Тем временем трагедия Порт-Артура вступала в свою новую фазу. После трагической гибели вице-адмирала Макарова, которая потрясла всех, в командование эскадрой временно вступил наместник адмирал Алексеев. А после его отъезда из Порт-Артура новым начальником эскадры стал контр-адмирал Витгефт, поднявший свой флаг на закончившем ремонт «Цесаревиче».

10 июня эскадра в полном составе вышла в море, пытаясь прорываться во Владивосток, но недалеко от Порт-Артура встретилась с японской эскадрой. Витгефт решил вернуться обратно. На подходе к внешнему рейду «Севастополь» отклонился от протраленного фарватера и носовой частью левого борта подорвался на мине. Через пробоину проникло много воды. Офицеры и матросы «Севастополя» ожидали худшего, однако детонации боезапаса не произошло. В погребе 152-мм снарядов, правда, возник пожар, но он был быстро залит поступающей водой. Броненосец своим ходом дошёл до бухты Белый Волк и стал на якорь под берегом. Эссен приказал не включать прожекторов и полностью затемнить корабль. Это позволило избежать ночных атак японских миноносцев. Потери на броненосце ограничились одиннадцатью ранеными.

Для исправления повреждений воспользовались кессоном, ранее построенным для ремонта «Ретвизана». В заводке кессона и других ремонтных работах был задействован и Черкасов. Все приходилось делать, что называется, «на коленях», импровизируя на каждом шагу. А тут новая беда — при отжигании повреждённых листов обшивки начался сильный пожар. Его потушили, но в огне погибли двое матросов, еще 28 получили ожоги. Как бы то ни было, но к 25 июля броненосец снова вошёл в строй.

А уже утром 28 июля эскадра, отпустив тралящий караван, вновь вышла в море. На этот раз «Севастополь» вместе с «Полтавой» замыкали колонну русских броненосцев, шедшую со скоростью 13 узлов курсом SO 55°. Через час на востоке показалась японская эскадра.

Сражение, вошедшее в историю, как «Бой в Жёлтом море», началось в 12.20 на дистанции 80 кабельтовых. Уже в начале сражения в «Севастополь» попал снаряд, но не смог пробить броневой пояс. Удерживая свое место в колонне, броненосец вел интенсивный огонь по противнику. Ближе к концу сражения «Севастополь» все же получил серьезное попадание. Снаряд, попавший в броню около правой кормовой 152-мм башни, вывел из строя электрическую подачу боеприпасов, и их пришлось подавать вручную через верхнюю палубу. Как третий артиллерист, организацией ручной подачи снарядов занимался Черкасов. Выстроившись цепочкой, матросы передавали снаряды к пушкам. В это время «Севастополь» находился в самом эпицентре боя и его буквально засыпали снарядами. От осколков не было никакого укрытия. То тут, то там падали поражаемые ими матросы, но на их место тут же вставали новые. Огонь 152-мм пушек ни на миг не ослабевал.

Досталось и Черкасову. Вначале он был контужен в голову и грудь близко пролетевшим японским снарядом, а затем через несколько минут ранен осколком в голову. Чтобы лицо не заливало кровью, перемотал голову куском матросской тельняшки и продолжил командовать подачей боеприпасов. К 17.35 на «Севастополе» начались пожары. Имелись попадания в боевую рубку, дымовые трубы и фок-мачту. Теперь уже Черкасов с матросами занимался их тушением в составе кормовой аварийной партии.

Когда в огне и дыму внезапно вывалился из строя флагманский броненосец «Цесаревич», командир «Севастополя» Эссен решил таранить противника. Однако именно в этот момент в кожух дымовой трубы попал очередной японский снаряд, перебивший пароотводные трубки. Из-за этого броненосец на время лишился паров в одном из котельных отделений и его ход упал, до каких-то 8 узлов. Пытаться таранить противника на такой скорости было абсолютно бессмысленно, тем более что основные силы эскадры, отказавшись от продолжения прорыва, уже разворачивали форштевни на Порт-Артур. Пристроившись в хвост колонны, «Севастополь» двинулся за остальными. Когда японские корабли скрылись с горизонта, Черкасов позволил себе спуститься в лазарет. Корабельный врач, бегло оглядев голову, похлопал мичмана по плечу:

— В рубашке родились, Петр Нилыч, всего на полсантиметра в сторону пролетел бы осколочек, и мы бы с вами, сударь, сейчас уже не беседовали!

Несмотря на повреждения и потери, дух на «Севастополе» был самый боевой. Едва броненосец отдал якорь, как команда принялась устранять повреждения. Через неделю капитан 2-го ранга Эссен уже с гордостью доложил контр-адмиралу Ухтомскому.

— Все повреждения устранены силами команды, и броненосец готов к выходу в море!

Но Ухтомский, уже потеряв веру в победу, был настроен иначе:

— Какой выход, Николай Оттович, о чем вы говорите! Разве вы не понимаете, что во Владивосток нам уже не прорваться.

— Не можем лее мы сидеть сложа руки, когда в разгаре война. Если нет надежды на прорыв во Владивосток, то все равно следует выйти в море и дать еще один бой, чтобы попытаться потопить, пусть и ценой гибели всех еще оставшихся кораблей, хотя бы одного-двух «японцев» и тем самым облегчить жребий идущей на Дальний Восток 2-й Тихоокеанской эскадры!

— Мы употребим все оставшиеся силы на защиту крепости, а там что Бог даст!

А затем началось планомерное разоружение «Севастополя» и других кораблей. Вначале для отражения штурма с «Севастополя» свезли десантную роту из 180 человек под командованием мичманов Петрова и Бухе. Рота приняла участие в отражении очередного штурма и в первом же бою потеряла 56 матросов и сбежавшего с поля боя мичмана Бухе. Затем с «Севастополя» начали снимать и орудия для усиления береговых батарей. Вместе с пушками снимали и артиллеристов. Кроме этого, «Севастополь» отвечал за оборону полуострова Ляотешань и расположенных на нем орудий и прожекторов. Ежедневно по заявкам с берега вел броненосец и стрельбу по японским позициям. Кают-компания «Севастополя» была оскорблена трусостью Бухе и единогласно постановила исключить его из числа своих членов. Более на броненосец этот трус не вернулся.

Тогда же Петр Черкасов, полагая, что на фортах сейчас куда опасней, чем на корабле, обратился к Эссену с просьбой о переводе на берег, но тот не отпустил:

— Этак я совсем без офицеров останусь. На берегу обойдутся без вас

10 августа «Севастополь» вышел из гавани на обстрел японских позиций. На борту броненосца к этому времени находилось всего три сотни человек команды. Остальные уже сражались на берегу. Так как некому было даже заниматься подачей боеприпасов из погребов, Эссен распорядился поднять снаряды еще до стрельбы прямо к орудиям, а сами погреба тщательно задраить. Разумеется, это было полным попранием всех существующих правил и наставлений, но на войне как на войне.

Едва вышли на внешний рейд, сигнальщики наперебой закричали;

— Слева в кильватере броненосные «Ниссин» и «Касуга»!

— Справа три крейсера типа «Мацусима» и пара канонерок!

— На траверзе дымы миноносцев! Три десятка вымпелов!

— Огня по японцам не открываем, а продолжаем выполнение поставленной задачи! — распорядился Эссен.

Впереди «Севастополя» в таком же презрительном молчании резали форштевнями волну четыре наших миноносца, сзади прикрывали еще два. «Кассуга» и «Ниссин» дали с предельной дистанции несколько залпов, которые легли с большим недолетом. Но, не решившись сблизиться, затем вообще скрылись из вида.

Выйдя в назначенную точку, «Севастополь» открыл огонь по японским осадным батареям. Те пытались поначалу огрызаться, но вскоре, поняв всю тщетность своих усилий, почли за лучшее прекратить огонь. Несмотря на это, одну из 8-орудийных батарей броненосец все же уничтожил. К моменту возвращения в Порт-Артур пришлось выдержать еще один бой с вернувшимися «Кассугой» и «Ниссин».

При возвращении броненосец из-за сильною течения и собственного малого хода, который затруднял удержание на курсе, «Севастополь» наткнулся на мину. Взрыв произошел в районе носовой башни главного калибра, к счастью, снова без детонации боеприпасов. При этом были затоплены две угольные ямы, два артиллерийских погреба 152-мм и 47-мм боезапаса и зарядный погреб главного калибра. Корабль сильно осел носом и остановился, все еще находясь под огнём противника. Из Артура пришел буксир. Черкасов руководил заводкой буксира и при этом был сильно ушиблен лопнувшим от напряжения перлинем. Как известно, оборванный буксирный и швартовый трос, как правило, перебивает человека пополам Но Черкасову снова повезло. Несмотря на тяжелое состояние, он продолжил заводку буксира. Однако в это время «Севастополь» снова дал ход, и надобность в буксировании отпала. Вернувшись в Порт-Артур, броненосец бросил якорь в Западном бассейне. Это выход «Севастополя» стал, по сути, последним активным действием нашей эскадры.

Когда пришел приказ о сформировании из команды «Севастополя» нового десантного резерва, то в командование им был определен Черкасов.

— Жаль расставаться, но ничего не поделаешь! — обнял на прощание лейтенанта Эссен. — Надеюсь, что еще увидимся.

Затем были отчаянные бои с японцами на суше. Морской десантный резерв бросался на самые опасные участки обороны крепости, туда, где японцы могли прорвать нашу оборону. Не раз и не два дело доходило до штыковых атак, в ходе которых матросы отбрасывали противника от наших укреплений. При этом Черкасов неизменно был всегда впереди и личным примером поднимал своих матросов в отчаянные контратаки.

За успешные боевые дела, проведенные силами его десантной роты, Черкасов был удостоен ордена Святой Анны 4-й степени «За храбрость». Говорили, что храброго лейтенанта якобы представляли к Георгию, но потом крест достался другому офицеру. Что касается Черкасова, то он относительно того, что не стал георгиевским кавалером, нисколько не печалился, не до того было. Петр Нилович еще станет кавалером Георгиевского креста, но при других обстоятельствах и на другой войне.

Когда в роте осталось меньше половины первоначального состава, ее остатки вернули на корабли.

До отражения августовского штурма «Севастополь» вместе с «Полтавой» стоял на огневой позиции в Восточном бассейне. Для защиты от падавших вокруг японских снарядов верхнюю палубу броненосца закидали кучами шлака и накрыли стальными листами. Одновременно завели кессон на пробоину от мины и, как могли, начали ремонтироваться.

Ремонт закончился лишь 24 октября. К тому времени японцы уже вовсю обстреливали Порт-Артур и бухту из 280-мм осадных гаубиц. Укрыться от падающих с неба снарядов было просто некуда. За какой-то день броненосец получил сразу пять попаданий. От больших разрушений спасли лишь груды шлака, в которых взрывались падающие снаряды. При этом и сам «Севастополь» не оставался в долгу, ведя перекидную стрельбу по осадным батареям.