Важным мероприятием по уходу за сеянцами является прореживание сеянцев, которое проводят дважды. Первое прореживание проводят вскоре после всходов, при образовании первой пары настоящих листочков. Сеянцы прореживают на расстоянии 2–3 см для семечковых и 5–6 см для косточковых. Через 2–3 недели проводят второе прореживание, доводя расстояние между сеянцами до 15–20 см. При втором прореживании ненужные сеянцы с комом земли пересаживают на свободные места, добиваясь равномерного размещения сеянцев в ряду. На 1 пог. м ряда в итоге должно приходиться 5–6 сеянцев.