Кроме небольшого собрания лекций Бассуя «Грязь и вода» сохранились только несколько написанных его рукой писем. Главной темой его учения, если назвать это одним словом, является «сомнение». В дзэн-буддизме сомнение не имеет отрицательного значения. Скорее, оно обозначает состояние ума, предающегося интенсивным размышлениям о сущности и смысле жизни, просветлении, природе будды и всем остальном. Сомнение развивается в виде назойливых вопросов о жизни, которые зреют и растут до тех пор, пока не станут нестерпимой жаждой найти ответ. Бассуй писал:
«Некоторые, к сожалению, решают свои сомнения после трех-четырех дней раздумий, в то время как другие тратят на их разрешение три, пять, десять или даже двадцать лет».
Неразрешенные сомнения могут помочь нам преодолеть препятствия, разочарования и трудности, неизбежно возникающие на духовном пути и побуждающие нас заниматься медитациями, странствовать, исследовать, уходить в уединение и совершать другие духовные действия.
Сомнения Бассуя насчет природы души созрели, когда он перешел к более сложному исследованию природы сознания. Он использовал свои собственные вопросы как основу для наставления своих учеников, предлагая им многократно спрашивать себя: «Чем является то, что вы видите? Чем является то, что вы слышите?» Для Бассуя эти вопросы — фундаментальная основа всех коанов. Хотя точная формулировка зависит от конкретного учителя, назначение всех коанов одно и то же: углубляться все дальше от поверхностного уровня сознания и его содержания до тех пор, пока не будут отвергнуты все ограниченные проявления концептуального мышления.
В конечном счете, как признавал Бассуй, истинной сутью человека является «таковость», из которой возникает повседневное сознание. Это и есть «настоящий Будда, который является ничем иным, как сущностью всех вещей, это — тот, кто видит, слышит и воспринимает», хотя это невозможно понять или описать словами.
Несмотря на дискомфорт, испытываемый им от установившегося порядка монастырской жизни, Бассуй осознавал необходимость традиционных форм буддийской практики. Однако он интерпретировал элементы буддийской практики как метафоры философских аспектов дзэн-буддизма. Например, признавая, что буддийские священные писания обязывают практикующих «принимать на веру, поддерживать, читать, декламировать, толковать и переписывать сутры», Бассуй писал, что в действительности эти действия не самоцель, а лишь способы «прозреть в свою собственную природу».
В то же время Бассуй придавал огромное значение соблюдению буддийской морали и этики. Он убеждал своих последователей следовать заповедям, ибо до тех пор, пока люди не достигнут просветления, им нужны заповеди, чтобы уберечься от кармических последствий дурных поступков. Он писал:
«Достижение просветления через соблюдение заповедей и гармонизация заповедей через просветление — это в принципе нечто разное, но после достижения просветления они представляют собой воистину единый путь».