Баварский герцог Тассилон, официально признавший еще власть Пипина Короткого, на самом деле вел постоянные интриги против франков и против своих же подданных, стремясь ограбить баварскую знать. Тассилон заключил договор против Карла со своим зятем Дезиреем, потом даже с аварским каганом, чем вызвал восстание своего же народа и призвание на помощь Карла. Карл окончательно подчинил себе Баварию в 788 году. Тассилон был приговорен духовным судом к смерти, но Карл помиловал его и сослал в монастырь, где тот и умер. Его герцогство было поделено на отдельные округа, над каждым из которых Карл поставил графа из числа баварских баронов, ранее бежавших от Тассилона к франкам.