У Руденко были собственные счеты как с Берией, так и с Вышинским. В 1940 году он был снят с поста областного прокурора за неправильное курирование соблюдения законности в органах госбезопасности и со дня на день ожидал ареста. Лишь с началом войны по ходатайству Хрущева его вернули в органы прокуратуры.
