Школа сакья получила свое название от монастыря Сакья, основанного в 1073 году. Этот монастырь был выстроен на земле светлого цвета, которая и называется в Индии сакья. Основателем этой школы считается махасиддхи Вирупа, индийский йогин-тантрик, главным же текстом этой школы является Хеваджратантра. В Тибет это учение принес лоцзава Брогми, прошедший курс обучения в университете Викрамашила. Первым иерархом школы стал Гунга-Ньинбо (1092-1158 гг.), получивший титул Сакьяпа-Ченмо (Великий Учитель сакья) за свою ученую деятельность. Он в совершенстве овладел практикой осуществления гневного божества Махакалы, становясь тождественным с ним, поэтому именно Махакала стал идамом, божеством-защитником этой традиции. Сам Гунга-Ньинбо считается воплощением всевидящего Авалокитешвары.

Второй сын Гунга-Ньинбо Соднам-Цзэмо, воплощение Манджушри, стал вторым иерархом этой школы. Именно он развил эзотерическую часть учения, доктрину «путь – результат», согласно которой цель пути реализуется в процессе его прохождения. Адепт осознает свое состояние (настоящее) и совершает путь, во время прохождения которого он узнает, что именно следует принимать и от чего надлежит отказываться; в итоге достигается цель – желаемое состояние Освобождения.

Эта школа прославилась своим искусством политического воздействия. Так, Пагба-лама, входящий в число пяти великих ученых этой школы, весьма способствовал оформлению отношений между Тибетом и Китаем, установив свою личную связь ламы, Учителя, с императором Хубилаем. Именно Пагба-лама посвятил императора, тогда еще не имевшего власти, в Хеваджратантру, за что и получил титул императорского наставника. Впоследствии в школе сакья оформилась доктрина «наставник – милостынедатель».

Школа сакья уважаема в Тибете и по сей день благодаря весьма равновесным отношениям между интеллектуальным знанием и его практикой, сохраняемым иерархами этой традиции.