Пётр Шмидт родился в семье весьма уважаемого и заслуженного ветерана первой Севастопольской обороны. И по отцу, и по матери он был из обрусевших немцев с датскими корнями. Считается, что род Шмидтов в России начинается с конца XVI века, когда при Петре Первом приехал некий немецкий корабельный мастер Шмидт (сама фамилия переводится с немецкого как «кузнец») с партией других корабелов строить первые корабли. Мастеру Шмидту в России понравилось. Он женился на русской женщине и остался здесь навсегда. К концу жизни корабельный мастер получил потомственное дворянство, а своих сыновей вывел в офицеры. При этом в честь царя Петра в каждом поколении одного из Шмидтов обязательно называли Петром. Известен дед нашего героя капитан 1-го ранга Пётр Петрович Шмидт 1-й.

Отец нашего героя — Пётр Петрович Шмидт 2-й — родился в 1828 году. После окончания Морского корпуса Пётр Петрович Шмидт 2-й проходил службу на линейных кораблях и фрегатах Балтийского и Черноморского флотов. С 13 сентября 1854 года по 21 мая 1855 годов участник обороны Севастополя на Малаховом кургане. Вместе со своим старшим братом Владимиром Петровичем пробыл на «бастионах чести» всю осаду Севастополя и получил там не одно ранение. Несмотря на то, что братья были совсем ещё молодыми людьми, не имевшими ни жён, ни детей, именно там, на залитых кровью бастионах, они поклялись друг другу, что тот, кто из них переживёт другого, возьмёт на себя заботу о детях ранее ушедшего из жизни. Эта клятва на севастопольских бастионах сыграет с фамилией Шмидтов впоследствии самую роковую роль. Но кто тогда мог подумать о трагических последствиях этой юношеской братской клятвы! Там же, на бастионах, договорились братья и ещё об одном: кто из них первый женится и родит сына, тот должен обязательно назвать его Петром в честь деда и тем самым продолжить традицию Петров Шмидтов в российском флоте.

Впоследствии Пётр Петрович Шмидт дослужится до контр-адмиральского чина и закончит службу начальником порта в Бердянске.

Куда более значительную карьеру, чем младший брат, сделает старший брат Владимир. Прекрасный моряк, храбрец и прекрасный администратор, он был участником легендарного боя фрегата «Флора» с турецкими пароходами, затем всю оборону Севастополя дрался на бастионах. Впоследствии Владимир Петрович Шмидт будет младшим флагманом у самого адмирала Бутакова, станет одним из первых командующих Тихоокеанской эскадрой, полным адмиралом и полным кавалером всех российских орденов, а на склоне лет и сенатором. Помимо всего прочего, за проявленное личное мужество и отвагу В.П. Шмидт был награждён Георгиевским крестом и именным оружием — золотым палашом «За храбрость». Ученики Владимира Петровича к началу XX века сами станут известными адмиралами, а авторитет адмирала и сенатора Шмидта — одного из последних участников героической обороны Севастополя — будет неимоверно высок. С 1890 по 1909 год — адмирал Владимир Петрович Шмидт первый по старшинству среди военно-морских чинов российского флота, старший флагман Балтийского флота. По завещанию после смерти герой обороны Севастополя был похоронен в Севастополе, в усыпальнице адмиралов — Владимирском соборе — рядом со своими учителями М.П. Лазаревым, В.А. Корниловым, П.С. Нахимовым, В.И. Истоминым.

Незаурядной личностью была и мать нашего героя. В осаждённый французами и англичанами Севастополь юная Катенька фон Вагнер (из древнего польско-литовского рода князей Сквирских) приехала из Киева по зову сердца. Ей было тогда всего девятнадцать лет. Вопреки воле родителей, под впечатлением душевного порыва Марии Григорьевой, Екатерины Бакуниной (внучки М.И. Кутузова) и Екатерины Грибоедовой она решила стать сестрой милосердия. Хрупкая молоденькая девушка, только-только начинающая понимать жизнь, она постигала её под вой ядер и свист пуль.

Впрочем, у Екатерины фон Вагнер была и ещё одна (быть может, главная) причина её приезда в Севастополь. Дело в том, что здесь, на бастионах, сражался человек, которого она любила больше всего на свете — любимец адмирала Нахимова капитан 2-го ранга Скоробогатов. Уже в самом начале войны Скоробогатов стал известен всей России. Командуя фрегатом «Флора», он вышел победителем из боя с целым отрядом турецких пароходов. Старшим офицером на «Флоре», как мы уже знаем, был лейтенант Владимир Шмидт, с которым у Скоробогатова были самые дружеские отношения. Будучи невестой командира фрегата, Екатерина фон Вагнер была знакома и со старшим офицером, а также знала и о существовании его брата Петра.

С начала своего появления в осаждённом Севастополе, Екатерина фон Вагнер вместе с другими сёстрами милосердия трудилась в госпитале под руководством великого хирурга Н. Пирогова. В нечастые свободные минуты она встречалась со Скоробогатовым.

Влюблённые уже были помолвлены, говорят, что была даже назначена дата венчания в Петропавловской церкви, когда Скоробогатов героически погиб на Малаховом кургане при отражении самого кровавого, третьего, штурма Севастополя. В этом же отчаянном бою был тяжело ранен в бедро и молодой лейтенант Пётр Шмидт. Это было уже его третье ранение! Молодого лейтенанта привезли в госпиталь, и рыдающая по погибшему жениху сестра милосердия Екатерина фон Вагнер его выходила.

Спустя четыре года, в 1859 году, Пётр Шмидт сделал своей спасительнице предложение. Уступив чувствам Шмидта, она согласилась. Любила ли Екатерина фон Вагнер своего нового жениха, как любила она погибшего капитана 2-го ранга Скоробогатова? Кто знает?

Как бы то ни было, но мужу она стала верной женой и другом, а детям заботливой матерью. Согласитесь, что история любви юной княжны к любимцу Нахимова, героическая смерть последнего и последующее замужество девушки на возвращённом ею к жизни молодом офицере могли бы стать сюжетом приключенческо-романтического романа! Увы, сюжетом к истории семьи Шмидтов станет совсем иная история и далеко не романтическая…

5 февраля 1867 года в Одессе в семье помощника военного коменданта порта капитан-лейтенанта Шмидта родился долгожданный сын. Это был шестой ребёнок Петра и Екатерины. Предыдущие пятеро детей были девочки, да и то к моменту рождения Петра три сестры скончались в младенческом возрасте. Учитывая тот факт, что отец был флотским офицером, воспитанием будущего революционера занимались мать и старшие сёстры. Впоследствии в своём письме Зинаиде Ивановне Ризберг Пётр Петрович писал: «В милом детстве моём я видел много любви и женской ласки. Я рос среди сестёр и мамы, так как отец всегда находился в плавании».

Так как старший брат Владимир всё ещё оставался холостяком, право назвать сына фамильным именем получил младший брат. Так родившийся мальчик стал Петром. Спустя несколько лет Екатерина Шмидт родила дочь Анну. В 1876 году Пётр Петрович Шмидт был назначен губернатором города и начальником порта в Бердянске. Семья перебралась туда.

Умерла Екатерина Яковлевна 29 декабря 1877 года в возрасте всего 42 лет и была похоронена на городском кладбище. Как защитнице Севастополя, ей при погребении был отдан прощальный ружейный салют. Наверное, это единственный случай в истории дореволюционной России, когда воинским салютом провожали в последний путь женщину-героиню. Могила Екатерины Яковлевны сохранилась до наших дней.

Средняя сестра Анна Петровна Избаш вспоминает: «Я помню, как Петя рыдал все три дня до её похорон, рыдал безутешно, не успокаиваясь ни на одну минуту. После смерти матери любовь и ласку её старалась заменить нам сестра Мария. Эта 16-летняя девочка создала особенную, исполненную грусти и доброты обстановку нашего сиротства. Эта обстановка не могла не отразиться на впечатлительном мальчике». Вполне возможно, что именно это событие и стало отправной точкой в психической неустойчивости нашего героя.

Так Пётр Петрович Шмидт оказывается вдовцом с двумя маленькими детьми на руках. При этом необходимо добавить, что стенания многих авторов на «несчастное детство» Петеньки Шмидта безосновательны. Разумеется, смерть матери наложила свой отпечаток. Но у Пети была заботливая старшая сестра, заботливый отец. Кроме этого семья губернатора города, разумеется, никогда не испытывала никаких материальных проблем, имела хороший дом и прислугу.