Первый роман А. Франса, «Преступление Сильвестра Бонара, академика», явился результатом творческого переосмысления более ранних замыслов. В декабре 1879 и январе 1880 г . в журнале «Revue Alsacienne» была опубликована новелла Франса «Фея», впоследствии составившая первые три главы второй части романа. В ноябре 1880 г . в том же журнале появился эпизод, озаглавленный «Очень старая любовная история, страничка из записок Сильвестра Бонара, академика». Этот эпизод был также включен затем в текст романа. Наконец, в ноябре 1880 г . в журнале «Jeune France» Франс опубликовал еще один фрагмент под названием «Военная хитрость, рассказ, извлеченный из неопубликованных записок Сильвестра Бонара, академика», который в роман не вошел, но был частично использован в другом произведении Франса, «Книга моего друга» (ч. II, гл. IX).

Весь роман в первоначальном варианте увидел свет на страницах журнала «Nouvelle France» в декабре 1880 – январе 1881 г . В апреле 1881 г . он вышел отдельной книгой в издательство Кальман-Леви и вскоре удостоился академической премии. Однако Франс не прекращал работы над уже опубликованным и имевшим успех произведением. В издание 1902 г ., «пересмотренное и исправленное», он внес значительные, по сравнению с первым изданием, изменения, исключил некоторые эпизоды, изменил характеристики (например, смягчил высказывание студента Жели об историке Мишле). Вторая часть романа, прежде озаглавленная «Дочь Клементины», теперь получила новое название: «Жанна Александр», а сама героиня сделалась уже не дочерью Клементины, былой возлюбленной Сильвестра Бонара, а ее внучкой. Благодаря этому изменению двусмысленное истолкование участия, которое старый академик принимает в судьбе девочки, делается еще более нелепым.

Время показало, что первый роман Франса остался дорог ему до конца жизни. В 1918 г . в соавторстве с Пьером Фронде он пишет пьесу «Преступление Бонара», обращаясь все к тому же сюжету. Незадолго до смерти, в 1923 г ., готовя новое издание романа, он снова перерабатывает его: меняет последовательность отдельных событий, приближает время действия к современности. Теперь последняя запись в дневнике Сильвестра Бонара помечена не 1869 г ., как было в прежних изданиях, а 1882 г . Получается, что сатирическим изображением пансиона мадемуазель Префер и нелепостей законодательства автор метит не во Вторую империю, как было прежде, а в порядки буржуазно-республиканской Франции.

Вскоре после выхода в свет первого французского издания «Преступление Сильвестра Бонара» начали издавать в других странах. Первое отдельное издание на русском языке появилось в 1899 г . в Петербурге. В советское время роман Франса выходил шесть раз в разных переводах, в том числе дважды в собраниях сочинений А. Франса.