От латинского слова animalculum — зверушка, маленькое животное. Поначалу Левенгук называл анималькулами все микроскопические существа, которые были видны ему в окуляре микроскопа. Считается, что Свифт, посещавший Левенгука, задумал свои «Приключения Гулливера» именно после ознакомления с микроскопическими объектами.
