Осенью 1806 года началась очередная русско-турецкая война. Тогда же Пустошкин снова был поставлен командовать гребными судами, которые и привёл к Одессе. Там ему шлюпкой с берега передали пакет. Адмирал сорвал печати.

— Курс на Днестровский лиман! — объявил он своим капитанам.

— Есть! — коротко отвечали те.

Гребная флотилия, оглашая воды шумом вёсел, набирала ход к Аккерману — турецкой цитадели неподалёку от Одессы. Там уже вели бои сухопутные войска во главе с дюком де Ришелье.

Как назло, внезапно ударил мороз, диковинка для этих мест.

— Топоры да заступы в руки! Марш на лёд! — скомандовал Пустошкин.

Так, рубя ледяные глыбы и растаскивая их в стороны, канонерки пробивались к крепости. Внезапное их появление у крепостных стен поразило турок несказанно. Ещё бы, ждать подобного подвига от своего флота гарнизону не приходилось, десятки же русских канлодок, каждая из которых являлась маленьким фортом, делали надежды на успех обороны иллюзорными. Над турецкой цитаделью был незамедлительно поднят белый флаг.

— Не овладеть бы вам Аккерманом, если б не налетели эти чёрные вороны! — в сердцах бросил паша, сдавая свой ятаган Ришелье.

И хотя корпуса судов уже разваливались на глазах, а люди были изнурены до крайности, Пустошкин был доволен несказанно:

— Ладно получилось: и крепость взяли, и сирот на Руси не прибавилось!

Наградой контр-адмиралу Пустошкину за бескровную победу под Аккерманом была Анна 1-й степени.

Всю зиму в поте лица команды латали свои изношенные канонерки, а по весне флотилия двинулась к следующей турецкой крепости — Килии.

Сбросив десант и поддержав пехоту точным огнём, моряки внесли достойную лепту в овладение и этой неприятельской твердыней.

А Пустошкин уже знакомился с секретным посланием морского министра Чичагова. Дело затевалось необычайное! Министр предписывал контр-адмиралу взять под своё начало лучшие корабли Черноморского флота, десантные войска и курс прямо на Константинополь. При входе в Босфор предполагалось сжечь брандерами турецкие корабли и дерзкой атакой захватить турецкую столицу. Чичагов писал: «Вам представляется через сие способ приобресть государству бессмертную славу и себе воздвигнуть бессмертный памятник на вечные времена…»

Засучив рукава, Пустошкин тотчас принялся за дело. Ещё бы, наступал звёздный час всей его жизни!

Корабельный состав готовил маркиз де Траверсе, десант — дюк де Ришелье. Они-то и принялись настаивать на отмене экспедиции.

— Даже если всё удачно выйдет, то пользы от этого никакой! — горячился маркиз.

— Не осмеливаюсь отвадить наудачу честь и славу России! — вторил ему герцог.

Возражения же самого Семёна Пустошкина никто во внимание не принял. «Радетели» России во мнении рядового контр-адмирала не нуждались! Вняв советам черноморских маркизов, Чичагов Босфорскую экспедицию отменил. Пустошкина же велел отправить куда-нибудь из Севастополя подалее, чтобы от горячности своей поостыл малость.

— Пусть отправляется на другой конец моря и берёт крепость Анапу! — решили Траверсе и Ришелье.

— Анапу — так Анапу! — заявил контр-адмирал жене, с приказом ознакомившись. — Всё одно воевать надо!

— Чем в деле сём руководствоваться мне? — испросил он у главного командира Черноморского флота.

— Благоразумием! Деятельностью и ревностью к службе! — был ответ.

Под начало Пустошкина отдали всё лучшее, что было на Черноморском флоте: шесть кораблей, пять фрегатов, бриги и брандеры. Свой флаг контр-адмирал поднял на 110-пушечном красавце «Ратном».

На рассвете 28 апреля 1807 года флот внезапно для турок бросил якоря подле анапского берега. Надворный советник Дандри при флагоносце и барабанщике прибыл в крепость с предложением о сдаче. Турки с парламентёрами разговаривать не пожелали.

— Что ж, — пожал плечами Пустошкин. — Вольному воля! Начинаем!

Вступив под паруса, эскадра подошла к берегу и открыла беглый огонь. Неприятель отвечал незамедлительно. Весь день над волнами стелились клубы порохового дыма, разгорячённые орудия не успевали окачивать едким уксусом. И чем дальше, тем очевидней становилось, что турки начинают выдыхаться. Огонь их, поначалу кучный и прицельный, постепенно терял меткость и темп. Над городом то и дело взмётывались ввысь костры пожаров.

А перед самым заходом солнца сюрприз — к флоту прибыл на бриге маркиз де Траверсе. Озадаченный Пустошкин уже готовился было сдать командование старшему по чину, но маркиз прислал шлюпкой письмо, объявив, что является здесь только гостем, а не начальником. Случай сам по себе редкостный для русского флота. Что-что, а «гостями» российские флотоводцы на полях бранных никогда не бывали! Но Семёну Пустошкину, наверное, в эти часы было не до умствований особых. Посланные им передовые баркасы уже вовсю мерили подходы к берегу. А только встало солнце, туда были высажены гренадерские батальоны. С развёрнутыми знамёнами и барабанным боем они двинулись на крепость.

Видя, что нападающие настроены самым решительным образом, анапский Янычар-ага сам напросился на новые переговоры о сдаче. Но, как оказалось, это была уловка едва десант остановился, крепостная артиллерия открыла по нему яростный картечный огонь. Снова прозвучал сигнал к атаке, и снова солдаты устремились на приступ. Поддерживая наступающих, вплотную к берегу подошли и корабли. Огонь их был всесокрушающ! Анапский форштадт был разнесён буквально в щепки. Затем ядра начали крушить крепостные стены. Гренадеры ещё и не подошли к крепости, как городские ворота внезапно распахнулись и оттуда повалили толпы турок.

— Никак контратакуют! — сжал кулаки Пустошкин. — Ставь пушки на картечь дрефгагельную! Будем пехоту выручать!

Однако спасать никого не пришлось. К изумлению русских моряков, турки бросились врассыпную, крепость была пуста. Но радоваться пока причин не было. В раскрытые ворота навстречу потоку убегавших в город уже устремился иной поток. То разбойники-черкесы, чуя лёгкую поживу, бросились грабить пустую Анапу.

— Вот хищники! — возмущались на кораблях. — Щас мы вам всыплем!

И всыпали! Да так, что гордые сыны гор так же стремительно ретировались, как только что нападали. А в город уже вступали русские батальоны. Биограф Пустошкина Ф. Савваитов писал об этих незабываемых минутах: «В это время посланный с фрегата „Воин“ для занятия двух турецких судов храбрый мичман Неверовский, заметив, что неприятель удалился от прилегающей к морю стороны крепости, поспешил к берегу, взошёл на бастион с шестью бывшими при нём матросами и поднял на нём наш кайзер-флаг. Радостное „ура!“ всей эскадры огласило черноморские воды и приветствовало победоносного орла русского».

Остаток дня прошёл в отыскании пороховых погребов и хлебных складов. Покорённую крепость осматривал уже с видом победителя сам маркиз Траверсе. Поучал Пустошкина, что и как надлежало бы лучше ему сделать. Тот по причине своей всегдашней спокойственности и почтительности не перечил, молча кивая головой.

Вскоре маркиз убыл обратно, а Семён Пустошкин, захватив в прибрежных водах ещё с полдесятка гружёных товарами призов и взорвав крепостные бастионы, повёл эскадру в Севастополь. Навстречу кораблям вышел весь город. Так встречают только победителей! Пустошкин и его подчинённые были таковыми. Анапа — старое разбойничье гнездо, снабжавшая окрестные горские племена оружием и подстрекавшая их к вражде с Россией, была уничтожена. Турция навсегда лишилась возможности возмущать приграничные народы.

Император Александр был приятно удивлён столь быстрым и удачным исходом экспедиции. После поражения на полях европейских войн известие с берегов Чёрного моря радовало особо. По случаю анапской победы в придворной церкви служили благодарственный молебен.