18 июня 1788 года Севастопольский корабельный флот в составе двух линейных кораблей, двух 50-пушечных и восьми 40-пушечных фрегатов (552 орудия), одного 18-пушечного фрегата, двадцати малых крейсерских судов и трех брандеров вышел в море согласно приказанию генерал-фельдмаршала Г.А. Потемкина. Командующий флотом контр-адмирал граф М.И. Войнович (флаг на 66-пушечном корабле «Преображение Господне») в соответствии с приказом направил флот к Очакову для отвлечения от него турецкого флота.

В тот же день командующий турецким флотом капудан-паша Хасан-паша после Очаковского разгрома с прорвавшимися из Днепровского лимана кораблями встал на якорь у острова Березань, где начал исправление повреждений и вскоре присоединил к себе эскадру, включавшую наиболее крупные турецкие корабли.

Задержанный противными ветрами, М.И. Войнович только 29 июня, когда Екатеринославская армия Потемкина уже подходила к Очакову, достиг острова Тендра, где и обнаружил державшийся к северо-западу от Тендры турецкий флот. Флот Хасан-паши насчитывал по нашим данным 17 линейных кораблей (в том числе пять 80-пушечных; всего в линии баталии не менее 1120 орудий), 8 фрегатов, 3 бомбардирских корабля, 21 малое крейсерское судно (шебеки, кирлангичи, поляки). Таким образом, только главные силы — линия баталии — турецкого флота имели двукратное превосходство в количестве орудий и еще большее превосходство в весе бортового залпа.

Семнадцати турецким кораблям Войнович мог противопоставить линию из двенадцати кораблей и фрегатов, из которых только четыре были вооружены орудиями крупных калибров. Это были 66-пушечные «Преображение Господне» и «Святой Павел», а также 50-пушечные «Андрей Первозванный» и «Георгий Победоносец». Кроме них в линию были включены 40-пушечные фрегаты «Стрела», «Победа», «Перун», «Легкий», «Кинбурн», «Берислав», «Фанагория» и «Таганрог». За линией баталии держались малый фрегат «Вестник», 16-пушечная шебека «Острая», 10-пушечная шхуна «Полоцк», 17 малых корсарских судов (лансоны и кирлангичи) и 3 небольших брандера.

Утром 30 июня 1788 года контр-адмирал МИ. Войнович пошел на сближение с противником, сохранявшим наветренное положение. Учитывая соотношение сил, российский командующий, по договоренности со своим младшим флагманом — командиром авангарда капитаном бригадирского ранга Ф.Ф. Ушаковым (брейд-вымпел на 66-пушечном корабле «Св. Павел»), решил ожидать атаки турок в подветренном положении. Это позволяло лучше удерживать плотное построение линии баталии и гарантировало использование артиллерии нижних деков и, следовательно, отчасти компенсировало превосходство противника, позволяя избежать неприятных случайностей. Однако Хасан-паша воздержался от нападения. Трое суток флоты маневрировали на виду друг у друга, постепенно смещаясь к юго-западу — к устью Дуная — и удаляясь от Очакова. Наконец, в 8 часов утра 3 июля 1788 года, находясь на виду острова Фидониси, М.И. Войнович приказал повернуть на курс к берегам Крыма и выстроил линию баталии на левом галсе, по-прежнему имея флот Хасан-паши на ветре и на противоположном курсе.

Хасан-паша, решившись атаковать, на своем флагманском корабле обошел весь флот и дал наставления младшим флагманам и командирам кораблей. Вскоре после 13 часов турецкий флот в двух густых колоннах начал спускаться для атаки российского флота. Первую колонну составил авангард под личным командованием капудан-паши (6 кораблей), вторую — кордебаталия (6 кораблей) и арьергард (5 кораблей), соответственно под командованием вице-адмирала и контр-адмирала.

Командир российского авангарда Ф.Ф. Ушаков, считая, что турки пытаются атаковать и отрезать арьергард Севастопольского флота, приказал передовым фрегатам «Берислав» и «Стрела» прибавить парусов и держать в крутой бейдевинд, чтобы «выиграв ветр сделать передовым через контра-марш поворот и при оном бить неприятеля с ветру» (иначе говоря, поставить в два огня). Оценив эту угрозу, капудан-паша с авангардом повернул влево, и вскоре весь турецкий флот начал выстраиваться в линию баталии напротив российского. При этом авангард Ф.Ф. Ушакова оказался ближе к противнику, который изменил план атаки. Около 14 ч 05 мин капудан-паша открыл огонь, поддержанный другими турецкими кораблями, и с двумя передними мателотами, прибавив парусов, «как лев» атаковал два сравнительно слабых русских передовых фрегата. Турецкие бомбардирские корабли, находились по одному за линиями своих авангарда, кордебаталии и арьергарда. Поддерживая огонь линейных кораблей, они непрерывно стреляли из тяжелых мортир, но без особого успеха.

Заметив маневр противника. Ф.Ф. Ушаков на «Святом Павле», атакованном одним 80-пушечным и двумя 60-пушечными кораблями турецкого авангарда, приказал поставить все паруса и вместе с передовыми фрегатами еще круче привел к ветру, сблизившись с турецким авангардом. При этом «Берислав» и «Стрела», выходя на ветер и вступив в тяжелый бой на близкой дистанции, начали отрезать два передовых турецких корабля. Один из последних сразу повернул оверштаг и вышел из боя. Другой вскоре тоже повторил его маневр, получив несколько брандскугелей и ядер с русских фрегатов. Стремясь вернуть в строй своих подчиненных, Хасан-паша приказал открыть по ним огонь, но все равно остался один, будучи атакованным двумя русскими фрегатами и подошедшим к ним на помощь 66-пушечным «Святым Павлом» Ф.Ф. Ушакова, отразившим трех своих противников. Несмотря на превосходство в весе бортового залпа, флагманский корабль Хасан-паши не смог вывести из строя сравнительно слабые фрегаты: турецкие ядра и книппеля, в основном, поражали рангоут и такелаж, а сам огонь турок был недостаточно меток. Только «Берислав» получил у форштевня большую пробоину от 40-кг каменного ядра.

Зато сам флагманский корабль турецкого флота был тяжело поврежден огнем «Св. Павла», «Берислава» и «Стрелы», стрелявших с дистанции картечного выстрела. Между тем, М.И Войнович оставался пассивным наблюдателем жаркого боя авангардов, не поддержав своего младшего флагмана, хотя и переменил курс, следуя движениям последнего. Восемь кораблей российского центра и арьергарда вели перестрелку с противником на дистанциях 3–4 кабельтова, хотя, по мнению М.И. Войновича, эта дистанция была сознательно выбрана турками, как недоступная для эффективной стрельбы русских 12-фунтовых (119-мм) фрегатских орудий.

Пассивность российского командующего позволила кораблям турецких вице-адмирала и контр-адмирала выйти из строя и броситься на поддержку капудана-паши. При этом турецкий вице-адмиральский корабль дважды загорался от брандскугелей с фрегата «Кинбурн», а потом был отражен «Святым Павлом» с повреждением фок-мачты. Контр-адмиральский корабль противника, на котором была сбита фор-стеньга, также не смог эффективно поддерживать Хасан-пашу.

Наконец, около 16 часов 55 минут капудан-паша, не выдержав сосредоточенного огня российского авангарда, повернул оверштаг и поспешил выйти из боя. За ним поспешно последовали остальные турецкие корабли, и сражение прекратилось.

В успешном отражении нападения превосходящих сил противника решающую роль сыграли инициативные действия Ф.Ф. Ушакова, которому удалось не только расстроить маневрами не лишенный оригинальности замысел Хасана-паши, но и сосредоточить против флагманского корабля турок три корабля своего авангарда. Сражаясь на дистанциях картечного выстрела, Ушаков блестяще реализовал также принцип взаимной поддержки. В то же время лучшая стрельба российских кораблей не позволила противнику реализовать этот принцип. В замешательстве, возникшем при отступлении флота, одна турецкая шебека попала под огонь российского авангарда и пошла ко дну. Потери турецкого флота в людях точно неизвестны, но все флагманские корабли и несколько кораблей авангарда противника получили заметные повреждения корпуса, рангоута, такелажа и парусов.

Российский Севастопольский флот потерял всего семь матросов и солдат убитыми и ранеными, из них шестеро приходились натри корабля ушаковского авангарда — «Святой Павел», «Берислав» и «Кинбурн». На «Стреле» потерь в людях не было. «Святой Павел», «Берислав» и «Стрела» получили некоторые повреждения рангоута, такелажа и парусов. Из других кораблей флота только 40-пушечный фрегат «Фанагория», как и «Берислав», был пробит в подводной части ядром, вызвавшим сильную течь.

После сражения М.И. Войнович, не собираясь преследовать противника, продолжал идти к берегам Крыма. Под впечатлением победы он написал Ушакову: «Поздравляю тебя, бачушка Федор Федорович. Сего числа поступил ты весьма храбро: дал ты капитан-паше порядочный ужин. Мне все видно было. Что нам бог даст вечером?… Вам скажу после, а наш флотик заслужил чести и устоял противу этакой силы».

В последующие трое суток — до самого Херсонеса (на входе в Севастополь) — турецкий флот следовал за русским, но атаковать более не решился. М.И. Войнович по-прежнему ожидал атаки в сомкнутой линии и в подветренном положении, надеясь на своего младшего флагмана. 5 июля он писал Ушакову: «Если подойдет к тебе капитан-паша, сожги, бачушка, проклятого… Если будет тихо, посылай ко мне часто свои мнения о том, что предвидишь… На тебя моя надежда, в храбрости нет недостатка». К вечеру 6 июля 1788 года турецкий флот повернул в море, а утром 7 июля скрылся из виду в направлении к берегам Румелии (европейской Турции).

Таким образом, российский Севастопольский флот, несмотря на нерешительность своего командующего, имел определенный стратегический успех, отразил нападение превосходящих сил вражеского флота, нанеся ему существенные потери, и более чем на неделю отвлек капудан-пашу от Очакова, который 1 июля был осажден Екатеринославской армией Г.А. Потемкина. Однако М.И. Войнович не развил успеха и, прибыв в Севастополь, не поспешил вновь выйти в море, отговариваясь необходимостью устранения незначительных, по существу, повреждений. В то же время Хасан-паша, исправив повреждения, 29 июля вновь подошел к Очакову, откуда удалился к Босфору только 4 ноября 1788 года, узнав о запоздалом выходе в море (2 ноября) Севастопольского флота. 6 декабря Очаков был взят штурмом российскими войсками.

Тем не менее, Потемкин и Екатерина II оценили сражение при Фидониси как важную победу молодого Черноморского флота. Контр-адмирал М.И. Войнович был награжден орденом Св. Георгия 3-й степени. Сам же командующий в своем донесении постарался нивелировать заслуги участников сражения. В результате не было уважено представление Ф.Ф. Ушакова о награждении орденами Св. Георгия 4-й степени отличившихся командиров капитана 2 ранга Я.Н. Саблина(«Берислав»), капитан-лейтенанта М.Н. Нелединского («Стрела») и офицеров «Святого Павла» капитан-лейтенантов Ф.В. Шишмарева, И.И.Лаврова и унтер-лейтенанта морской артиллерии П. Копытова.

Необъективность М.И. Войновича и стремление Ф.Ф. Ушакова к восстановлению истины привели к конфликту между старшим и младшим флагманами. Разобравшись в обстоятельствах дела, Г.А. Потемкин, недовольный пассивностью Войновича, тактично встал на сторону его подчиненного. Он удалил в декабре 1788 года контр-адмирала Н.С. Мордвинова от должности старшего члена Черноморского адмиралтейского правления (вскоре Н.С. Мордвинова уволили в отставку). В январе следующего года Г.А. Потемкин назначил на его место М.И. Войновича, который вскоре уехал в Херсон. Ф.Ф. Ушаков стал исполнять обязанности командующего Севастопольским корабельным флотом. 27 апреля 1789 года он был произведен в контр-адмиралы, а через год, 14 марта 1790 года назначен командующим флотом под главным начальством князя Г.А. Потемкина-Таврического.

После сражения у о. Фидониси, которое лишь на время отвлекло капудан-пашу от Очакова, контр-адмирал М.И. Войнович не стремился к очередному выходу в море. Для того чтобы оправдать свою пассивность перед князем Г.А. Потемкиным, он сделал ставку на крейсерские операции. В начале сентября корсарское судно грека Кундури, получившего уже чин прапорщика, крейсировало между Синопом и Самсуном и захватило два турецких судна, одно из которых было уничтожено, а другое с грузом канатов и пеньки приведено в Севастополь.

16 сентября 1788 года, по указанию ГА. Потемкина, М.И. Войнович направил к берегам Анатолии целый отряд для отвлечения внимания турок. Во главе отряда был поставлен генеральс-адъютант Потемкина в чине капитана 2 ранга Д.Н. Сенявин. Напутствуя его в поход, князь якобы сказал: «Бог да сохранит тебя, Дмитрий, выполни долг, а мы не оставим о тебе молиться».

Дмитрий Николаевич Сенявин, адмиральский сын и адмиральский племянник, происходил из старейшей морской династии. Воспитанник Морского шляхетского кадетского корпуса, он был произведен в мичмана в 1780 году и в кампаниях 1780 и 1781 годов на корабле «Князь Владимир» в балтийской эскадре капитана бригадирского ранга Палибина совершил плавание в Атлантику до Лиссабона и обратно. Вскоре после этого Сенявин был переведен в Черноморский флот, где в 1785 году, в чине лейтенанта, уже командовал кораблем — галиотом «Темерник». Известно, что в 1786 году он на боте «Карабут» посетил Константинополь.

В 1787 году произведенный в капитан-лейтенанты Д.Н. Сенявин был назначен флаг-капитаном к контр-адмиралу графу М.И. Войновичу. Во время осеннего похода 1787 года, когда Севастопольский флот Войновича был застигнут жестоким штормом, Сенявин личным примером (рубил ванты) фактически возглавил борьбу за спасение флагманского 66-пушечного корабля «Слава Екатерины». Несмотря на серьезные повреждения, корабль достиг Севастополя, куда так и не попали однотипная «Мария Магдалина» и сгинувший бесследно со всеми людьми фрегат «Крым».

3 июля 1788 года Д.Н. Сенявин был избран князем Г.А. Потемкиным-Таврическим к себе генральс-адъютантом. Вместе с Войновичем на корабле «Преображение Господне» он участвовал в сражении при Фидониси, после чего был послан в Санкт-Петербург с известием о победе. Императрица наградила посланца Потемкина золотой табакеркой, украшенной бриллиантами и наполненной червонцами.

Таким образом, Д.Н. Сенявин был опытным моряком, сделавшим сравнительно быструю карьеру, отмеченным царской наградой и, главное, хорошо знавшим Черное море. 16 сентября 1788 года, приняв командование 10-пушечным репетичным судном «Полоцк», он вышел в море вместе с четырьмя корсарскими судами греков-добровольцев. За время крейсерства отряд Сенявина бомбардировал Синоп и Керасунду (Гересинду), сжег провиантский склад у г. Бонна (к западу от Синопа), уничтожил 10 турецких транспортных судов с грузом леса, провианта и боеприпасов, захватил одно судно.

6 октября, несмотря на штормовую погоду, отряд благополучно достиг Севастополя. За этот успешный рейд Д.Н. Сенявин получил орден Св. Георгия 4-й степени.

2 ноября 1788 года контр-адмирал М.И. Войнович по приказанию главнокомандующего все-таки вышел в море для совместной с Лиманской эскадрой атаки турецкого флота у Очакова. Однакотурки, узнав о приближением Севастопольского флота, 4 ноября ушли в море. Войнович продержался у Тендры до 17 ноября из-за наступившей штормовой погоды 19 ноября вернулся в Севастополь.

В 1788 году, поскольку посылка эскадры Балтийского флота в Средиземное море не состоялась, было решено организовать крейсерские операции в Архипелаге силами корсарских судов. Первую такую флотилию создал грек майор Ламбро Качони, который служил волонтером в Российском флоте еще в первую Архипелагскую экспедицию 1769–1774 годов. В 1788 году он вооружил в Триесте фрегат «Минерва Северная» и направился в Архипелаг, где, захватывая и вооружая турецкие суда, довел численность своей флотилии до 6 судов. 24 июня 1788 года Л. Качоне даже захватил небольшую крепость Кастель-Россо.