Едва отгремели праздничные фейерверки, как Зотова ждало новое назначение. В марте 1720 года он становится главным контролёром Адмиралтейств-коллегии. Должность эта предполагала контроль за соблюдением законности в коллегии и выявление всех дел, идущих во вред государству. Днём Конон, не жалея сил, трудился в конторах, ночами же с не меньшим воодушевлением выполнял новый приказ Петра — готовил первый российский Морской устав. Писанное им редактировал лично царь, он же написал и своё знаменитое предисловие к доброхотному читателю. Первый Морской устав действовал на Руси без особых изменений вплоть до эпохи парового флота.

Вопиющее беззаконие и воровство в Адмиралтейств-коллегии вынудили Конона обратиться к царю с докладной запиской о чинимых безобразиях. Одновременно требовал он внимания к своей должности и грамотных помощников. Записка обошлась Конону Зотову дорого. Через день после написания он был взят под стражу, якобы за клевету. Но через несколько дней, разобравшись во всём, Пётр I освободил Конона и оставил в прежней должности.

Самое поразительное, что во главе недругов Конона стала его мачеха Как мы знаем, Конон с самого начала был против шутовской женитьбы своего спивающегося отца. На этой почве сразу же обострились отношения между пасынком и мачехой Анной Еремеевной Зотовой (в девичестве Пашковой). После смерти Матвея Зотова в 1720 году противостояние пасынка и мачехи за родовое имение Зотовых Лыткарино достигло своего апогея. Именно тогда из-за интриг Анны Еремеевны и графа Матвеева, к которым с радостью присоединились многочисленные флотские недруги главного контролёра, Конон Никитич и был заключён под стражу. К счастью, ненадолго. Немаловажную роль во всём этом играл пресловутый вопрос наследства. Но, получив свою часть большого поместья в селе Лыткарино, Анна Еремеевна её уже не выпускала. Не имея детей (прямых наследников), она всё же умудрилась выиграть судебный процесс и завещать зотовское имение своему внучатому племяннику (не имеющему никакого отношения к Зотовым), тогда как родной сын Матвея Зотова этот процесс проиграл.

Из биографии героя: «В 1720 году моряка арестовали и препроводили в Юстиц-коллегию за „дерзкое непристойное доношение“. Сам Конон Никитич объяснял арест кознями мачехи. Шестью годами ранее Никита Моисеевич женился на вдове капитана Стремоухова, и Пётр I задумал сделать из бракосочетания комедийное действо. К. Зотов просил царя избавить семейство от позора, но не преуспел. Свадьба запомнилась весельем и непристойностью. После смерти Никиты Зотова завязалось дело о его наследстве. Видимо, из-за этого Зотова и оговорили. Но вскоре он оказался на свободе и выполнял новое ответственное поручение».

Но и после случалось лихо. Действуя, как всегда, смело и решительно, первый «охотник» Российского флота быстро нажил себе врагов. С особой неприязнью относился к нему вице-адмирал Сиверс, которого Зотов изобличил в преднамеренном раздутии береговых штатов и урезании корабельных. Пётр наказал вора, но Сиверс с тех пор затаил злобу на дотошливого контролёра.

Отныне за каждым его шагом следили денно и нощно, каждое его слово и поступок тут же доносились императору. Скоро, очень скоро понял Конон, что клеветников предостаточно. А когда в одиночку стало бороться невмоготу, написал письмо Петру: «…Научи, как жить, если дать о себе отповедь, то вздором называют, а если смирно себя вести, то озлоблениями и обидами несносными… находят». Одновременно он попросился на корабли: «…А я лучше на Балтии хочу умереть, нежели от кнута и дыбы… да мимо идёт чаша сия моя».

И снова Пётр поддержал своего «охотника».

— Мой Зотов по своей учёности да к службе радению, почитай, целой эскадры стоит! — объявил он.

Но на корабли не отправил, а оставил на прежней должности. Честные люди были в цене во все времена!

В 1722 году Конон Зотов дописал первую в русском флоте книгу морских сигналов, которая легла в основу всех последующих сводов. Одновременно он трудился над созданием партикулярного (коммерческого) Морского устава, горячо одобренного Петром. Не успел первый волонтёр отложить в сторону рукопись партикулярного устава, как тут же взялся за работу над учебником для российских мореходов с длинным по тем временам названием: «Разговор у Адмирала с Капитаном о команде. Или полное учение како управлять кораблём во всякие разные случаи. Начинающим в научение, отчасти знающим в доучение, а не твёрдо памятным в подтверждение. Учинил от флота капитан Конон Зотов». Книга рассматривала вопросы управления кораблём в море, съёмки с якоря, постановки парусов и другие. «Разговор…» был написан в форме диалога между адмиралом и капитаном, причём обсуждение серьёзных вещей Зотов совмещал с юмором и солёной флотской шуткой. Так, на вопрос адмирала о том, как узнать, хорош ли корабль на ходу, капитан отвечает: «…Когда корабль на прытком ходу своим трясёт задом, то значит, что пропорция в его строении есть добрая».

В предисловии к книге Конон Никитич писал: «Читатель благий, изданием сея книжицы я не думаю учёного учить, я от таковых требую только милостивого внимания, а благодарного принятия сих моих малых трудов требую от тех, которые дворянские знатные дети ныне обретаются в морской службе и желают с великим усердием поучиться корабельному управлению во всяких разных могущих приключиться причинах, и весьма надлежало бы давно таковую книжку издать, для того, что у всякого бы было твёрдо и без конфузий бы управляли чем надлежит, а капитанам бы вместо того чтоб сердиться, он бы ими радовался и рекомендовать бы был готов и никто бы уже из них не боялся экзаменации…»

По книге Зотова учились многие поколения русских моряков. Учебник переписывали от руки, а редкие, рассыпающиеся от ветхости экземпляры передавали от отца к сыну, от деда к внуку. Через сто лет, в 1816 году, «Разговор…» прочитал император Александр I и был совершенно очарован книгой. Тут же последовало высочайшее распоряжение о немедленном переиздании книги с полным сохранением стиля и вида подлинника.

К середине 20-х годов XVIII столетия Зотов становится фактически во главе русской военно-морской разведки. К нему стекаются вся европейская морская литература и сведения об иностранных флотах; полученное он постоянно переводит и анализирует, собирая также информацию о состоянии флотов через посольства и своих агентов. Не забывал Конон Никитич и о практической работе. Так, он предложил принципиально новый способ крепления такелажа.

В январе 1725 года не стало Петра. Старые недруги не простили Зотову былых обид. Исподволь начали они очередную травлю. При первой же возможности Конон Никитич возвращается на действующий флот. В январе 1726 года он становится капитаном линейного корабля «Пантелеймон-Виктория» и весной выводит его в плавание по Финскому заливу. Снова над головой гудели полные ветра паруса, снова в лицо хлестали солёные брызги моря, лихо взбирались по вантам матросы, и волна неистово билась в кормовой подзор. Как будто и не было прожитых лет, как будто вновь он с Наумом Сенявиным мчался на перехват шведского флота!

Но радость капитана 1-го ранга была недолгой. Едва он покинул свой пост контролёра, как воры, почувствовав отсутствие бдительного стража законности, резво взялись за дело. Когда же генерал-адмирал Фёдор Апраксин решил произвести ревизию, результаты оказались самые плачевные.

— Немедля возвернуть Зотова в прежнюю должность! — распорядился он. — Иначе крысы наши конторские, почитай, всё растащат!

С грустью покидал палубу своего последнего корабля Конон.

— Ноет сердце моё, — говорил он друзьям, — что не ступать мне на корабли более уже никогда!

Снова погрузился он в нескончаемую бумажную войну, снова стал писать записки изобличающие. Снова пошли доносы и угрозы. Всё вернулось на круги своя! Но Зотов не терял надежды встать в боевой строй. «Если уметь да не учить, — пишет он в одном из писем Апраксину, — то есть великая вина… а если не уметь, для чего умеющих ненавидеть и похваляться уморить при конторе и во флот не пускают!» Но генерал-адмирал упорствует.

— Каждому своё место предрасположено! — бранит он настырного контролёра. — А я для того и поставлен, чтобы думать за всех!

Работая ночами, пишет Зотов новые книги. В 1728 году создаёт он «Регламент адмиралтейского нижнего суда» — свод законов повседневной деятельности Адмиралтейств-коллегии. В 1729 году Зотов уезжает на время в Москву, где занимается приведением в порядок центральных учреждений коллегии, одновременно составляя многие законоположения по их деятельности. По возвращении в Санкт-Петербург переводит с голландского «Светильник морской» — морскую лоцию от Ревеля до Англии и Белого моря, пишет первый в России учебник морской тактики — «Книгу о погоне за неприятелем».