Функции резидентов в это время выполняли в основном военные агенты, дипломаты, чиновники Министерства финансов и морские атташе (И. Д.).

Работа центральных органов разведки всегда делилась на две основные части: руководство сбором сведений и их обработка. Совмещение того и другого в одном органе вызывало путаницу и снижало эффективность работы. После Русско-японской войны эти функции были резко разграничены и переданы каждая специальному органу. Теперь вербовкой агентуры и контролем за ее деятельностью занималось «особое» (или разведывательное) делопроизводство Главного управления Генерального штаба и обработкой информации — специальное статистическое делопроизводство. В 1906 г. при штабах военных округов создаются разведывательные отделения, независимые от отчетных. Наметились определенные улучшения и в подготовке агентуры, причем в первую очередь на Дальнем Востоке. В начале 1906 г. в Приамурском военном округе была организована школа разведчиков, готовившая кадры тайных агентов из числа китайцев. В Николаевской академии Генерального штаба ввели курс лекций по истории и теории военного шпионажа. Его читал генерал-майор В.Н. Клембовский, автор изданного в 1911 г. в Петербурге учебного пособия по тайной разведке. В Главном управлении Генерального штаба была разработана общая программа развития разведывательной службы в стране. В ней четко определялись задачи разведки отделений военных округов, в функции которых входило детальное изучение конкретных иностранных государств. Главное управление объединяло их деятельность и дополняло ее сведениями своей агентуры, расположенной в столицах и главных военных центрах зарубежных стран. В целях обмена опытом и дальнейшего улучшения организации военных спецслужб в 1908–1910 годах созывались съезды старших адъютантов разведывательных отделений штабов военных округов. На них был выработан целый ряд методологических и организационных принципов работы разведывательных органов. В результате указанных мер организация русской разведки значительно улучшилась, и в период Первой мировой войны она работала на достаточно высоком профессиональном уровне (Деревянко И.В. Щупальца спрута. Спецоперации разведки и контрразведки Российской империи. М., 2004. С. 15–20).