В декабре того же года Семён Афанасьевич стал вице-адмиралом и директором штурманского училища в Николаеве. Война закончилась, и Пустошкин новому назначению был несказанно рад. Он возвращался к семье. Прошло ещё несколько лет, и адмирала отозвали в столицу.

— Всё возвращается на круги своя! — вздохнул наш герой, ознакомившись с бумагой. — Когда-то мичманом ведь в Кронштадте начинал. Так что прощай, понт Эвксинский! Здравствуй, понт Балтический!

Определили в Петербурге Пустошкина состоять при морском министре. Занимался он там баллотировкой флотских чинов, да подготовкой кадет. В 1816 году за четверть века беспорочной службы получил Георгия 4-й степени, а через год — Владимира. Затем было назначение членом Адмиралтейств-совета. Ведал там старый адмирал ремонтом судов, инспектировал порты и верфи, проверял приходящие в министерство жалобы.

Дома тоже забот хватало. Тяжело заболела жена, и на Семёна Афанасьевича обрушились многочисленные хлопоты. Одна за другой пошли свадьбы: дочь Маша — за князя Алексея Урусова, Меланья — за надворного советника Ниротморцева, Надежда — за надворного советника Фёдора Эллинского, все разлетелись… Осталась при отце с матерью лишь младшая, Александра.

В памятном декабре 1825 года во время гвардейской смуты Пустошкин проявил твёрдость и решимость. Едва в столице начался мятеж, он, не дожидаясь исхода дела, поспешил в Кронштадт и самолично привёл тамошний гарнизон на верность Николаю. Узнавши о картечном расстреле на Сенатской площади, Семён Афанасьевич опечалился, но о действиях своих не сожалел:

— Не пристало никому противу законной власти выступать! Сие есть якобинство предерзостное!

Затем была кропотливая и неприметная с виду, но чрезвычайно важная работа в комитете для образования флота, куда собрали цвет российской морской мысли, лучших из лучших: Дмитрия Сенявина, Гавриила Сарычева, Фаддея Беллинсгаузена. В апреле 1831 года Пустошкин уже полный адмирал. Эполеты с тремя орлами вручал ему на Пасху сам император Николай. А вскоре Семён Афанасьевич простился с делами флотскими. Высочайшим указом был определён он в сенаторы.

Биограф адмирала писал: «Прослужив более полустолетия верою и правдою престолу и Отечеству, С.А. Пустошкин спокойно мог оглянуться на пройдённое им поприще и обозреть круг своей деятельности с душевным наслаждением и с уверенностью, что жил на свете недаром, что трудился для пользы Отечества по мере сил и способностей и внёс свою лепту в сокровищницу общественную…»

Ранней весной 1846 года по дороге в сенат адмирал простудился и слёг. Здоровье его с каждым днём ухудшалось. Врачи лишь извинительно качали головами:

— Перед старостью лекарства бессильны!

Любимица отца Александра поила тяжелобольного с ложечки, читала Святое писание. Чувствуя, что жить ему осталось недолго, велел адмирал звать в столицу своего старшего сына Семёна, что состоял в то время выборным дворянским судьёю в Новгородском совестном суде. Когда же тот приехал, взял Семён Афанасьевич в руки штоф работы старинной, с голубями да лаврами и надписью «Непременно» и передал сыну:

— Отдаю тебе сосуд сей, что был мне в своё время отцом на счастье завещан. Храни и ты его!

19 апреля 1846 года в десять часов пять минут пополудни Семёна Афанасьевича Пустошкина не стало. Погребли старого адмирала на Волховом кладбище. В надгробный камень вставили образ Божией Матери, с которым умерший не расставался в морских походах…

Семён Пустошкин не был великим флотоводцем, не совершал необычайных подвигов и открытий. Он лишь честно и ревностно служил своей Родине — России, положив на это всю свою жизнь. Но согласитесь, разве этого мало, чтобы заслужить память и доброе слово потомков?