После свержения Советской власти Сидоров – начальник Семипалатинского военного штаба (до 28 июня 1918), начальник войск Семипалатинской области и начальник Семипалатинского гарнизона (28 июня – 5 сентября 1918), одновременно – уполномоченный командира 2-го Степного Сибирского корпуса по охране общественного порядка в Семипалатинской области (с 27 июля 1918). 12 сентября приказом по Сибирской армии Сидоров был произведен в чин войскового старшины (со старшинством с 10 сентября). В 1919 году Сидоров перешел на службу в дивизию Атамана Анненкова, а затем возглавил штаб пополнения Партизанской дивизии атамана Анненкова. В Семиречье получил чин полковника.

С принятием на себя обязанностей начальника войск области на Сидорова свалилась масса забот. Добросовестный по природе, он отдавал этой работе все время. А его не хватало. Нужно было организовывать борьбу с советским подпольем, наладить учет офицеров и унтер-офицеров, демобилизованных нижних чинов и военных чиновников, а также призывных возрастов, решать другие вопросы. В связи с прибытием в Семипалатинск частей 2-го Степного корпуса, возникли вопросы с размещением офицеров и нижних чинов и обеспечением им хотя бы минимального уюта. В маленьком городке сделать это было не легко. Обстановка в Семипалатинске была сложной: в городе было оставлено большевистское подполье, в нем и в области имелись значительные группы населения, сочувствовавшие Советской власти, в отдельных районах области еще оставались красные части и подразделения. В городе процветали бандитизм, разбои, грабежи, кражи. Кроме того, над городом постоянно висела угроза активных действий красных со сторон Барнаула, куда укрылись бежавшие из Семипалатинска большевики и со стороны Семиречья, занятого значительными большевистскими отрядами. Это побудило военный Штаб издать особое временное положение об управлении областью с присвоением Начальнику Штаба всей полноты военной и гражданской власти. Для работы с населением временное положение установило при Начальнике Штаба должность Помощника специально по гражданской части, на которую был назначен гласный Семипалатинской городской Думы, член Окружного суда Александр Ильич Никольский, благодаря работе которого служащие советских учреждений, а также почти все почтово-телеграфные и железнодорожные служащие, перешли на сторону белых.

Опасение штаба относительно возможности обратного движения семипалатинских советских отрядов на Семипалатинск оказались вполне основательными, т. к. отряды эти, соединившись с Барнаульским, действительно направились в числе 7 эшелонов на Семипалатинск по железной дороге, но усилиями правительственных войск были остановлены и принуждены изменить направление. В боях с правительственными войсками эти отряды были разгромлены, при этом большинство семипалатинских главарей большевизма и их приспешников были доставлены в Семипалатинск. Возбуждение масс в отношении этих большевиков достигло крайних пределов, а киргизы даже потребовали выдачи им плененных большевиков-киргизов для придания народному киргизскому суду.

В целях борьбы с пособниками Советской власти, скорейшего введения жизни в нормальное русло и предупреждения самосудов, Военный Штаб признал необходимым объявить область на военном положении с применением узаконений о Военно-Полевом Суде. Однако военно-полевые суды вскоре были отменены, так как выяснилось, что они были ликвидированы еще Временным Правительством в марте 1917 года. Осуществляя военную власть в городе, жесткий Сидоров просил Правительство, ввиду крайней необходимости, разрешить введение ускоренных судов и повышенных репрессий, до смертной казни включительно. В этом ему также было отказано. А тут еще вспыхнула междоусобная война казаков и крестьянства под боком, в северном Семиречье. 11 июня 1918 г. белые войска вошли в Семипалатинск и вскоре в их руках оказалась вся территория, занимаемая ныне Северным и Северо-Восточным Казахстаном. Захват сибирской контрреволюцией Семипалатинска открыл ей дорогу на северные районы Семиречья – на Сергиополь, затем – Верный и далее вглубь Туркестана.

Взятие Семипалатинска явилось сигналом для активизации казачьих мятежей в Капальском и Лепсинском уездах соседней Семиреченской области. Казаки разгоняли местные Советы, арестовывали их членов, нередко расстреливая их, создавали вооруженные отряды.

Обеспокоенное этими событиями, Временное Сибирское правительство, находившееся у власти до колчаковского переворота (18 ноября 1918 года), решило воспользоваться ситуацией и захватить Семиречье.

В составе армии Временного Сибирского правительства находился 2-й Степной корпус со штабом в г. Омске. Корпусом командовал генерал-майор П. П. Иванов-Ринов. Для захвата Семиречья он срочно сформировал сильный отряд, начальником которого был назначен старый семиреченец, около 30 лет прослуживший в этих краях и хорошо знавший местные условия, полковник Ярушин. Ближайшей задачей полковника Ярушина был захват Сергиополя и свержение здесь Советской власти, последующей – формирование из зажиточной части казачества, кулачества и байства белогвардейских и алашордынских отрядов и свержение Советской власти в Северных районах Семиречья.

В формировании отряда Ярушина принял активное участие и начальник войск Семипалатинской области есаул П. И. Сидоров. Чтобы обеспечить отряду Ярушина продвижение вглубь Семиречья, есаул решил произвести разведку боем тракта на отрезке Семипалатинск – Сергиополь (Аягуз). По данным В. А. Шулдякова 7 июля из Семипалатинска выступил конный отряд подъесаула Г. П. Люсилина в составе Семипалатинской партизанской сотни, сводной сотни 3-го Сибирского казачьего полка и офицерской пулеметной команды (более 100 сабель, 2 пулемета). На рассвете 15 июля отряд Люсилина в конном строю с налета захватил Сергиополь. «Не останавливаясь, влетел в Крепость и дал залп по казармам, из которых повыскакивали полуодетые красноармейцы. Они заметались в паническом ужасе. Но далеко не все. Часть успела перебежать в окопы и открыла залповый огонь, да такой действенный, что казаки не выдержали и ускакали из Крепости в город. Красные получили некоторое время для того, чтобы прийти в себя и сорганизоваться. Они явно готовились к отражению наступления со стороны Семипалатинска, так как вокруг Крепости сплошным кольцом были вырыты окопы. Теперь красноармейцы – их было до 100 человек – заняли круговую оборону и огнем пресекли все попытки казаков пойти в атаку. Вечером белые оставили Сергиополь. На следующий день разведка сообщила о подходе к красным крупного подкрепления с артиллерией и пулеметами, и Люсилин отвел свой маленький отряд к пикету и почтовой станции Алтын-Кулат… Ввиду превосходства противника, Люсилин стал ожидать подхода из Семипалатинска основных сил Семиреченского отряда полковника Ф. Г. Ярушина и вести разведку». С подходом отряда полковника Ярушина Сергиополь был взят.

Однако пребывание есаула П. И. Сидорова на посту командующего войсками Семипалатинской области было непродолжительным. Строевой офицер Сидоров тяготился этой, в основном административной деятельностью, и просил об освобождении от ее исполнения. Его просьба была удовлетворена, а вскоре эта должность была ликвидирована, так как с прибытием регулярных белых частей в город и размещением военных гарнизонов в населенных пунктах области, она потеряла прежнее значение. Сидоров стал служить в штабе 2-го Отдельного Сибирского Степного корпуса.