30.04.1943 г. при зарядке аккумуляторной батареи на С-4 по вине личного состава произошел взрыв водорода, в результате чего погибло трое краснофлотцев, а корпусу, приборам и механизмам корабля были причинены серьезные повреждения.В ночь на 01.05.1943 г. на переходе из Ленинграда в Кронштадт из-за упущений при организации перехода Щ-323 вышла за пределы фарватера, подорвалась на донной мине и затонула. Погибло 39 членов экипажа ПЛ. Летом 1944 г. корпус подлодки был поднят и разделан на металл.
