Психоневрологический институт создавался не только как научно-исследовательское учреждение, но и как высшее учебное заведение. Все поступившие сначала обучались два года на основном факультете (изучали точные, естественные и гуманитарные науки), а затем могли выбрать специализацию – педагогический, юридический факультет, позже – медицинский (с 1911), зооветеринарный или химико-фармацевтический (с 1915).