Е. Ф. Ковтун — автор многих исследований, статей и книг, опубликованных в России и за рубежом, по темам: русская книжная иллюстрация конца XIX — первой половины XX в.; русский эстамп и гравюра первой половины XX в.; творчество художников М. Ларионова, К. Малевича, П. Мансурова, М. Матюшина, В. Татлина, П. Филонова. Подготовил ряд выставок и каталогов, посвященных русскому авангарду.
