Матерью Энея считается Афродита, богиня плодородия, вечной весны и жизни. Служение ей часто носило чувственный характер. Мужем ее является Гефест, бог огня и кузнечного мастерства. Афродита славится огромным количеством возлюбленных как среди богов, так и среди людей. Отец Энея, Анхис, из их числа. Соблазняя его, Афродита выдала себя за дочь фригийского царя Отрея, но потом открыла ему, что родит от него славного героя Энея, но запретила разглашать эту тайну. Однако тот нарушил запрет во время пирушки и был жестоко наказан: то ли искалечен, то ли ослеплен, то ли убит молнией Зевса. Намек на особый щит и меч Энея означает, что Афродита попросила выковать для него оружие своего мужа Гефеста. Афродита также покровительствовала Энею во время Троянской войны, но ее ранил в руку грек Диомед, и тогда Энея подхватил Аполлон, закрыв его черным облаком.