Едва отгремели праздничные фейерверки, как Зотова ждало новое назначение. В марте 1720 года он становится главным контролером Адмиралтейств-коллегий. Должность эта предполагала контроль за соблюдением законности в коллегии и выявление всех дел, идущих во вред государству. Днем Конон, не жалея сил, трудился в конторах, ночами же с не меньшим воодушевлением выполнял новый приказ Петра – готовил первый российский Морской устав. Писанное им редактировал лично царь, он же написал и свое знаменитое предисловие к доброхотному читателю. Первый Морской устав действовал на Руси без особых изменений вплоть до эпохи парового флота… Вопиющее беззаконие и воровство в Адмиралтейств-коллегий вынудили Конона обратиться к царю с докладной запиской о чинимых безобразиях. Одновременно требовал он внимания к своей должности и грамотных помощников. Записка обошлась Конону Зотову дорого. Через день после написания он был взят под стражу, якобы за клевету. Но через несколько дней, разобравшись во всем, Петр I освободил Конона и оставил в прежней должности.

Самое поразительное, что во главе недругов Конона стала его мачеха. Как мы знаем, Конон с самого начала был против шутовской женитьбы своего спивающегося отца. На этой почве сразу же обострились отношения между пасынком и мачехой Анной Еремеевной Зотовой (в девичестве Пашковой). После смерти Матвея Зотова в 1720 году противостояние пасынка и мачехи за родовое имение Зотовых Лыткарино достигло своего апогея. Именно тогда из-за интриг Анны Еремеевны и графа Матвеева, к которым с радостью присоединились многочисленные флотские недруги главного контролеры, Конон Никитич и был заключен под стражу. К счастью ненадолго. Немаловажную роль во всем этом играл пресловутый вопрос наследства. Но, получив свою часть большого поместья в селе Лыткарино, Анна Еремеевна ее уже не выпускала. Не имея детей (прямых наследников), она все же умудрилась выиграть судебный процесс и завещать зотовское имение своему внучатому племяннику (не имеющего никакого отношения к Зотовым), тогда как родной сын Матвея Зотова этот процесс проиграл.

Из биографии героя: «В 1720 году моряка арестовали и препроводили в Юстиц-коллегию за „дерзкое непристойное доношение“. Сам Конон Никитич объяснял арест кознями мачехи. Шестью годами ранее Никита Моисеевич женился на вдове капитана Стремоухова, и Пётр 1 задумал сделать из бракосочетания комедийное действо. К. Зотов просил царя избавить семейство от позора, но не преуспел. Свадьба запомнилась весельем и непристойностью. После смерти Никиты Зотова завязалось дело о его наследстве. Видимо, из-за этого Зотова и оговорили. Но вскоре он оказался на свободе и выполнял новое ответственное поручение».

Но и после случалось лихо. Действуя как всегда смело и решительно, первый «охотник» Российского флота быстро нажил себе врагов. С особой неприязнью относился к нему вице-адмирал Сиверс, которого Зотов изобличил в преднамеренном раздутии береговых штатов и урезании корабельных. Петр наказал вора, но Сивере с тех пор затаил злобу на дотошливого контроллера.

Отныне за каждым его шагом следили денно и нощно, каждое его слово и поступок тут же доносились императору. Скоро, очень скоро понял Конон, что клеветников предостаточно. А когда в одиночку стало бороться невмоготу, написал письмо Петру: «… Научи, как жить, если дать о себе отповедь, то вздором называют, а если смирно себя вести, то озлоблениями и обидами несносными… находят». Одновременно он попросился на корабли: «… А я лучше на Балтии хочу умереть, нежели от кнута и дыбы… да мимо идет чаша сия моя».

И снова Петр поддержал своего «охотника». – Мой Зотов по своей учености да к службе радению, почитай, целой эскадры стоит! – объявил он.

Но на корабли не отправил, а оставил на прежней должности. Честные люди были в цене во все времена!

Из биографии героя: «В те годы мало кто из имевших доступ к казённому имуществу не крал. Зная Конона Никитича как прямого и честного человека, непримиримого к недостаткам, царь 21 марта 1721 года назначил его контролером при Адмиралтейств-коллегии, чтобы „показать силу той должности“ его будущим преемникам. Видимо, Пётр 1 понимал, что человек характера Зотова долго не продержится на должности, которая предполагала столкновения с адмиралтейскими чинами. Конон Зотов вновь проявил строптивость. Узнав о пытках за ревность к службе Квашнина-Самарина, он потребовал отставки и заявил, что предпочитает погибнуть в бою, чем в застенке. Отставку моряк не получил и служил контролёром, неоднократно имел столкновения с чиновниками. Одновременно он разрабатывал важные документы по флотской администрации».

В 1722 году Конон Зотов дописал первую в русском флоте книгу морских сигналов, которая легла в основу всех последующих сводов. Одновременно он трудился над созданием партикулярного (коммерческого) Морского устава, горячо одобренного Петром.

Не успел первый волонтер отложить в сторону рукопись партикулярного устава, как тут же взялся за работу над учебником для российских мореходов с длинным по тем временам названием: «Разговор у Адмирала с Капитаном о команде. Или полное учение како управлять кораблем во всякие разные случаи. Начинающим в научение, отчасти знающим в доучение, а не твердо памятным в подтверждение. Учинил от флота капитан Конон Зотов». Книга рассматривала вопросы управления кораблем в море, съемки с якоря, постановки парусов и другие. «Разговор…» был написан в форме диалога между адмиралом и капитаном, причем обсуждение серьезных вещей Зотов совмещал с юмором и соленой флотской шуткой. Так, на вопрос адмирала о том, как узнать, хорош ли корабль на ходу, капитан отвечает: «… Когда корабль на прытком ходу своим трясет задом, то значит, что пропорция в его строении есть добрая».

В предисловии к книге Конон Никитич писал: «Читатель благий, изданием сея книжицы я не думаю ученого учить, я от таковых требую только милостивого внимания, а благодарного принятия сих моих малых трудов требую от тех, которые дворянские знатные дети ныне обретаются в морской службе и желают с великим усердием поучиться корабельному управлению во всяких разных могущих приключиться причинах, и весьма надлежало бы давно таковую книжку издать, для того, что у всякого бы было твердо и без конфузий бы управляли чем надлежит; а капитанам бы вместо того чтоб сердиться, он бы ими радовался и рекомендовать бы был готов и никто бы уже из них не боялся экзаменации…»

По книге Зотова учились многие поколения русских моряков. Учебник переписывали от руки, а редкие, рассыпающиеся от ветхости экземпляры передавали от отца к сыну, от деда к внуку. Через сто лёт, в 1816 году, «Разговор…» прочитал император Александр I и был совершенно очарован книгой. Тут же последовало высочайшее распоряжение о немедленном переиздании книги с полным сохранением стиля и вида подлинника.

К середине 20-х годов XVIII столетия Зотов становится фактически во главе русской военно-морской разведки. К нему стекаются вся европейская морская литература и сведения об иностранных флотах; полученное он постоянно переводит и анализирует, собирая также информацию о состоянии флотов через посольства и своих агентов. Не забывал Конон Никитич и о практической работе. Так, он предложил принципиально новый способ крепления такелажа.

В январе 1725 года не стало Петра. Старые недруги не простили Зотову былых ущемлений. Исподволь начали они очередную травлю. При первой же возможности Конон Никитич возвращается на действующий флот. В январе 1726 года он становится капитаном линейного корабля «Пантелеймон-Виктория» и весной выводит его в плавание по Финскому заливу. Снова над головой гудели полные ветра паруса, снова в лицо хлестали соленые брызги моря, лихо взбирались по вантам матросы, и волна неистово билась в кормовой подзор. Как будто и не было прожитых лет, как будто вновь он с Наумом Сенявиным мчался на перехват шведского флота!

Но радость капитана первого ранга была недолгой. Едва он покинул свой пост контролера, как воры, почувствовав отсутствие бдительного стража законности, резво взялись за дело. Когда же генерал-адмирал Федор Апраксин решил произвести ревизию, результаты оказались самые плачевные.

– Немедля возвернуть Зотова в прежнюю должность! – распорядился он. – Иначе крысы наши конторские, почитай, все растащат!

С грустью покидал палубу своего последнего корабля Конон.

– Ноет сердце мое, – говорил он друзьям, – что не ступать мне на корабли более уже никогда!

Снова погрузился он в нескончаемую бумажную войну, снова стал писать записки изобличающие. Снова пошли доносы и угрозы. Все вернулось на круги своя! Но Зотов не терял надежды встать в боевой строй. «Если уметь да не учить, – пишет он в одном из писем Апраксину, – то есть великая вина… а если не уметь, для чего умеющих ненавидеть и похваляться уморить при конторе и во флот не пускают!» Но генерал-адмирал упорствует.

– Каждому свое место предрасположено! – бранит он настырного контролера. – А я для того и поставлен, чтобы думать за всех!

Работая ночами, пишет Зотов новые книги. В 1728 году создает он «Регламент адмиралтейского нижнего суда» – свод законов повседневной деятельности Адмиралтейств-коллегий. В 1729 году Зотов уезжает на время в Москву, где занимается приведением в порядок центральных учреждений коллегии, одновременно составляя многие законоположения по их деятельности. По возвращении в Санкт-Петербург переводит с голландского «Светильник морской» – морскую лоцию от Ревеля до Англии и Белого моря, пишет первый в России учебник морской тактики – «Книгу о погоне за неприятелем».