани краха сохранить свою крошечную, но власть. Борман не являлся исключением.

1 мая 1945 года, когда силы Красной Армии отделяло от партийной канцелярии буквально несколько кварталов, Мартин Борман передал все дела заместителю Геббельса Гансу Фричу. Именно Фрич взял на себя ответственность за сдачу Берлина Красной Армии. Он правильно предположил, что Советы потребуют положить конец всем диверсионным вылазкам, оставляя за собой право широких репрессивных мер в случае несоблюдения данного условия. Тем временем Борман и один из самых радикальных помощников Геббельса Вернер Науман планировали бежать из правительственного квартала и скрыться из города. В этой поспешности они не думали о «Вервольфе» и последствиях партизанского движения. Фрич, однако, был более предусмотрительным и вовремя позаботился о подобных вопросах. Он полагал, что ему будет проще заработать спасение, если он распустит «Вервольф». Еще до бегства партийной верхушки из канцелярии, Фрич решил обсудить подобную «пораженческую» перспективу. Науман, когда-то бывший нацистский фанатик, только отмахнулся, мол, потом-потом. Тогда Фрич направился к Борману.

Борман, услышав такое предложение, взорвался. «Да вас стоило бы расстрелять!» — воскликнул он. Но когда стало ясно, что Фрич не испугался, в рейхсляйтере возобладали здравые настроения. Фрич предложил отсрочить капитуляцию Берлинского гарнизона, чтобы «группировка Бормана» смогла набить себе цену. Но в обмен Борман должен был пообещать, что признает бессмысленной любую партизанскую борьбу. В качестве доказательства своих намерений он должен был приостановить деятельность «Вервольфа». В итоге рейхеляйтер согласился. В присутствии Фрича, Наумана и еще нескольких офицеров СС он подписал необходимые бумаги. Кроме этого, Борман проинструктировал своего личного секретаря, который должен был распространить приказ о прекращении деятельности «вервольфов». Собственно говоря, этот приказ был последним документом, который рейхсляйтер подписал как должностное лицо Третьего рейха. Он сообщил Фричу: «Вся деятельность «Вервольфа» должна быть приостановлена, это распространяется и на вынесенные смертные приговоры. «Вервольф» распущен!» Последняя фраза говорит о том, что Борман создал на территории всей Германии «команды смерти», на фоне которых бледнели даже методы эсэсовских партизан. В любом случае вскоре Борман исчез, и его больше никогда не видели. После войны ходило множество слухов. Одни утверждали, что он скрывался в «Альпийской твердыне», откуда он вещал по радио. Другие — что он был советским разведчиком и доживал свои дни в СССР. Но наиболее правдоподобной кажется версия, что он погиб, когда пытался вырваться из советского кольца, охватившего пылающий Берлин. Возможно, что он покончил с собой, когда стало ясно, что спасение невозможно.