Музей основан в 1832 г. из зоологических коллекций Кунсткамеры. В 1931 г. был преобразован в Зоологический институт, а музеем стала называться выставочная часть фондов института. По богатству представленных материалов фонды музея не уступают лучшим музеям Европы.
