В марте 1763 года бывший сибирский губернатор наконец-то прибыл в Первопрестольную. Бывшая в это время в Москве на коронации Екатерина II незамедлительно пригласила его к себе. Рассказав о своих делах, Соймонов поинтересовался, кто будет назначен на его место.

— Чичерин! Человек он добрый и честный, только дел тамошних не знает, потому как всю жизнь в гвардии служил, — отвечала императрица. — Не оставь ты Чичерина, подучи!

Будучи человеком обстоятельным, Фёдор Иванович взялся за учёбу нового губернатора столь ревностно, что вскоре Чичерина стали звать при дворе не иначе как соймоновский сынок. В остальное время Соймонов разбирал дела сибирских заводчиков да ямщиков, инструктировал ясачных сборщиков. Фаворит Григорий Орлов, за плечи обнимая, Соймонова уговаривал:

— Давай, Иваныч, в чины сенатские!

— Стар я и здоровьем слаб, долго в заседаниях не высижу!

Но Орлов не отступал:

— С матушкой я уже посоветовался. Сенатство тебе облегчим. Заниматься будешь делами сибирскими, а сидеть — в Москве, в конторе особой. К тому ж и сына Мишку при тебе оставим. Соглашайся, Иваныч!

И Соймонов согласился. Сибирь уже держала его навсегда! Не всем новое назначение пришлось по вкусу. Чиновники, делами сибирскими ведавшие, приуныли.

— Послал Господь на нашу голову напасть! Всё прознает аспид, не обманешь!

Дел у Соймонова и вправду хватало. Вместе с Михайлой Ломоносовым он составлял прожекты Северного морского пути, правил каспийские карты, много писал. Весной 1766 года Фёдор Иванович тяжело заболел.

— Одряхлел я уже совсем, и болезни множатся! — жаловался он доктору Моуту.

Указ о вечном увольнении Екатерина II подписала без проволочек. В апреле пожалованный в тайные советники Соймонов был уволен.

И снова деревня, густые дубравы, прозрачные речки — край детства и старости. Ковыляя на костылях (отказали ноги), Фёдор Иванович каждое утро взбирался на косогор подле усадьбы. Оттуда открывался вид на поля окрестные. Старик жадно ловил порывы ветра, смотрел, как проносятся над головой облака. Всё у него было уже в прошлом. Теряя остатки зрения, дрожащей рукой Соймонов писал о самом дорогом — о Петре. Между строк он рисовал корабли с парусами, полными ветра. Всё для него было уже в прошлом…

11 июля 1780 года старого моряка не стало. В последний путь провожали Фёдора Ивановича дочери Лиза да Мария. Погребли его на кладбище, что при Высоцком монастыре близ Серпухова Было тогда Соймонову 88 лет, и знала его вся Россия.