При следующем папе, Иннокентии VIII, Понтелли стал главным инспектором по фортификациям в провинции Марке, где построил еще три крепости: Озимо, Ези и Оффида. При этом Понтелли трудился также над созданием базилики Санти-Апостоли в Риме по заказу кардинала Джулиано делла Ровере, ставшего папой Юлием II.
