Главными сподвижниками Софьи были князь В. В. Голицын и думский дьяк Ф. Л. Шакловитый. Голицын возглавлял Посольский приказ, а Шакловитый стоял во главе стрелецкого войска и был главным защитником интересов сподвижников Софьи. Серьезных изменений во внутренние дела страны правление Софьи не внесло. Во внешней политике благодаря деятельности Голицына была достигнута важная дипломатическая победа: заключен Вечный мир с Польшей, по которому польский король Ян Собесский навеки уступил все, что Россия завоевала в ХVII в. у Польши. Однако по этому миру Россия должна была вступить в коалицию европейских держав и начать войну с Турцией и Крымом. Оба Крымских похода в 1687 и 1689 гг. закончились неудачно.

Удаленный от двора Петр в эти годы уделял основное внимание воинским играм, «потехам». К ним он привлек целую толпу сверстников, преимущественно детей дворцовых служащих. С течением времени эти игры стали приобретать более широкий размах и серьезное значение. Именно из петровских «потешных» сформировалось ядро регулярной русской армии, первые гвардейские полки (гвардия) – Преображенский и Семеновский. Софья и ее приближенные не принимали всерьез потехи Петра. Наталья Кирилловна также считала, что ее Петруша предается пустым забавам.

Недалеко от Преображенского находилась Немецкая слобода, где Петр нашел новых друзей, заинтересовался жизнью этого своеобразного «уголка Европы», а затем европейской культурой и особенно техникой.

В январе 1689 г. мать женила Петра на красивой девице Евдокии Лопухиной, чтобы остепенить юного царя. По понятиям того времени, царь, женившись, становился зрелым правителем и ему не нужна была регентша. Развязка наступила в августе того же года, когда стрельцы, поддерживавшие Софью, перешли на сторону Петра. Софья была отправлена в Новодевичий монастырь, Шакловитый казнен, а Голицын выслан на север страны. Началось самостоятельное правление Петра, внешне совместно с братом Иваном, но тот по-прежнему был далек от государственных дел и умер в 1696 г. Впрочем, и Петр, получив власть, мало интересовался ею вплоть до 1695 г.