Двухъярусная перекопка отличается от одноярусной лишь шириной каждой канавки – 60 см вместо 30 см (или примерно три ширины лопаты). Перед тем как засыпать вырытую канавку, почву на ее дне рекомендуется разрыхлить вилами глубиной на штык и внести в разрыхленную почву навоз или компост. Затем нужно засыпать канавку почвой из следующей канавки, как при простой перекопке.
При перекопке задерненного участка с первой канавки нужно снять лопатой слой дерна глубиной 5 см и переложить его вдоль такого же края в конце участка у самой границы. Затем в начале участка следует выкопать первую канавку шириной 60 см, а почву насыпать около снятого дерна. Почву на дне проделанной канавки нужно разрыхлить вилами на глубину 30 см. Снятый со второй канавки дерн нужно уложить травой вниз на разрыхленное дно первой канавки и изрубить его лопатой. Затем засыпать почвой из второй канавки и т. д. На заполнение последней канавки в конце участка пойдут дерн и почва из самой первой канавки.