Когда настало время кончины аввы Агафона, он пробыл три дня без движения, с открытыми глазами, глядевшими в одном направлении. Братия толкнули его, сказав: «Авва! где ты?» Он отвечал: «Предстою Суду Божию». Братия сказали ему: «Отец! Неужели и ты боишься?» Он отвечал: «Хотя я старался всеусильно исполнять заповеди Божии, но я человек, и не знаю, угодны ли дела мои Богу».

Братия сказали: «Неужели ты не уверен, что дела твои благоугодны Богу?» Старец сказал: «Невозможно удостовериться мне в этом прежде, нежели предстану пред Богом, потому что иной суд Божий, и иной — человеческий».

Когда братия хотели еще задать вопрос, он сказал им: «Окажите любовь, не говорите со мной, потому что я занят». Сказав это, он немедленно испустил дух с радостью. Братия видели, что он скончался, как бы приветствуя своих возлюбленных друзей.