Монастырь был основан монахом Сайте примерно в конце VIII начале IX. Со временем буддийские монахи фактически основали государство в государстве. Ода Нобунага в период Воюющих провинций боролся с чрезмерным влиянием монастырей, после чего Энракудзи утратил былую мощь и влияние. До нашего времени монастырь сохранился частично.
