Механизм был таков: Главное управление казачьих войск обращалось с письменным запросом в Военный совет, а тот, рассмотрев документ, давал указания соответствующим главкам. Это бывало очень редко, так как в описываемый период казачьи войска сами занимались своим снабжением за счет войсковых капиталов.
Кроме того, в период Русско-японской войны, как и в предшествующие годы, ГУКВ занималось вопросами гражданского управления казачьих войск, развитием сельского хозяйства в казацких областях, развитием там народного образования и т. д. Продолжались работы по улучшению медицинской части в казачьих войсках. В 1904 г. при содействии Главного управления казачьих войск был создан ряд новых начальных и средних учебных заведений для казаков. В 1905 г. осуществлен ряд мер по улучшению быта нижних чинов казачьих войск: введено ежедневное чайное довольствие, увеличено жалованье, улучшено снабжение продуктами питания и т. д. Управление также руководило перевооружением казачьих частей пиками нового образца, которое началось еще в 1903 г. и продолжалось в течение всей войны, по мере изготовления пик Сестрорецким оружейным заводом. В 1905 г. иод руководством ГУКВ проводилась мобилизация строевых казачьих частей для замены внутри империи регулярных войск, отправляемых на Дальний Восток, а также для подавления народных волнений. Кроме того, для борьбы с беспорядками были сформированы особые вольнонаемные конно-полицейские казачьи команды (ЦГВИА. Ф. ВУА.Д. 2793. Л. 2 об. — 189 об.; ЦГВИА. Ф. I. оп. I. Д. 66991. Л. 138, 221–228; «Всеподданнейший доклад по Военному министерству за 1904 г.» СПб., 1905. С. 113–123).
