Петр был четырнадцатым ребенком в большой семье царя Алексея Михайловича. Ему было три с половиной года, когда умер его отец и на престол вступил его сводный старший брат Федор, сын первой жены царя Алексея, М.И. Милославской.

Еще при жизни Алексея Михайловича возникла сильная неприязнь между родственниками новой жены царя Нарышкиными и родственниками его первой жены – Милославскими. Причем боярство разделилось: одни поддерживали Нарышкиных, другие – Милославских.

После смерти болезненного и бездетного Федора Алексеевича (1682) встал вопрос: кому быть новым царем – старшему, 15-летнему, но слабоумному и больному Ивану (второму сыну царя Алексея от брака с Милославской) или малолетнему, но здоровому и смышленому Петру. Большинство бояр и патриарх Иоаким поддержали кандидатуру Петра.

Милославские, родственники царевича Ивана, как будто бездействовали, но с избранием на царство Петра не смирились. Особенно активна была царевна Софья (старшая сводная сестра Петра). Умная, энергичная и честолюбивая Софья и ее окружение стали подстрекать стрельцов против Нарышкиных, стремились устранить приверженцев Петра и возвести на престол инфантильного Ивана.

Через две недели после воцарения Петра Милославские стали распространять слух, что Нарышкины якобы удушили Ивана. Стрельцов призвали идти в Кремль, вручив им ложный список убийц. Взбунтовавшиеся стрельцы ворвались в Кремль и после того, как им показали живых и невредимых Ивана и Петра, подстрекаемые сторонниками Милославских, устроили кровавую расправу на глазах десятилетнего Петра и его матери. В течение трех дней Москва была фактически во власти стрельцов. Они убили почти всех сторонников Нарышкиных. Таким образом, у Милославских не осталось политических соперников, и власть захватила Софья. Юридическим основанием новой власти стало воцарение царевича Ивана и передача опеки над ним и Петром Софье. Боярская дума, боясь повторения стрелецкого бунта, провозгласила первым царем Ивана, а Петр остался вторым. Но еще в течение нескольких месяцев, до осени 1682 г., положение Софьи было непрочным. Стрельцы, почувствовав силу, фактически диктовали свою волю правительству. Эти события вошли в историю под названием «хованщина» (по фамилии начальника стрельцов князя И.А. Хованского, который с помощью стрельцов сам стремился к власти).

Петр и его мать Наталья Кирилловна были удалены от двора и жили в подмосковных селах Преображенском и Коломенском. Такова политическая и придворная обстановка, в которой провел первые десять лет жизни Петр. Его юность приходится уже на так называемое правление царевны Софьи.