Появление ЦШПД сделало возможным планирование партизанских действий, осуществление взаимодействия на оперативном уровне с республиканскими и областными штабами партизанского движения и фронтами, позволило организовать целенаправленную работу по установлению связи с партизанскими формированиями, вырабатывать и доводить до партизанских командиров рекомендации по тактике действий, подсказывать наиболее эффективные способы и приемы ведения диверсионной работы, снабжать партизан оружием, боеприпасами, медикаментами, готовить кадры, осуществлять взаимодействие партизанских формирований с советскими войсками. Наличие в составе ЦШПД оперативного управления позволяло организовать подготовку и осуществление боевого применения партизанских формирований в оперативном масштабе, полнее и теснее координировать деятельность республиканских и областных штабов партизанского движения.

В конце августа – начале сентября 1942 года было проведено совещание руководящих работников Наркомата обороны и ЦШПД с представителями подпольных партийных органов, командирами и комиссарами крупных партизанских формирований. Итоги совещания и важнейшие направления борьбы в тылу врага были сформулированы в приказе Наркома обороны И. В. Сталина от 5 сентября 1942 года «О задачах партизанского движения». Приказ в корне менял предвоенные взгляды на роль, место и формы партизанской войны. Уже сам факт, что задачи партизанского движения определялись не партийным документом, а приказом наркома обороны, говорил о том, что партизанские действия вновь рассматривались как один из видов боевых действий вооруженных сил в тылу противника, которому отводилась стратегическая роль в вооруженной борьбе. В нем утверждалось, что разгром германских армий может быть осуществлен только одновременными боевыми действиями на фронте и мощными непрерывными ударами партизанских отрядов по врагу с тыла. Приказ нацеливал партизанские отряды прежде всего на нарушение работы железнодорожного транспорта противника с использованием диверсионных способов и приемов борьбы, ведение непрерывной разведывательной работы в интересах Красной Армии.

6 сентября 1942 года была учреждена должность Главнокомандующего партизанским движением, на которую был назначен член Политбюро ЦК ВКП(б) Маршал Советского Союза К. Е. Ворошилов. Им было внесено предложение о создании в тылу немецких войск регулярной партизанской армии. Организация, подготовка и ведение партизанских действий по замыслу маршала должны были стать составной частью военных действий РККА в оперативном и стратегическом масштабе. Однако уже 11 ноября пост Главнокомандующего был упразднен, а ЦШПД в качестве военно-оперативного органа партии подчинен непосредственно Ставке ВГК. 7 марта 1943 года Постановлением ГКО ЦШПД был расформирован, но в мае того же года вновь восстановлен. По мнению П. К. Пономаренко, подобная непоследовательность по отношению к высшему органу управления партизанским движением была связана с сильным влиянием на некоторых членов ГКО тогдашнего руководства НКВД в лице Л. П. Берии, который всячески противился руководству партизанским движением каким-либо органом управления вне его ведомства. Тем не менее центральный орган руководства вооруженной борьбой в тылу противника при Ставке ВГК был создан, что стало важным фактором, влиявшим на размах и организованность партизанского движения, появление и развитие всех форм партизанских действий в тактическом, оперативном и стратегическом масштабе.

Существенную роль в выборе содержания и форм партизанского движения сыграло материально-техническое обеспечение партизанских формирований. Рост партизанского движения, многогранная боевая деятельность партизанских отрядов, появившихся партизанских соединений, возрастание их потребности в оружии, боеприпасах, средствах связи, минно-взрывных и других средствах вызвали необходимость создания 20 июня 1942 года отдела материально-технического снабжения ЦШПД. Если до образования Центрального штаба и других штабов партизанского движения партизаны снабжались вооружением за счет выделения оружия военными советами фронтов и армий, трофеев и сбора его на местах прошедших боев, то теперь началось централизованное и планомерное снабжение оружием, боеприпасами, минно-подрывной техникой, вещевым, медицинским имуществом и продовольствием.

Наибольшую трудность при выполнении задач по нарушению работы железнодорожного транспорта противника вызывало отсутствие специальных минно-взрывных средств. В связи с этим ЦШПД возбудил ходатайство перед Государственным Комитетом Обороны о создании специальных мин для партизан. Разработка новых конструкций минно-подрывной техники была поручена Главному военно-инженерному управлению (ГВИУ). Опыт боевых действий показал, что наиболее подходящими для партизан являются противопоездная мина мгновенного и замедленного действия ПМС, магнитная мина системы УФАН, рычажная мина РМ, автотранспортная мина АС, малая магнитная мина МММ, мины замедленного действия МЗД. Минно-взрывное вооружение позволяло партизанам добиваться эффективных результатов, не вступая в открытое непосредственное боевое соприкосновение с противником.

Появление на вооружении партизанских отрядов радиостанций, специальных минно-взрывных средств потребовало соответствующей подготовки командиров, подрывников и радистов, способных организовать применение специальных сил и средств в диверсионных и других видах специальных действий партизанских формирований. Подготовка специалистов диверсионной работы (инструкторов минно-подрывного дела и подрывников) в специальных школах и центрах составила ⅔ всего объема подготовки в школах и центрах.

Наличие специальных мин и минно-взрывных средств, а также подготовленных специалистов минно-подрывного дела, позволило партизанским формированиям резко увеличить количество наиболее эффективного способа нарушения работы железнодорожного транспорта противника – совершения диверсий. Так, если в 1941 году на Украине в результате диверсий было совершено 23 крупные аварии на железных дорогах, то в 1942 году – 223. Резко активизировались также действия партизан на железных дорогах в оперативном тылу группы армий «Центр» с 41 диверсии в апреле 1942 года до 236 в июне. При этом, если в апреле такая форма, как открытый бой, составляла 58 % боевой деятельности партизан, а различные виды специальных действий – только 42 %, то в сентябре такие виды специальных акций, как налеты, засады и диверсии, составляли 75 % боевой деятельности партизан. Наличие специальных минно-взрывных средств, применяемых в любое время года, позволило также снизить сезонную разницу в боевой деятельности партизан.

По мере насыщения партизанских отрядов специальным минно-взрывным вооружением изменялась их тактика действий. Для совершения железнодорожного крушения воинского эшелона или устройства засады на автомобильной дороге при наличии специальных мин требовалось всего несколько человек. Отпадала необходимость входить в непосредственное боевое соприкосновение с противником. Уклонение от открытого вооруженного столкновения с частями противника и немедленное рассредоточение в случае угрозы ведения боевых действий в невыгодных условиях стало правилом, принципом действий партизан. Бой с воинскими частями противника стал вынужденной формой применения партизанских сил и средств.

Увеличение боевых возможностей партизанских отрядов, необходимость концентрации и координации их действий вызвали к жизни такую организационную структуру, как объединение нескольких партизанских отрядов в бригаду или иное партизанское соединение. Основной организационной единицей соединений, как правило, оставался партизанский отряд. Численность соединений составляла от нескольких сот до 3–4 тысяч человек, отрядов – от нескольких десятков до нескольких сотен партизан. Обычно соединение состояло из 4–7 отрядов, отряды – из рот, взводов или боевых групп. Создание партизанских соединений позволило приступить к осуществлению специальных действий в более крупном масштабе вначале в границах районов базирования, а затем и за их пределами способом рейда.

Так, в сентябре 1942 года рейды совершили соединение под командованием С. В. Ковпака в составе 5 отрядов численностью 1075 человек и соединение под командованием А. Н. Сабурова в составе 7 отрядов общей численностью 1617 человек. Рейд включал в себя последовательное осуществление диверсий на железных и шоссейных дорогах, налеты на комендатуры и небольшие гарнизоны, действующие промышленные предприятия, разрушение линий связи, а также применение других способов специальных действий по маршруту передвижения. Важной задачей, решаемой в ходе рейда, была организация и активизация партизанского движения в новых районах, а само перебазирование соединений имело оперативное значение.

Наряду с партизанскими формированиями, руководимыми ЦШПД, в тылу противника действовали разведывательно-диверсионные группы, направленные туда разведывательно-диверсионными отделениями разведотделов штабов фронтов. Боевое применение таких формирований осуществлялось в форме разведывательного обеспечения боя, сражения или операции, определялось целевым предназначением военной разведки и в основном заключалось в добывании разведывательных данных.

Таким образом, во втором периоде развития специальных действий определенная самостоятельность ЦШПД во многом обусловила целенаправленную работу по проблемам партизанских действий, что, в свою очередь, позволило после обобщения и анализа накопленного опыта правильно определить место и роль, а на их основе – цели и задачи борьбы в тылу врага. В частности, основным объектом приложения усилий партизан было избрано наиболее уязвимое место противника – растянутые по фронту и в глубину коммуникации. В первую очередь, исходя из оценки уровня оперативного оборудования оккупированной территории, предполагалось нарушить работу железнодорожного и автомобильного транспорта. Эффективное решение этой задачи потребовало как применения новых средств партизанской борьбы, так и специалистов по их использованию. Наличие определенных властных полномочий ЦШПД обеспечило возможность ходатайства и получения положительного решения ГКО по этим вопросам в кратчайшие сроки.